明清和星仪的婚礼在官署里举行，方郁林赶来祝贺，却被鹰刁等人赶出了官署。大婚的酒宴上，醉酒的三爷当众说出了自己就是明清的父亲，众人都感到吃惊，冰云对三爷表示厌恶并离开了宴席回到水云居。昏昏沉沉的冰云错把方郁林当成了周文，使方郁林倍感吃惊。新婚之夜，心事重重的星仪拒绝了明清的热情，忍耐不住欲望的明清却跑到了下院，钻进了丫环芹芹的房间。为了方便自己跟芹芹约会，明清运用手中的权利，命牛月余将芹芹重新调回自己身边。与此同时明清心中的欲望也开始膨胀。

芹芹被调回明清的身边，星仪暂时打听不到自己身世的消息，整日以刺绣度日。方郁林依然背着药箱为阴阳关的村民们检查并治疗疾病。在黑水村，方郁林找到了使村民们患病的原因，是金矿排出的有毒的水污染了阴湖。明清却在不断的学习做一个统治者处理事情的方法。方郁林向明清和关长提出开办医院，并且关掉金矿，切断毒源，以保证人们生命的安全。在与阴阳关的灵卫们的辩论中，方郁林用大量的事实和科学根据驳斥了灵卫们的愚昧和无知，使阴阳关的灵卫们狼狈不堪。

冰云和方郁林的科学依据和论证，使阴阳关的灵卫们惊惶不已。为了维护自己的地位，大灵卫王天一将冰云定诬陷为妖孽。冰云和方郁林勇敢的相爱了，在水云居，方郁林发现水云居孔雀的眼睛也出现了问题，遂告诉冰云不要再喝湖里的水。并且再度请求明清关闭金矿，不但遭到明清的拒绝，反而劝阻二人暂时封闭各自的情感，顾全大局。明清在父亲三爷的教导下，开始变得阴险狡诈，开始学会残忍的对待周围的人。

方郁林和冰云乔装改扮走上街头，告诉关民们不要再喝阴湖里的水，并说服大家要自己打井。此事让三爷十分恼火。明清也找到方郁林请求他顾全大局停止这一举动，一切等他当上关长以后再说。并且亲自走到关民们面前制止打井的行为，站在了冰云和方郁林的对立面。方郁林和冰云一起来到官署，大胆的向三爷表明了自己的爱情。大奶奶认为冰云破坏了阴阳关的祖规，辱没了祖宗的名声，要求三爷对冰云进行严厉的惩罚。

三少爷明光的妻子秀蓉因为难产，生命危在旦夕，接生婆及众灵卫都束手无策。冰云找到方郁林请他帮忙。方郁林为秀蓉实施剖腹产使母子得以平安，明光夫妇对方郁林感激不尽。三爷的头疼病再次发作，大灵卫王天一便借机嫁祸明光刚出生的孩子为妖孽，说三爷想治好头疼病必须铲除妖孽。 三爷遂令明清到明光府捉拿刚刚出生的婴儿。得到消息的冰云将孩子和秀蓉带到了水云居保护起来。面对围攻水云居的明清和众多关兵，冰云毫不畏惧，并且以死相拼，无奈明清只得带人暂时撤离。大奶奶却在三爷面前历数冰云的罪状。

明光之子被定为“灾星”，冰云因为保护秀蓉母子被视为袒护灾星企图给予加害。为了帮助冰云，牛月余私自更改了阴阳关的《女先祖功德录》，使众长老及大奶奶无话可说，才使冰云逃过一劫。方郁林却被明清押进了老炭窑，在老炭窑方郁林结识了热血青年吴永好，方郁林便趁机鼓动大家联合起来，推翻关长的统治。并带领大家打倒了看押的关兵，逃出老炭窑，但为了让吴永好逃走，方郁林被重新抓了回来。得知郁林被抓，冰云委托柏英去找牛月余，希望他从中周旋，救出方郁林。