马士英赌输，赔了银子，丢掉面子。钱谦益将赢来的银子全部捐献给扬州。陈玉龙押运银子去扬州，董小宛也跟他去寻找心上人冒辟疆。此时扬州城已被清军包围，危在旦夕。候朝宗为给扬州守城军民找一条生路，主动请命去清军大营与多尔衮谈判。多尔衮十分欣赏候朝宗的才华，有意劝说他归顺清朝，被候朝宗严词拒绝。南京城里，马士英逼李香君改嫁阮大铖，李香君宁死不从，血染桃花扇。扬州破城之前董小宛落在清军手里，被送往京城献给顺治皇帝。候朝宗得知李香君的遭遇，对南明王朝彻底失望，被迫降清。多尔衮指挥清军攻克扬州，直逼南京，吓得南明王朝君臣纷纷逃命，并企图带走柳如是，留下钱谦益担负守城重任。

多尔衮派洪承畴潜入城内劝降。洪承畴降清以前也是明朝大臣，与钱谦益交往密切。洪承畴告诉钱谦益，若能献城投降，多尔衮保证清军秋毫无犯，若拼死抵抗，南京将遭受和扬州一样的命运。钱谦益知道守卫南京的老弱残兵绝非清军精锐铁骑的对手，献城投降可以拯救全城百姓，自己却要却承担千古骂名。柳如是察觉到钱谦益有投降的意思，投水自尽，被钱谦益救了上来。钱谦益倾诉他的良苦用心，柳如是仍然难以接受。

钱谦益打开城门，大队清军浩浩荡荡开进南京城。多尔衮进城后第一件事就去拜访柳如是。柳如是在多尔衮面前不卑不亢，痛斥他是个杀人不眨眼的恶魔。多尔衮对柳如是的雍容气质十分倾倒，命人将她软禁在暖香阁里，决意要象征服天下一样征服这个女人。钱谦益因为不肯剃头被关进大牢，被清兵强行剃去头发才放了出来。回到家中才知道柳如是已被多尔衮软禁，多尔衮还送给他一个满族美人赛沁代替柳如是的位置。钱谦益去找多尔衮要求夫妻团聚，多尔衮只允许他们见上一面。夫妻二人在严密监视下见了一面，柳如是表示可以体谅钱谦益投降的苦衷，但她本人却无论如何不能接受只懂得杀人放火的满清统治。多尔衮听到柳如是的这番话深受启发，对她更加刮目相看。从此多尔衮改变了以往对待汉人的残暴政策，自己也开始虚心学习汉人的文化。

候朝宗随清军入城以后马上去寻找李香君，不料李香君看到他一身清朝官服骤然翻脸，与他一刀两断，出家做了尼姑。候朝宗从此疯疯颠颠。多尔衮的变化引起大将鳌拜以及部下的不满，他认为多尔衮被柳如是的美色迷了心窍。而多尔衮会见柳如是后，被其一身正气折服，更加激起了征服欲。候朝宗在街上被鳌拜痛打，多尔衮强令鳌拜向候朝宗赔礼、鳌拜愤愤不平，与多尔衮发生多次冲突，被连降数级官职。鳌拜派亲信去京城向庄大后报信。此时，阮大铖传南明皇命，令陈玉龙率领的明兵残部刺杀钱谦益 柳如是。

董小宛押在宫中，被顺治帝看中，欲册封为妃，被皇太后制止，太后接到鳌拜密信，对多尔衮猜忌不已，遂启程南巡。南京的多尔衮为争取柳如是，请柳如是出局公审马士英，鳌拜在狱中给了马士英一柄毒剑，以保全马士英性命为代价，叫马士英在公审时刺杀柳如是与多尔衮。寇白门奉陈玉龙之命潜入暖香阁，刺杀柳如是，发现真相后，改变主意欲营救柳如是。多尔衮费尽心机找到一名外貌酷似柳如是的女人如意，让她冒充柳如是公开露面，宣称柳如是已归顺清朝。柳如是传书柳麻子，以评弹方式表白自己清白。多尔衮却利用艺人传曲，为自己竖碑，并杀了柳麻子。

多尔衮夜晚突然造访柳如是，发现了寇白门，白门惨死刀下。夫子庙公审马士英时，多尔衮叫如意扮做柳如是，公开亮相，马士英刺杀未遂，鳌拜阴谋败露，被多尔衮送入黑牢。太后来到南京，被多尔衮拒之城外，太后大怒，从京城调来二十万精兵，多尔衮在重压之下，命洪承畴杀掉鳌拜，并将柳如是秘密转移，尔后打开城门。