高翰文一路日夜赶行来到杭州，在巡抚衙门的门房中先见到了海瑞和王用汲。他尚未亮明自己的身份，便急切地向二人询问对他所提“以改兼赈，两难自解”之策的看法。王用汲担心言语不慎，一时不知该如何回答；海瑞却没有避讳，直接指出这一办法中存在的弊病。
与此同时，巡抚大堂上，郑泌昌、何茂才正带着浙江上下官员，准备以超过常规的礼数迎接高翰文。他们这样安排，正是打算等见面礼一结束，就让高翰文认可他们提出的低价收买灾民田地的议案。高翰文阅过议案后，发现果然如胡宗宪先前所言，整篇内容只着眼于如何让丝绸大户尽快买下田地、迅速改种桑苗，却完全没有提到买田的大户是否会趁着灾情压低地价，也不关心那些被迫卖田的百姓日后能否维持生计。于是，高翰文态度坚决地提出此案必须重新商议，海瑞和王用汲也随即强烈反对。严党一方推动的议案因此没能获得通过。
郑泌昌、何茂才见寻常官场中的贿赂和笼络手段对高翰文不起作用，便转而同沈一石暗中商议，打算利用侍候织造局总管太监杨金水的芸娘私下接近高翰文，借此诬陷他中了“美人计”，迫使他最终就范。
高翰文中了圈套，被引到织造坊去看丝绸。与此同时，海瑞与王用汲一同来到码头察看粮市情形，正遇见齐大柱等淳安灾民因为不满大户趁灾压价收买农民田地、再去买粮时又遭臬司衙门官兵欺压。海瑞见状大怒，当场出面制止，释放了齐大柱，并向在场百姓承诺一定会妥善料理赈灾之事。郑泌昌、何茂才得知后十分恼怒，打算以通倭的罪名栽赃这些被海瑞放走的淳安灾民，再逼海瑞亲手将蒙冤百姓正法。为此，何茂才前往狱中，和被关押的倭首井上十四郎交涉，企图诱导灾民向倭寇购粮，以便坐实罪名。
另一边，沈一石指使杨金水身边的侍从太监，趁高翰文与芸娘切磋古曲之机，诬蔑二人通奸，并借此胁迫高翰文写下字据。海瑞、王用汲回到知府衙门后迟迟等不到高翰文，察觉其中必有异常。果然，高翰文回来时神色明显不对。到了第二天，郑泌昌、何茂才再次拿出那份一字未改的“改稻为桑”议案，逼迫高翰文在上面签字。
高翰文在逼迫之下不得不准备落笔签字，关键时刻，海瑞、王用汲站出来拦阻，当堂厉声追问郑泌昌和何茂才。郑泌昌、何茂才已近疯狂，在大堂之上与海瑞针锋相对，局面一触即发。高翰文此刻身心俱疲，本想开口替海瑞分辩，却支撑不住，当场昏倒在堂上。郑泌昌随即命令海瑞马上率臬司衙门的兵前往淳安，把那些蒙冤无辜的灾民处死；若海瑞不从，也要同样以通倭之罪治他的罪。
与此同时，胡宗宪在谭纶陪同下到江苏筹借粮食，也因病倒下。应天巡抚赵贞吉请来太医李时珍为他诊治，这位太医当年曾劝谏嘉靖帝不要误服丹药。李时珍看病先从心病入手，使胡宗宪精神为之一振。胡宗宪想到淳安、建德遭灾之后，疫病必然蔓延，便请求李时珍前去救治百姓，李时珍爽快答应。浙江局势因此出现了出人意料的变化，而杨金水又有意留在北京不肯返回。
杨金水暗中回到浙江后，很快得知郑泌昌、何茂才竟让沈一石借着宫里的名号，低价强买农民的田地。他立刻意识到，这样做等于是把污名栽到嘉靖帝身上，心中大为震惊，随即借织造局的公函，以八百里加急将此事直接奏报进宫。
与此同时，何茂才臬司衙门手下的蒋千户赶到淳安，催逼海瑞尽快行刑。海瑞依据大明律法，指出通倭案既没有正式立案的卷宗，也没有口供等必要凭据，因此拒绝执行死刑。为防严党借机杀人灭口，他又将相关人犯押入县大牢，严密看守。
海瑞并未止步于此，又分别派出两路急报：一路前往杭州，呈报巡抚衙门和臬司衙门；一路赶往苏州，向胡宗宪禀明案情。他要求总督衙门、巡抚衙门与臬司衙门共同会审，以免案件被人私下操控。
浙江发生的事传到苏州后，胡宗宪判断内患若起，必会引发外敌趁虚而入，于是一边安排抗倭军务，一边派谭纶率领总督衙门亲兵赶赴淳安。郑泌昌、何茂才的盘算未能得逞，便动了杀机，干脆再命蒋千户、徐千户连夜赶回淳安，企图将井上十四郎和无辜百姓一并除掉，随后立刻拘押海瑞。海瑞对此早有防备，一面命田有禄继续向当地富户筹借粮食，一面加强戒备，严加看管人犯。
郑泌昌料定沈一石运粮的船只已经抵达淳安，便装出一副和缓姿态催促高翰文动身。表面上，他派兵随行是为了保护高翰文，实际上却是押着他前往淳安购置田地。与此同时，杨金水也在深夜悄悄来见高翰文，告诉他不必因为芸娘的事受旁人胁迫，并托付他到了淳安之后，将织造局的旗号摘下，以此替嘉靖帝洗去外界加在他身上的骂名。
嘉靖帝长期服用丹药，体内毒素渐积，身体呈现冬日燥热、夏日畏寒的异状。吕芳按李时珍所开方子为他排毒，并趁此机会递上杨金水发来的八百里加急文书。嘉靖帝阅后大为震怒，立即召严嵩前来盘问，追问此事是否牵涉严世蕃。也正是在这时，嘉靖帝意识到严嵩一党势力已大到难以轻易控制，于是吩咐吕芳让手下继续探听消息，又派锦衣卫前往浙江，替自己暗中察看实情。
冯保对小世子照料得十分用心，小世子已经越来越离不开他。再加上冯保在吕芳与裕王之间传递消息，裕王和李妃对他的看法也慢慢发生了转变。另一边，淳安大牢内灯火彻夜不灭，海瑞得知沈一石的粮船已经靠到码头，却仍被困牢中，半步也无法离开。
危急关头，高翰文率领总督署的亲兵及时赶到，终于将眼前的险局稳住，海瑞也因此闯过了第一道难关。与此同时，在玉熙宫大殿上，嘉靖帝对严嵩、严世蕃父子大发雷霆，严厉斥责二人。严世蕃连忙为自己分辩，称浙江发生的那些事全是郑泌昌、何茂才所为，自己从未授意他们借织造局的名义低价收买农民的田地。嘉靖帝暂且没有深究严世蕃，只是命他去查办此案。殿外风雨骤起，严嵩父子心中都意识到局势已经不妙。就在这时，锦衣卫朱七等人也奉嘉靖帝之命，快马赶往浙江。
浙江有人打着宫中名号贱买灾民田地的消息，很快也传到了裕王府。裕王听闻后，打算把嘉靖帝赏赐给李妃家的十万匹丝绸退还回去。李妃认为此举并不妥当，劝他不要贸然行动。裕王急于召见徐阶、高拱和张居正商议此事，李妃又觉得眼下情况尚不明朗，不宜立刻会见他们。裕王因此动怒，斥责了李妃。随后，徐阶、高拱和张居正来到裕王府，与裕王共同商讨。张居正也认为此事极不寻常，背后形势复杂难测，建议裕王暂时不要轻举妄动，先静观其变。裕王听后，才不由得后悔自己先前错怪了李妃。