经过一番劝解，海瑞仍坚持不肯改动半个字，照旧把郑泌昌、何茂才的供状呈报朝廷，并说明若因此招来罪责，罪在他一人，与旁人毫无牵连。两人的供词送入司礼监后，立刻激怒了司礼监的五位秉笔太监。吕芳一边火速传令给赵贞吉，质问他把这样的供词递上来究竟是何用意，并命赵贞吉、海瑞、王用汲重新审理；一边又去找严嵩、徐阶商议应对之法。严嵩随即表明态度，若郑泌昌、何茂才所说属实，真是严世蕃等人指使浙江毁堤淹田，甚至还敢勾结倭寇，那就理应满门抄斩。然而吕芳顾虑此事会牵连胡宗宪，进而影响东南抗倭的大局。徐阶也指出，这两份供状由陪审官海瑞主审、陪审官王用汲记录，却没有赵贞吉和谭纶署名，显然不合常理。严嵩、徐阶都认同吕芳的判断，认为供词不能呈到嘉靖帝面前。可是嘉靖帝已经察觉事情有异，陈洪便避开黄锦，趁机将真相告知了嘉靖帝。