杨金水暗中回到浙江后，很快得知郑泌昌、何茂才竟让沈一石借着宫里的名号，低价强买农民的田地。他立刻意识到，这样做等于是把污名栽到嘉靖帝身上，心中大为震惊，随即借织造局的公函，以八百里加急将此事直接奏报进宫。
与此同时，何茂才臬司衙门手下的蒋千户赶到淳安，催逼海瑞尽快行刑。海瑞依据大明律法，指出通倭案既没有正式立案的卷宗，也没有口供等必要凭据，因此拒绝执行死刑。为防严党借机杀人灭口，他又将相关人犯押入县大牢，严密看守。
海瑞并未止步于此，又分别派出两路急报：一路前往杭州，呈报巡抚衙门和臬司衙门；一路赶往苏州，向胡宗宪禀明案情。他要求总督衙门、巡抚衙门与臬司衙门共同会审，以免案件被人私下操控。
浙江发生的事传到苏州后，胡宗宪判断内患若起，必会引发外敌趁虚而入，于是一边安排抗倭军务，一边派谭纶率领总督衙门亲兵赶赴淳安。郑泌昌、何茂才的盘算未能得逞，便动了杀机，干脆再命蒋千户、徐千户连夜赶回淳安，企图将井上十四郎和无辜百姓一并除掉，随后立刻拘押海瑞。海瑞对此早有防备，一面命田有禄继续向当地富户筹借粮食，一面加强戒备，严加看管人犯。