丘处机来蒙古途中，见元兵沿途杀戮，及后见铁木真野心极大，劝郭靖早日离开，否则将来铁木真必命郭靖攻宋，但郭靖与铁木真感情深厚，不听信丘处机之言，丘亦不愿多谈，着郭靖细心思量。铁木真命郭靖、拖雷、窝阔台攻打大梁，将金一举歼灭，并将三道密令交予三人。李萍对密令有所怀疑，悄悄拆开密令一看，方知铁木真意欲攻破大梁后，再攻宋京临安，并称郭靖若怀异心，将其母子处死。郭靖母子大惊，计划连夜逃亡，临行前，李萍向华筝依依道别，华筝转告铁木真，铁木真即命朮赤将郭靖母子捉回，施以威逼利诱，但李萍不欲郭靖作卖国贼，愤然自杀。郭靖抱着母亲尸体狂奔，被哲别等拦阻，但哲别念及当年曾救铁木真一命，将他放走。郭靖声言与铁木真恩断义绝，今后与蒙古誓不两立。丘处机见郭靖颓态，好言安慰，郭靖恨己一身武功，惹来事端，丘处机即带郭靖到华山寻伯通，要伯通教郭靖忘记武功之法，郭靖遂跟从丘处机到华山，却见黄蓉正在山洞内教欧阳锋修习九阴真经。

丘处机被沙通天等三人围困，伯通将三人捉住，黄蓉提议用他们的毒针对待他们，使其自食其果，伯通并着丘处机将三人带返重阳宫幽禁二十年。裘千仞用毒蛇恫吓伯通，得郭靖解围。未几，瑛姑与一灯大师到来，瑛姑誓要千仞赔命，伯通方知亲生子死于千仞手中，但千仞要求候至翌日华山论剑时方了断恩怨，又求一灯大师主持正义，一灯感千仞作孽太多，无能为力，七公更严词斥责，使千仞无地自容，欲跳崖自尽，幸被一灯救回，千仞愿随一灯出家为僧，两人飘然而去。七公与药师碰头，急不及待展开比武，黄蓉为免两败俱伤，提议由郭靖分别接两人三百招，三百招内以较少招数打败郭靖者为天下第一，但若三百招后两人仍未能取胜，郭靖便算赢得比试。岂料两人三百招内仍不能将郭靖击败，黄蓉正感高兴，欧阳锋突出现，四人连手对付仍不敌，原来欧阳锋倒练九阴真经，而弄致神智错乱。郭靖与黄蓉返桃花岛筹备婚事，华筝凄然向郭靖祝福，并告知郭靖铁木真不久将攻打襄阳，着郭靖好好准备。

药师与黄蓉闻悉元兵将进攻襄阳，命郭靖到襄阳帮助宋军护城，黄蓉、郭靖随即上路。郭靖、黄蓉路上遇见念慈，念慈正被彭长老调戏，郭靖将彭长老打至重伤，彭长老负伤逃去，郭靖与念慈久别重逢，方知念慈已诞下一子，郭靖并为杨康之子改名杨过。郭靖、黄蓉到襄阳求见安抚使吕文德，但吕文德乃贪生怕死之辈，对郭靖之言唯唯诺诺，郭靖不大放心，黄蓉自愿扮作使者，从吕府偷得金银珠宝送予铁木真，铁木真派朮赤、察合台接见，两人一听黄蓉之言以为吕文德已布下大军，甚为震惊，岂料拖雷认出黄蓉面貌，黄蓉计谋被拆穿，飞身逃去。铁木真下令三日内攻陷襄阳，但铁木真知郭靖用兵如神，派哲别混入襄阳城刺探军情。华山论剑之期已届，东邪西毒南帝北丐会战于华山之巅，以比武论英雄，结果连场惊心动魄之大战后仍未分胜负。欧阳锋于是趁其余高手筋疲力竭之时，欲暗施毒手，幸南帝及时赶到，以一阳指制服欧阳锋。

郭靖与黄蓉结伴游江南，遇见丐帮帮主洪七公，但两人不知洪七公身分，以为是普通乞丐，黄蓉更对之多番戏弄。郭靖、黄蓉二人到岳王庙游玩，见岳飞后人岳文斥责当地人民纸醉金迷，郭靖大受感动，搀扶岳文返家休息。

欧阳克与杨康相继到达江南，原来金国欲得武穆遗书，以称霸天下，而遗书正在岳文手中，岳文欲上呈献予宋帝，欧阳克等到处追踪。一日，郭靖、黄蓉二人见丐帮弟子行动诡秘，误会丐帮对岳文不利，但丐帮原为保护岳文而来，郭靖、黄蓉不知情，反将丐帮弟子赶走，令丐帮保护岳文计划失败，岳文终被欧阳克毒蛇咬死，遗书交由洪七公保管。郭靖决保护洪七公上京，但黄蓉感七公阻碍二人游玩，遂将洪七公骗往妓院，但洪七公反称黄蓉是其女，假意将黄蓉卖给妓院，令黄蓉为之气恼。

七公故意戏弄黄蓉，诈称遗书留在妓院，黄蓉着郭靖到妓院取回，一方面趁郭靖不在，将七公绑在沙滩上，及至郭靖发觉，忙替七公解围，但七公反将郭靖绑在树上，然后告知黄蓉，黄蓉救回郭靖后，以为七公与丐帮勾结，遂到丐帮用食物诱之跌落坑中，逼其说出遗书下落，但七公气定神闲，令二人气结，此时梁子翁出现，要吸啜郭靖的血，七公即用降龙十八掌将梁子翁赶走，黄蓉始知七公身分。黄蓉见七公武功盖世，希望七公能传授郭靖一招半式，遂以佳肴诱之，七公终受不住美食引诱，又见郭靖为人敦厚，遂教郭靖掌法。拖雷与华筝到达江南，杨康知悉拖雷此行乃为联宋灭金，遂派探子打听拖雷住处，欲将拖雷杀死，幸拖雷与华筝及时逃出，但欧阳克已将蛇粉撒在二人身上，随着粉末跟踪，赫然见一地道，原来地道通往藏经阁，拖雷藉此偷取遗书；一方面，黄蓉为讨七公欢心，偷进宫内窃取点心，与拖雷相遇，两人同被大内高手围攻，连忙逃入地道，但欧阳克等人已在地道外把守。

拖雷与黄蓉被欧阳克捉返望江楼，欧阳克欲对黄蓉无礼，幸梅超风到来，令众人不许伤及黄蓉。洪七公与郭靖到郊外搜索黄蓉踪迹，见数个平民打扮的蒙古人收拾尸体，二人随后跟踪，并诈作被困，由蒙古人带返住处，竟见华筝在此。华筝喜极而泣，但郭靖心中惦挂黄蓉，令华筝伤心。欧阳克逼华筝下毒于七公酒中，以换取拖雷性命，华筝知郭靖对七公甚为尊敬，正感左右为难，博尔忽为救拖雷心切，替华筝在酒中下毒。七公不虞有诈，将酒喝下，随即单人匹马到望江楼，一方面派郭靖与华筝往救拖雷与黄蓉。郭靖与华筝等人救出拖雷与黄蓉后，即往助七公，但七公因身中剧毒，受梅超风等人围攻受伤，众人连忙逃走，却被困梅超风练功之石洞内，脱身不得。

七公即教郭靖降龙十八掌招式，但郭靖欠缺内力修为，杂念丛生，令练功重重受阻。