水兰的失踪和父亲不明不白的死因使明清不顾一切地寻找线索，冰云被明清的真爱所打动让明清见到了水兰。这使得大奶奶非常担忧。为了避免惹起祸端，也为了让明清忘掉水兰三爷决定让明清出关留洋。从太阳洼返回的牛月余为冰云带回了已经落发为僧的周文的书信，同时也带回了愿意用土地换粮食的肖长河，疆土的扩展更增强了三爷统一天下的野心。为了使明清尽快离开阴阳关，大奶奶命鹰刁带走了水兰并赶出了阴阳关。不明真相的明清找到明辉索要水兰，被逼无奈下明辉说出一切都是三爷的主义。愤怒的明清手提宝剑直奔官署而去。

明清手提宝剑来到官署找到三爷要替父亲和水兰报仇，大奶奶上前阻拦，情急之下说出了三爷是明清的亲生父亲。沉重的打击使明清失去了活下去的勇气。但最终在冰云的劝说下终于决定出关留洋，好有朝一日会到阴阳关来改变这里的落后制度。正当走投无路的水兰要上吊自杀的时候，上山采药的周文恰巧赶到救下了水兰，并劝说水兰出家作了尼姑。关长明辉整日花天酒地不问政务，三爷命自己的心腹严秀带领关兵前去镇守刚刚得到的土地，大奶奶却居心叵测的来到了水云居。

好色无能的关长明辉在祭祖的晚宴上当众调戏冰云，遭到关内众长老的一致谴责，并请求大奶奶及三爷废黜明辉另立关长。太阳洼出现了匪患，太阳洼派人请求阴阳关出兵相救，趁此时机，在众人的要求下，三爷终于废黜了明辉自己当上了关长并决定出关剿匪。对冰云来说这是个难得的机会，为了见到周文并且离开阴阳关，她穿上兵服混进队伍跟三爷一起走出了阴阳关。冰云带着柏英偷偷遛出大营来到慈云寺，但出门采药的周文因为遇到劫匪没能及时回来见到冰云，却被鹰刁奉三爷之命将冰云带回了官署。

柏英在大奶奶的逼迫下被牛月余带回了家中，独自被困在水云居的冰云遭到了明辉的骚扰，结果反被冰云打倒在地。冰云趁机划船离开了水云居来到了阴阳关的出口暗河。但复杂的地理环境是冰云根本无法离开，最终还是被鹰刁抓进了地牢。在柏英的恳求下，牛月余费尽周折终于使三爷放出了冰云。三爷的头疼病发作了，大灵卫王天一施展法术也无能为力，发病的三爷像疯子一样打骂身边的仕女，被冰云制止，并指责三爷的这种魔鬼行为，气急败坏的三爷下令调回守关的严秀回到了官署。

三爷企图用冰云的琴声解除自己头痛，但无济于事。大少爷明辉再次来到水云居调戏冰云，被三爷当场抓住。狠心的三爷命牛月余结束了明辉的生命。重病缠身的三爷使大奶奶产生了更换关长的念头，一边命人召回留洋的明清一边聚集众长老准备更换关长，但凶狠的三爷带着党羽严秀制止了众长老及大奶奶的举动。为了治疗自己的头疼病，三爷命人贴出告示悬赏寻找治病的郎中，不料却被游走江湖的假道士所欺骗，三爷一怒之下命鹰刁杀掉了假道士，但三爷的头疼病却越来越严重了。

三爷终日因为头疼病而四处求医，大奶奶已暗作决定将关长之位传给明清。来到阴阳关的杨云轩告诉大奶奶明清和星仪已经结了婚生活在北京，并且表示不想回到阴阳关。周文跟随师傅来到阴阳关给三爷治病，并偷偷来到小学校继续完成冰云的画像。冰云和周文在小学校重逢百感交集。牛月余奉三爷之命前往北京请明清回阴阳关，临走冰云带上了一封冰云写给明清的信。接受了新思想的明清满怀抱负，决定带着自己的妻子，以及好朋友医学博士方郁林返回阴阳关，去解救那里的劳苦大众。大奶奶无意中看到了小学校里的画像，对冰云产生了怀疑。