和迈克尔曾有过节儿的政府特工贾森回到迈阿密伺机报复，不巧他和迈克尔一起偶遇银行劫案，沦为人质。作为特工的贾森和迈克尔挺身而出带领被困人质与劫匪斗智斗勇，再加上山姆和菲奥娜与他们里应外合，终于制伏了劫匪，解救了人质。为了感谢迈克尔的救命之恩，贾森答应为迈克尔调查那个银行账户，不想账户已被监控，迈克尔的行动也被账户主人察觉。

来自海地的克劳德为女儿寻仇一路来到美国，誓死要把已改名换姓的杀人凶手让?皮埃尔?杜马弓1渡回国接受惩罚。迈克尔不忍看到势单力薄的克劳德丧命于仇家，于是独闯虎穴来到杜马家族的府邸，不想被杜马老奸巨猾的父亲识破，迈克尔不但没有得到想要的资料，还引起了敌人的戒备，于是山姆和迈克尔干脆破釜沉舟绑架了杜马将其强行遣送回国。同时，迈克尔一直没有放弃寻找要杀害自己的那个仇人，他买通了开’曼群岛银行的经理，谁知来的竟是一位假扮成经理的杀手。在打斗中，杀手失足摔死。于是迈克尔顺藤摸瓜，用自己做诱饵引诱真正的幕后凶手——维克托现身，迈克尔觉得似乎在哪里见过他。

黑市商人布伦南绑架了迈克尔前女友萨曼塔的儿子，以此来胁迫萨曼塔为其偷盗一个价值不菲的用于无人驾驶的侦察机导航芯片。偷盗芯片对于萨曼塔轻而易举，可萨曼塔深知一旦芯片失窃被发觉，她就可能会被追杀，萨曼塔不想把芯片交给布伦南，而又无奈孩子在布伦南手上，萨曼塔在进退两难之际找迈克尔帮忙。迈克尔为这场黑市交易制造出各种各样的障碍，最终致使布伦南主动放弃这宗买卖。价值连城的导航芯片又神不知鬼不觉地回到了原位，萨曼塔母子再不用东躲西藏了。同时，迈克尔发现企图杀害自己、又破坏卡拉行动的罪魁祸首正是卡拉原来的手下维克托，可迈克尔并没有把他交绐卡拉，而是想和他做朋友，从他的口中了解自己被列入黑名单的真正原因。然而维克托却不配合，迈克尔为了回到自己原来的生活毅然强行绑架了维克托。

维克托和迈克尔有着相同的经历，同样被列入过黑名单，同样在走投无路时遭到卡拉的胁迫而为其工作，不同的是维克托因为卡拉的胁迫而失去了妻子和孩子，孤身一人的他决心从内部开始摧毁这个组织。迈克尔决心和维克托一起联手对付卡拉，维克托告诉迈克尔把他们列入黑名单的不是某个人而是一个组织。卡拉知道维克托和迈克尔联手对付自己后，企图杀人灭口，不想被菲奥娜击毙。身受重伤的维克托希望迈克尔打死自己，换取和组织管理者接触的机会。迈克尔在管理者面前揭露了卡拉的罪行，取得了组织的信任，却拒绝为其工作。为了自由，迈克尔毅然从直升机上跳入了大海。（第二季大结局）