胡宗宪追查灾情来龙去脉，杨金水、郑泌昌与何茂才都难以作出交代，便将责任推到马宁远、常伯熙、张知良、李玄身上，企图让几人出来顶罪。胡宗宪看出此事牵连甚广，形势已十分危急，于是暗中提审马宁远，了解其中隐情。为了暂时稳住局面，他决定先斩后奏，将马宁远、常伯熙、张知良、李玄处斩。随后，胡宗宪又向朝廷上疏，请求暂缓推行“改稻为桑”，并带着马宁远留下的供状，准备赶赴京城面见皇上。
浙江之事败露后，严世蕃、罗龙文以及刑部右侍郎鄢懋卿无法再隐瞒，只得向严嵩禀报毁堤淹田的经过。严嵩得知实情后，心中暗叫不妙，意识到事态已经难以收拾，便决定立刻入宫求见嘉靖帝。嘉靖帝随即下旨，分别召见吕芳、严嵩、裕王三方相关之人，包括杨金水、胡宗宪和谭纶，打算暗中询问详情。与此同时，杨金水奉诏进京，却还不知道等待自己的将会是什么局面。