天心要龄春去太医院帮苡柔抓药，苡柔乘机对天心打听他的身世，得知天心的父亲早就离开他们了，而天心的针灸手艺，全是靠自学来的。另外保川得知天心在找「本草品汇经要」一书，保川要苡柔加把劲，问出天心为何要找此书。 天心因为感动苡柔代受责罚，和苡柔的感情更好了，把《本草品汇精要》尽数告诉苡柔，没想到是李保川要苡柔来问的。哲三为了帮天心出一口气，偷偷把蜂窝丢在云莺的房间，把云莺螫得满头包。云莺跑来对天心兴师问罪，苡柔用巧计说退了云莺，救了天心一次，天心因此更是把苡柔当成自己的姊妹。个性天真单纯的天心从此对苡柔信任无比。 龄春说想学医，拜了天心为师父，天心和朱历的爱情，眼看也越来越甜蜜，云莺的死却打乱了这一切。 在苡柔的提醒下，朱历在宫里盖了一间小药圃讨天心开心，两人在药圃中忘情地接了吻，但云莺却在苡柔的设计下看到了这一幕。苡柔跟云莺说，天心对朱历果然包藏祸心，要云莺自己服毒、嫁祸天心，来让天心离开朱历。云莺依言服毒，却没想到苡柔深藏祸心，毒性远比苡柔所说强烈，云莺毒发身亡，苡柔到医护站故布迷阵，凶手也指向曾经拿蜂螫药来给云莺的天心身上。 苡柔以为自己的计谋天衣无缝，却没注意到，自己去医护站的时候，不小心被龄春看见了。

云莺一死，天心怀疑是不是哲三替他出气而痛下杀手，哲三证明自己没有杀云莺的动机，此时朱历带来消息，说云莺的案情有重大发展，但凶手的指向，是天心。当下要天心先行逃亡。 天心坚持不肯逃亡，要朱历为自己证明清白，于是哲三把东厂大牢的牢房布置成精美套房，要天心把坐牢当度假，等待清白被证实。 朱历建议天心一案让背景清白的哲三来调查，但太后执意要让保川来处理，一阵僵持下，太后把此事侦察交给赵甫嵩来办，赵甫嵩对天心用刑，差点把天心的手指夹到无法行医。朱历一方面背负太后的压力，另一方面哲三看不惯朱历的作法、两人吵架，苡柔就成为朱历贴心的倾诉对象。 但朱历发现天心并没有谋害云莺的动机，一方面太后拼命给朱历压力，朱历极力想替天心找到有力证据，这一切都被苡柔看在眼里。苡柔更不是滋味。 天心入狱的消息传到了大娘耳里，大娘前去哀求冷泉帮忙，冷泉碍于职务，不能答应大娘要求，更何况证据都指向天心是凶手，大娘心灰意冷，眼看天心冤屈不能平反。但也只能继续等待冷泉的好消息。 甫嵩审理天心，打算用刑让天心屈打成招，引来朱历不满。甫嵩搬出国法、太后懿旨打压朱历。天心见朱历为难，宁愿自己被用刑，朱历不忍，天心也不认罪，最后朱历出面阻止，甫嵩决定择日再审。但哲三不满朱历眼睁睁看天心受罚，跟朱历大吵一架，昔日的兄弟，眼看就要一刀两断。

朱历倍感压力，苡柔这时给朱历假的侦办方向，将目标指向选妃。 朱历、哲三认为甫嵩之前在选妃的时候涉有重大嫌疑，两人决定先将天心救离开刑部，再继续调查。 朱历、哲三兵分两路，一边去保川那边搜查毒药的来源。另外一边惜绑架赵甫嵩来审问，哲三一番威胁利诱下，还是没从甫嵩身上问到什么，反而更确定甫嵩没有杀害云莺的嫌疑，当下决定放走甫嵩，但哲三却在赵甫嵩面前露了马脚、泄漏身份，让赵甫嵩非常生气，禀明太后，说朱历三番两次干涉查案，现在无故又带走天心，甫嵩感到心灰意冷，决定辞官引退。太后果然中计，立刻下令，决定直接问斩何天心。 正当哲三在安慰天心的时候，甫嵩带着懿旨来抓人，哲三无可奈何，只能眼睁睁的看着天心被抓走。唯一能做的就是马上通知朱历。

正在庙里替天心祈福的大娘，忽然收到天心要被送去法场的消息。天心、大娘在押解过程一阵生离死别，大娘不愿意天心就此送命，当下不顾老陶的阻挡，冲去法场要解救天心。 另一方面，朱历在最后一刻才接到天心要被问斩的消息。全副武装的大娘上法场打算救人，却被有备而来的官兵所阻挡！正当情势紧迫之时，朱历出现了，身上绑着历代祖宗皇帝的牌位，大喊「谁敢拦我！」 朱历要求太后再宽限一些时间，让自己证明天心清白。太后勉为其难的同意，但朱历一再地逾矩，也让痛心不已的太后决定一件事：如果朱历不能证明天心的清白，朱历自己就要被废帝！ 而天心害怕朱历被废，让天下人因此少了一个好皇帝，决定去刑部自首，坦承自己杀了云莺。并要朱历永远记得他…誓死如归的天心，前去见大娘最后一面，大娘察觉天心有异，要天心不可放弃希望，就在双方一阵僵持的时候，传来消息，谋害云莺的真凶原来是华妥。 原来苡柔怕朱历被废、之前所做的努力会前功尽弃，也担心朱历逐渐发现线索，决定栽赃太医院院士华妥是陷害云莺的凶手，并将华妥杀人灭口，故布疑阵成密室杀人，营造华妥是畏罪自杀。天心等人一时找不出疑点来但天心总算是脱离险境，哲三去通知大娘，只有朱历觉得不对劲。

朱历向太后禀告侦办结果，太后得知原来云莺跟华妥是蓄意要害天心。当下要朱历对外隐瞒实情，并且打赏天心，以示补偿。 朱历发现华妥之死的种种疑点，跟苡柔讨论着。朱历察觉这事情或许不单纯，背后可能有庞大的集团在指使，苡柔一方面关心朱历，实际上模糊朱历焦点，让朱历不会怀疑他。又故意在天心面前跟朱历亲密，让天心看的不是滋味。就在此时，哲三带来消息，湘凝进宫了。 苡柔决定对天心再起新的阴谋，在李保川处取得太后的头发、生辰八字，加上诅咒，一起放在天心从小珍藏的布娃娃里。又假意提醒天心保川正在宫中有例行搜查，迫使天心将布娃娃藏在御书房内，这个布娃娃被朱历发现，让朱历对天心首次起了信任破裂之感。 而在搜查布娃娃的同时，哲三的假太监身份差点曝光，所幸哲三身手矫健，将刮胡子的剃刀藏了起来，这才保住了小命。

哲三为了报复湘凝，将湘凝抓起来关在男澡堂内，但没想到湘凝就这样不见了，哲三到处找不到湘凝，最后却被湘凝一把推进古井，而哲三以身子护着湘凝，自己却摔断了腿。 朱历被蒙在鼓里的天心，引来更大的误会，朱历觉得天心避重就轻，似乎在回避话题。并且天心、哲三之前曾对朱历隐瞒真实身份，双方不欢而散。而两人的误会，从此展开。 哲三、湘凝被困在井底，哲三担心湘凝害怕，不顾自己受伤，依旧说笑话斗湘凝开心。湘凝对哲三除了愧疚之外，也多了一丝丝的情意。好不容易，天心、茗菁终于找到了湘凝、跟哲三，但哲三被救上来时被人发现满脸胡渣，哲三假太监的身份曝光了。 朱历前去拜托李保川对哲三从轻发落，哲三死罪可免，但要被廷杖五十，充军十年。保川此举，引来甫嵩不满。甫嵩认为自己女儿的清白已被哲三所毁，于是派出人马要暗杀哲三，所幸哲三被湘凝、茗菁所救，虽然逃过被人追杀之险，但哲三身受重伤，有性命危险。