冰云和周文的幽会终于被大奶奶和三爷发现，二人双双被关进了地牢。为救周文，冰云假意向三爷屈服并偷走了出关的金令，她从地牢里救出了周文。但终因对阴阳关复杂地理环境的陌生，被鹰刁抓回了官署。周文被推上了断头台，并被三爷残忍的杀害了。此时二少爷明清带着星仪和方郁林回到了阴阳关，目睹了这悲惨的一幕，体会到了关长统治下的阴阳关的落后与腐朽。明清向父亲表明了自己改变阴阳关的雄心和抱负，星仪和明清的婚姻不被阴阳关承认，要重新举行大婚，方郁林一到阴阳关便开始了科学研究，准备改变阴阳关。

阴阳关的血腥与阴郁使星仪感到恐惧，也经常被噩梦所缠绕。明清也从自己的丫环芹芹那里了解阴阳关的变化以及三奶奶冰云的情况。失去周文的冰云被当作疯子被关在地牢里，明清星仪方郁林开始适应阴阳关的生活。当他们得知冰云的消息后，便一起来到了地牢找到了冰云，并且表示要共同改变阴阳关的现状。在明清的周旋下，冰云终于被救出了地牢回到了水云居。星仪却终日被噩梦所纠缠，感觉自己像一条掉进网里的鱼。大奶奶也不断地在催促三爷将关长的位子交给明清。

方郁林对冰云产生了爱慕之心，这使明清感到很担心。他奉劝方郁林放弃这个危险的念头，以改变阴阳关落后面貌为大计。关长的头疼病再次发作，明清带着方郁林为三爷缓解了疼痛，但方郁林提出为三爷开刀根治病症的时候，疑心很大的三爷却以为二人是要加害自己。三爷的身体一天不如一天，深爱自己儿子的大奶奶对关长之位的人选倍感担忧。为了让儿子明清当上关长，大奶奶来到忘忧泉，以性命相要挟，迫使三爷不得已答应立明清为少关长。同时准备明清和星仪的大婚仪式。

明清的婚礼就要举行了，但按照阴阳关的规矩，关长家的女人必须纹身。星仪觉得这是对女性的侮辱。明清找来冰云，请冰云劝说星仪为了顾全大局接受纹身。方郁林开始了自己的行动，他背着药箱翻山越岭，为阴阳关的老百姓治病。三爷和大奶奶为明清灌输的封建思想，使明清认为要成就大事就要暂时忍耐，而星仪拒绝纹身，使明清认为星仪没有配合他改变阴阳关的计划。伤心的星仪昏倒在湖边，被方郁林救起。看到星仪和方郁林在一起，明清心里产生了妒嫉。居心叵测的丫环芹芹为了达到自己的目的，趁着明清的酒意开始了自己的打算。

星仪始终不肯接受纹身，阴阳关压抑的气氛使星仪产生了离开阴阳关的念头。三爷却不断的在给明清灌输统治者的思想以及被奴役的阴阳关人民的心甘情愿。星仪劝说方郁林和自己一起离开阴阳关，但郁林不仅要给关内的百姓治病，而且他已经爱上了冰云。星仪只得自己找到明清要求离开阴阳关。明清对星仪的冷淡受到冰云的指责。对星仪感到失望的明清跟丫环芹芹做出了苟且之事。星仪执意要离开阴阳关，宋妈上前阻拦，无意中提到了星仪的母亲，为了查明母亲和自己的身世之谜，星仪决定留下来。

方郁林向冰云表示了忠贞的爱情，冰云拒绝了他并让他以自己的理想为重。星仪为了自己的身世茶饭不想。为了不让星仪打听到自己的身世，大奶奶让宋妈离开了官署，并劝说星仪为了帮助明清实现自己的理想尽快接受纹身。方郁林为村寨里瞎眼的孩子们治好了眼病，并和冰云一起劝说星仪，使星仪明白只有尽快纹身，帮助明清当上关长，才能掌握改变阴阳关的主动权。经过一番工作，终于使星仪改变了想法。方郁林对冰云的爱更加痴狂，明清劝他为了事业要暂时忍耐，然而晚上明清却来到了芹芹的房间。