太后赵姬为嫪毐生下一对孪生兄弟，望着可爱的孩子，太后心中惴惴，不知是福是祸，嫪毐却因此更加紧了对太后的枕边攻势。秦王为除嫪毐请教于缭子，缭子献上欲擒故纵之计。 《吕氏春秋》大功告成，吕不韦张榜悬赏，有能改一字者，赏千金。公子嬴成率宗室子弟滋事捣乱，被秦王狠狠呵责。嫪毐看在眼里，暗自将嬴成列为争取对象。秦王为使嫪毐尽快跳出来，设计突然从宫中消失不见，嫪毐果然上当，借机封锁了王宫。不明内情的吕不韦焦急地赶往王宫，险些与嫪毐手下刀剑相向。

秦王以商人身份潜入赵国，私下拜见赵国大将李牧，与他探讨天下前途，秦王不俗的谈吐引起了李牧的怀疑。秦王旧地重游，不料却与儿时的死对头，黎姜的哥哥黎汉遭遇，正争斗时，李牧率领亲军将秦王一行团团包围。 秦王冒险出国的举动引起吕不韦极大不满，吕不韦以为王之道当廷训责秦王，俩人之间的隔阂更深了。吕不韦深知自己的使命已届完成，遂私下招见李斯，托以后事，一直对吕不韦心怀不满的李斯至此才终于明白了对方的良苦用心。嫪毐密谋劫持从赵国返回的敏代王妃，关键时刻黎姜挺身而出，扮做王妃以身相替，使身怀六甲的王妃逃过死劫。嫪毐破釜沉舟，招集府兵准备叛乱，秦王不为所动，照常前往雍城祖庙举行自己的加冠大典。

吕不韦劝说太后一起去雍城给秦王冠礼，却被嫪毐扣作人质。嫪毐私下找到公子嬴成，要他参予叛乱，嬴成表示将严守中立。太后赵姬私下释放吕不韦，自己却陪嫪毐留下来。嫪毐得到太后印玺，发兵占领王宫并攻打雍城祖庙，秦王在叛军攻城的呐喊声里郑重地从吕不韦手中接过象征王权的宝剑，完成了自己的加冠大典。 敏代王妃在叛军追捕中生下王子扶苏，把他委托给黎姜后，投城自尽。秦王挥师杀回咸阳，公子嬴成将逆首嫪毐献于王前。秦王冲入后宫，痛斥母后赵姬，并当面将赵姬与嫪毐的一对幼子扑杀。赵姬被秦王放逐，吕不韦伤感地赶来送别，赵姬却已经不认得他了。秦王将王子扶苏交与黎姜抚养，并要她接受王妃的称号，黎姜只接受了前者。

加冠后的秦王开始大权独揽，而已经习惯了吕不韦的秦廷更让他处处觉着别扭了。首先是放逐母后这件事，即以遭到众多朝臣的反对。而后在接受六国使臣朝贺时，秦王当廷审问韩国水工郑国，揭穿了韩国借修渠之名施行的疲秦之计，希图以此杀一儆百，树威于六国，不料遭到韩国使臣拼死抗争，秦王欲杀韩使，又是吕不韦出班抗辨，拼死劝止。两人都意 识到不能再这样下去了，吕不韦决心退隐山林，临行前仍不忘劝秦王迎回母后，倔犟地秦王还是没有答应，但却委派黎姜带着小王子深夜来探吕不韦，此举令吕不韦失意之余又得到了些许满足。 吕不韦离开咸阳那天，相府前挤满了送别的高官贵人，这里面也包括秦王最宠信的近臣，这一幕让秦王看着很不是滋味。

为了清除吕不韦在秦廷的影响，秦王开始了一场声势浩大的逐客行动，其中李斯的名字也在册上。李斯绝望地离开咸阳，徘徊在函谷关口，这时，神秘的缭子又出现了。李斯一篇旷绝今古的《谏逐客书》不但为自己重新赢回了秦王的信任，也使秦王废除了愚蠢的逐客令，并从死牢中请回了韩国水工郑国。 秦王以国之大礼迎娶楚国公主阿蒻，合欢之夜却遭阿蒻回绝，理由竟是尚未拜见秦王母后。秦王取消逐客令让吕不韦的弟子们大喜雀跃，以为吕不韦又该重新出山了，唯有深知秦王性情的吕不韦却不以为然。秦王亲赴洛阳探访吕不韦，父子、君臣、师生一席倾谈，吕不韦坦然去了，秦王也遵嘱将母后迎回了咸阳。

秦王以大兵逼压，迫使韩王将秦王日夜倾慕的韩非子送往秦国为质，身为韩非同学的李斯唯恐秦王从此轻看了自己，利用韩非口吃的弱点巧妙地将他与秦王隔离。这样，韩非源源不绝的著述成了李斯辅佐秦王的灵感之源，而身为韩国王室子弟的韩非却注定随着韩国的灭亡早早退出了历史舞台。 秦军灭韩奏凯，秦王的下一个目标指向近邻赵国。秦王迫令在秦国做人质的燕太子丹修书燕王，合力攻赵，燕太子丹想以此为由离开秦国，但被秦王断然拒绝了。秦王尽发精兵三十万攻打赵国，却遭到赵国大将李牧迎头痛击，这时秦王又想起了不肯做官的缭子，在隐居之地见到缭子时，秦王惊奇地发现缭子正苦思一盘刻在石上的棋局。