朱历前来找天心，希望天心跟他一起回宫。又因此跟哲三吵了起来，天心制止朱历、哲三，答应回宫。不过条件是让他回太医院继续当院士，再也不理后宫的事情。而天心不知道，让他回宫，是朱历答应太后，从此之后每天呆在储秀阁，直到苡柔怀孕的条件。 但人在储秀阁的朱历，依旧不愿意跟苡柔同房睡。朱历没想到，这样反而让天心陷入了更大的危机。 回到太医院的天心，从头开始学起，在学习过程中意外发现曲池跟洋泽的关连，而得知原来洋泽就是太医院的蒸药室，这是找到本草品汇经要的唯一线索。果然天心在蒸药室发现了一把钥匙。 苡柔为了当上皇后，跟保川一起设计冷泉，要冷泉在太后面前证实苡柔已经怀有身孕。而朱历也因此，不再对苡柔这么冷漠了。 天心得知苡柔怀孕后，心情大受影响。哲三、龄春想安慰天心，却让天心越听越闷，干脆走了。哲三因为担心天心，一路跟随、却因缘巧合下，来到了药师佛庙，发现了药师佛庙的某个符号跟钥匙上面的相符，两人找到线索，经过一阵探查，果然皇宫的藏书阁找到了一套「花草鸟兽绘本」，两人回去一看发现原来这就是本草品汇经要。 天心也同时发现，本草品汇经要的其中一个编撰者，居然跟他小时候看过的九针别诀的作者是同一人。哲三当场提问，这个楚弘是谁啊？这本书怎么会在大娘那？他该不会是你爹吧？

天心、哲三两人回去找大娘，两人一搭一唱想要从大娘那边套出些话来，没想到大娘守口如瓶，而且居然说要是天心以后在从他面前提到这个名字，从此断绝母女关系。 藏书阁的老太监向保川告密，说何天心借走一套书，保川发现此套书似乎有可能是本草品汇精要。于是跟甫嵩密谋决定要除去哲三，没想到这些话居然让湘凝给偷听见了，湘凝赶紧通知哲三。哲三慌忙之际，带着半部的本草品汇精要逃了。 天心从大娘那问不到楚弘的消息，于是回太医院跟冷泉打听，没想到冷泉居然跟大娘一样不承认有这个人。天心另外从资深太医那打听到原来楚弘是之前太医院的太医，因为编撰本草品汇精要有误，而被下令满门抄斩。 这时候，龄春带来消息说，保川找到了本草品汇精要，并且马上就要销毁了，天心飞快赶去，以肉身挡住不让保川烧书，眼看保川就要连天心一起烧死的时候，朱历来了，救了天心一命。还下令不准保川焚毁本草。 天心要朱历帮忙，写手谕给户部，好让他可以追查楚弘的消息。天心循线找到当天替楚弘女儿接生的产婆。得知楚弘的女儿跟天心一样大，并且发现他们背上居然有一样的胎记。 天心拿着证据回去找大娘，大娘这才承认天心是楚弘的女儿，并将当年的事情说给天心知道。天心执意要追查出他爹的死因，大娘担心天心安危，于是将天心关在家中。但当晚，保川便派出锦衣卫去暗杀天心、大娘。两人趁乱逃出，但大娘却受了重伤。到处又都是要抓他们的锦衣卫，好在有小石头搭救，不然天心他们难逃一劫。

保川拿着追捕天心时，他们掉下来的九针别诀来找朱历，要朱历下令，完成先皇遗愿，缉拿天心、大娘到案。朱历无奈之下，只准保川、甫嵩捉拿他们到案，但不得伤他们半根汗毛。但保川、甫嵩却假传圣旨，不但要手下监视京城里谁买了刀伤药，更要他们如果发现大娘天心，杀无赦。 哲三、湘凝乔装，在街上找字画摊临摹本草品汇精要，两人差点被官兵发现，还发现街上贴满了天心跟大娘的通缉画像。两人正在纳闷的时候，发现了小石头。小石头便带着哲三湘凝去找天心大娘。哲三发现大娘受了重伤，但是苦无药材可以治疗，于是哲三自告奋勇拿了药方，要回太医院拿药材。但哲三才走远，湘凝、天心才想起来，哲三并不识字。 哲三回宫后，找来龄春帮忙抓药，却因此被翠环盯上。翠环、保川带了人马来抓哲三，并对哲三严刑拷打。保川打算折磨哲三，挖掘网注但哲三求仁得仁，坦承当时是他偷了保川的宝贝，保川正要将哲三亲手杀死的时候，朱历来了，并且救了哲三一命。朱历也因此知道天心的下落。 湘凝为了救哲三，以自己的终身幸福当条件，说服了甫嵩放了哲三。哲三因此获得释放，而哲三知道是湘凝做此牺牲才换得他的小命，但还是不改爱开玩笑的本性，惹来茗菁怒斥，哲三这才知道湘凝对他的情意。而天心也决定不再躲躲藏藏，要击登闻鼓告御状，替自己的亲爹平反冤屈。

保川要苡柔去探听朱历、天心究竟在搞什么鬼。苡柔推辞，保川便以知道苡柔是假怀孕为由，要挟苡柔。还要翠环私底下监视苡柔，苡柔表面上顺从，实际上，已经在盘算反扑保川的计谋。 哲三前去探望湘凝，他发现湘凝的改变后，对湘凝更是亏欠，哲三劝湘凝一走了之，但湘凝坚决不答应，哲三只能告诉湘凝他住在小石头的秘密基地，如果湘凝想通了，就来找他。 太后叫来朱历，问天心状告先帝何事，朱历无奈说出，太后勃然大怒，要朱历不许办理，趁早杀了天心。但朱历不从，太后见朱历心意已决，这次朱历为了正义，狠下心来，第一次不听太后的命令。朱历一方面下令要冷泉对本草一书堪误，一方面又发现九针别诀里，有着一张挖空的纸卡。 保川因为甫嵩放走了哲三，跟甫嵩翻了脸，要甫嵩无论如何都要找出哲三，不然后果自行负责。甫嵩一气之下心绞痛发作，差点一命呜呼。甫嵩病情稍稍缓和之后，大彻大悟。不但答应湘凝退隐官场，还不强迫湘凝嫁人。湘凝以为父亲开窍了，马上去通知哲三这个好消息，没想到甫嵩居然跟踪湘凝，找到了哲三。哲三以为自己被湘凝出卖，伤心的湘凝当场走人。甫嵩并以小石头为要挟，要哲三交出本草品汇精要。 哲三去字画摊取回临摹的本草，将正本交给大娘，要大娘交给朱历。而哲三打算用临摹的本草救回小石头。没想到过程中小石头还是受了伤，死在甫嵩手下的刀里。

大娘将本草一书交给了朱历，并且拜托朱历一定要救天心。过程中，朱历无意间发现，本草的序文跟字卡品凑起来，居然露出勿信皇上亡于常命几个字。 哲三只身来到太师府，打算替小石头报仇，湘凝为了保护爸爸，不小心被哲三误伤成重伤，还要哲三快点逃。哲三虽然逃走了，但是心里有着无限的愧疚、不安。 朱历从冷泉那边得知，当年楚弘等人编撰本草一书的事情，而当年前来宣旨的人，正是保川，当年的拟圣旨的人也是甫嵩。朱历跟苡柔商讨，觉得其中有异，决定策反两人，解开当年的谜底。而这些话都被翠环给偷听到了，翠环将一切都告诉保川。保川一边提拔翠环，另一边要翠环继续监视苡柔。 湘凝受伤非常严重，哲三只好拜托朱历，让天心去替湘凝治伤，而天心不计跟甫嵩的前嫌，尽全力治疗湘凝，因此感动了甫嵩。甫嵩的心渐渐动摇，这时候李保川前来探望湘凝，甫嵩担心保川会对湘凝不利，跟保川一拍两瞪眼，跟保川的关系渐渐恶化，保川甚至想要对甫嵩不利。 朱历也找来甫嵩，对甫嵩对之以情。朱历讲出他所发现的一切，并希望甫嵩可以凭着良心，帮助他解开当年的迷团，还给甫嵩时间考虑，并且给了甫嵩一瓶药丸，要甫嵩心绞痛发作的时候服用。 在天心的治疗下，湘凝日渐恢复，哲三得知后前去探望湘凝，湘凝希望哲三可以不要伤害甫嵩，几经拜托，哲三答应湘凝的要求。

本草一书已经确认编撰无误，湘凝的伤势也渐渐康复，但朱历为了天心的安全，依然不准天心离开医护站，朱历怕天心闷得慌，特别叫龄春来跟天心作伴。龄春一来，便跟天心说起这段日子他所受的委屈，但是他忍辱负重，就是为了能够再继续跟天心学医。而翠环得知消息，向苡柔禀告，打算利用龄春对天心下蛇毒。