离开兖州后，朱元璋暗中更换便衣，让朱标和韩宜可陪同返回兖州，查访秦升案实情。从百姓处得知秦升玫绩，朱元璋以大理寺少聊郭鸿翔对秦升实施的同样严刑审问郭鸿翔。郭鸿翔最终供认，吴曾派同知喻顺喜贿赂他黄金百两，并以此威胁他在这次办案中予以配合。至此，吴光武和喻顺喜等人栽赃陷害秦升一案水落石出，吴喻两人也被收押。
经历过兖州一事，朱元璋对秦升备加信任，命其处理完兖州事务后，以钦差大臣身份继续巡视苏州。
苏州知府蔡玄曾因贪污80贯钱而带罪任职。他已经对兖州发生的事情有详细了解，还打听到秦升喜欢字画和下棋，以及患有腰椎病的情况。秦升到苏州巡视河堤时，果然又受腰椎病痛困扰。