沈一石的家抄封了，作坊却不能停。郑泌昌、何茂才一面派出大量人手到各县催缴生丝，一面请来了胡宗宪的乡谊——徽州织商，准备把沈一石的二十五座作坊，三千架织机分别作价卖给他们。郑泌昌、何茂才妄想这件事一旦谈成，前方打仗急需的军饷和五十万匹卖给西洋的丝绸便都解决了，自己便可以将功抵过。 但是他们并不知道捉拿自己的新任巡抚赵贞吉和锦衣卫已在离杭州只有三十里的驿站了，几个时辰后自己便将锒铛入狱。赵贞吉奉上谕来追查沈一石的家财，得知沈一石的家产要卖给徽商，十分不解。

赵贞吉回到巡抚衙门开始履行自己对胡宗宪的承诺，立刻在二堂提审郑泌昌、何茂才，以追缴赃款，急筹军饷。郑泌昌还是负隅顽抗，以为拒不交待就可以等杨金水救自己。赵贞吉也不细问，只等陪审海瑞、王用汲一到继续审问。 海瑞一到杭州，便前往臬司衙门大牢提审郑泌昌、何茂才。王用汲知道事情非同小可，通报了赵贞吉。赵贞吉并不阻拦，只是又通告了杨金水。杨金水明白赵贞吉是使了一招“打鬼借钟馗”，便急忙赶往臬司衙门大牢。海瑞提审郑泌昌、何茂才，直逼新安江毁堤淹田和释放倭首井上十四郎两件重案。 杨金水在隔壁暗室内大惊，知道继续审问下去迟早要牵扯到宫里，让锦衣卫赶紧制止海瑞。

海瑞审案牵扯到了织造局、宫中，杨金水迫不及待地要求赵贞吉上疏免去海瑞陪审官的职位。赵贞吉知道海瑞、王用汲都是皇上钦点的问案官，没有偏袒钦犯徇私舞弊的行为，参奏他们，裕王都不会答应。被逼无奈的杨金水竟然一夜之间疯了。 朝廷下旨抄没沈一石的家产充归国库，郑泌昌、何茂才却将他的家产卖给了徽商，赵贞吉奉有圣旨不但不争，还在约书上签字盖印，海瑞推测赵贞吉是揣摩圣意逢迎嘉靖帝！断定郑泌昌贪财，赵贞吉贪名而已！一连几天海瑞审了钦犯，赵贞吉都搁置不办。一日早上会商，赵贞吉穿着便服在签押房故示悠闲，有意让锦衣卫的人认准是海瑞在追查织造局，他并不赞同。海瑞料定不查织造局，赵贞吉就会逼着那些徽商产更多的丝绸，然后再以半价收买桑农的生丝，讨好宫里、讨好嘉靖帝。但是国库依然空虚，百姓仍受盘剥。不查织造局，郑泌昌、何茂才还有那些贪墨的官员便无从查起，甚至连毁堤淹田、暗通倭寇陷害良民的实事也会无处可查！如此惊天大案，已经明发上谕朝野皆知，如果让赵贞吉办如未办，大明朝更是无药可救！此刻，王用汲也毅然和海瑞站到了一起。 事情果如海瑞所料，赵贞吉与锦衣卫串通，将郑泌昌、何茂才转移了看押地点。赵贞吉以筹办军需剿倭御敌最重要为自己辩解，竟反叱责海瑞不顾倭寇烧杀淫掠，岸上观船翻，以博直名，大忠似伪。

让赵贞吉想不到的是海父就是死于倭寇之手，杀父之痛，海瑞锥心难忘！赵贞吉只得以杨金水已疯、无人查证为由，案子停办，称自己已用八百里急递上奏朝廷，只等朝廷旨意下来。并命海瑞立刻把军需押运到胡宗宪大营，十天后按旨办案。 海瑞押运军需来到胡宗宪大营，胡宗宪以诗明志。海瑞见机询问：胡宗宪以贪墨修河工款以致河堤失修处斩了马宁远、常伯熙、张知良还有李玄，是否另有隐衷。胡宗宪以案卷已经提交刑部，并不正面回答。郑泌昌、何茂才以通倭的罪名将倭酋井上十四郎和淳安的百姓齐大柱等判令处斩，胡宗宪知道是冤狱，亲派总督衙门的人来帮助海瑞平反冤狱，却为什么不追查到底？胡宗宪反问海瑞不是已经在查。海瑞问得浪打空城，不过却没有白来，正赶上齐大柱迎娶了自己在战场上救下来的女子。 赵贞吉的奏疏送至司礼监，秉笔太监陈洪大呼反了，要直接上奏嘉靖帝。秉笔太监黄锦建议还是先通报吕芳。吕芳命黄锦稳住嘉靖帝，自己前往诏狱见了沈一石一案的两个证人：高翰文和芸娘，并嘱咐二人只有沉默，才能保命。而嘉靖帝已经猜到浙江必有奏折，暗示吕芳“外重内轻”，吕芳立刻拟旨，命在杭州的锦衣卫立刻把杨金水押解进京，让赵贞吉署理江南织造局的差使，命他不惜一切给胡宗宪东南前方筹措军需！

赵贞吉示下谭纶领办郑泌昌、何茂才一案，郑泌昌、何茂才听到圣旨知道杨金水逃脱了罪责，自己也不会自保，索性交待自己实际就是为织造局、为宫里当差的，内阁也是为宫里当差的，都是为了嘉靖帝干的。而毁堤淹田也是严世蕃写信让自己干的，杨金水也知道，嘉靖帝自然也知道。 赵贞吉沉不住气向谭纶交底，倒严就不能牵涉嘉靖帝，牵涉嘉靖帝就倒不了严，还会牵祸裕王。就是倒严，像胡宗宪这样的人就得保，要保胡宗宪毁堤淹田也不能问，谭纶也陷入了两难。 锦衣卫要求供状中一切牵涉到宫里的内容都要删去，海瑞坚持凡是奉旨审案，务必都要将原供词一字不改呈交朝廷、呈交嘉靖帝，赵贞吉也要谭纶劝海瑞供词最好不要这样呈送朝廷。

一番劝说，海瑞执意不改一字，将郑泌昌、何茂才的供状上报朝廷。并言倘若因此获罪是自己一人之罪，与他人无干系。 郑泌昌、何茂才的供状送到司礼监，惹怒了司礼监五大秉笔太监。吕芳一面急递赵贞吉，责问他将这样的供词呈上来是诚何心！命赵贞吉、海瑞、王用汲重审，一面找严嵩、徐阶商量对策。严嵩当即表态，真如郑泌昌、何茂才所言，是严世蕃他们叫浙江毁堤淹田，还敢通倭，就应该满门抄斩！可吕芳担心牵涉了胡宗宪，影响了东南抗倭的大局。徐阶也认为两份供词是陪审官海瑞主审，陪审官王用汲记录，并无赵贞吉和谭纶的署名不正常。二人赞同吕芳的说法，供词不能呈交嘉靖帝。 嘉靖帝已察觉有异，陈洪避开黄锦借机将真相告诉了嘉靖帝。