虽然天心被层层戒护，但翠环的计谋依旧成功。眼看天心就要被下毒而死，龄春情急之下用嘴吸出天心的毒血，自己却不小心中毒。而龄春临死前，跟天心说道，云莺死的时候，他其实看见苡柔从医护站出来。 朱历跟苡柔谈及龄春之死。苡柔将一切责任都赖给了保川，说自己是被要挟，迫于无奈。连当初天心被灌食黑玉香也是保川的指使，苡柔说自己死不足惜，等龙胎产下，他愿意以死谢罪。朱历当下许诺苡柔，一定会保护他们母子俩的。 保川知道甫嵩是来跟朱历告密，决定要在御书房除去甫嵩，甫嵩过于激动，心绞痛复发，药丸掉落在地，保川刻意不让甫嵩吃药，甫嵩临死前，将一封信藏在了御书房，然后就这样死了。 朱历前去慈宁宫，发现太后没事情。原来太后只是想问天心告御状的发展。朱历乘机问太后，先皇是怎么样的一个人，又告知太后先皇之死可能不单纯，而现在甫嵩正打算告诉他一切的真相。但朱历赶回去御书房的时候发现，甫嵩已经死了。 朱历在御书房找到甫嵩留下的证据，找来保川询问。虽然朱历知道保川跟当年之事一定有关系，但是单凭一封信，无法将保川定罪。苡柔想趁这个机会一并除掉李保川、以后他在后宫、便可只手遮天。苡柔与朱历计划、让苡柔假死、加深朱历、保川间的误会。保川被逼急了。决定对朱历痛下杀手、不知道自己走入圈套、被朱历逮个正着。 保川愿意说出当年秘密、但是要求见太后一面。保川拿出当年圣旨。才知道、原来先帝当时决定废后、废太子。保川为了保住太后、才对先帝痛下杀手。朱历这下难办、最后决定、判李保川充军二十年。 湘凝自从甫嵩死后，成日郁郁寡欢。哲三前来探视，并带来保川以死的消息。哲三替湘凝打气，希望湘凝日后可以行善积德，来替甫嵩赎罪。湘凝也在哲三面前，宣泄情绪。哲三也在此时对湘凝许诺，答应湘凝会照顾他一辈子。

李保川一死、朱历便从冷泉那得知、原来苡柔并没有怀孕。而苡柔也被朱历发现他想对天心下毒，就此将苡柔软禁在储秀阁。 太后头疼又犯了、但是天心这次怎么治都治不好、天心在本草上发现几帖药、加上黑玉香、可以制成一种麻醉药、让太后进行开脑手术。手术过后、太后感激天心、决定立天心为后。 而苡柔知道这个消息，就在储秀阁发疯了，成日对着空气讲话，疯言疯语中，说出自己谋害了云莺、翠环、保川。而朱历、天心之前的误会，自此解开。 哲三、湘凝最后决定到处行善，天心想要跟哲三他们一块去，他也可以行医、帮助百姓。但天心即将跟朱历成婚，哲三、湘凝婉拒了天心。 而大娘见天心有了归宿，决定跟老陶去江南过日子。朱历、天心终于可以有情人终成眷属了。但此时，边疆传出战事。天心一方面无法割舍对行医的热忱，一方面也想给朱历时间去完成的理想，于是天心决定离开皇宫，回到民间行医助人！当朱历看见留书的时候，天心已经离开了京师…. 战事平息！大殿内，文武百官列对两侧，一声吾皇万岁万岁万万岁，大臣上前禀告战事平息，皇上英明，朱历英明神武的站在大殿上… 而远方，天心背着背笼，插着红「拾」字的旗子，消失在黄昏里… 天涯海角、有情人分隔两地。 也许哪天、月老的红线会再度让天心、朱历再度相逢…