住在香港一处安全屋的西德妮见到了沃恩，他说两年前的大火中威尔得以逃生，而她被确认“死亡”。现在的沃恩成了一名老师，受CIA派遣来接西德妮回国。她袭击了沃恩逃出

安全屋，与两名守卫的CIA特工展开搏斗，最后还是被沃恩制服。

西德妮在斯塔福德的海军医院醒来，见到了迪克松，他现在成了她所在特工小组的负责人。威斯叫走了迪克松，并告诉他特工斯科特-金斯利（Scott Kingsley）拿到了芯片，正在前往阿维尼翁的火车上。迪克松返回后告诉她，承蒙国家安全局高级长官罗伯特-林赛（Robert Lindsey）的允许，一年多来杰克始终独自一人。

火车到达里昂，一个枪手杀害了金斯利，拿走了芯片。CIA认为，芯片上是一种不易被发现的无人驾驶侦查机的示意图，可以用来发射生化武器。

西德妮见到了马歇尔和怀孕的Carrie。她告诉迪克松，自己被关在盟约组织巴黎基地时曾听说过金斯利的名字，他是最近8个被谋杀的CIA探员之一。林赛坚持要西德妮参加这次行动，她同意了，但提出条件要见父亲。

西德妮见到了戴着手铐的杰克，原来他因为违反命令，联络CIA第6号通缉要犯爱琳娜而受到指控。他力劝西德妮挽回她在CIA的清誉，并继续他对她失踪的调查。他说自己有证据，所以相信她还活着，他还说沃恩不值得她难过

柏林，直升飞机吊走了一部电梯，里面困着两位CIA特工。看到西德妮没有被洗脑，杰克很满意，他劝她不要向CIA承认她杀了Lazarey。威斯帮助西德妮搬进了新家，他告诉她沃恩不愿回到CIA。

特工小组得知，前次的绑架事件是一个俄罗斯国家下属的盟约组织所为，如果他们的要求得不到满足，就会处死人质。西德妮自愿前往慕尼黑一家成人影院接头。迪克松通知她有一个治疗小组专门诊治失忆的人。杰克对她说，她被火化后沃恩把她的骨灰撒进了大海。

在电影院里，西德妮打开包，里面赫然是一颗CIA特工的人头，嘴里塞着一张纸条，要用萨克交换另一名特工。西德妮反对，但林赛说萨克不再有秘密了，他根据斯隆提供的情报认为他们想杀死萨克。

西德妮去找当了法语教师的沃恩。她想要他重回CIA，沃恩说，得知她的死讯后，他的情绪失控并开始酗酒，但他表示虽然很爱她，却毫不后悔自己现在的生活。杰克怀疑斯隆与西德妮的失踪有关，但他否认了

一个火球从天而降，烧毁了莫斯科的Gorky公园。CIA，迪克松解释说，火球是一个坠落的卫星，差点激发俄罗斯的原子核反应。Echelon系统截获了萨克和Boris Oransky的对话，后者是制造卫星的法国公司的一名雇员，他和萨克讨论了“第二阶段”进行。迪克松派人跟踪萨克。西德妮认为应该逮捕他，但沃恩和劳伦都持反对意见。杰克告诉西德妮NSC掌握了一卷Lazarey被杀时图像模糊的录像，并再次告诫她不要承认。杰克和劳伦、马歇尔一起观看了录像，马歇尔要求72小时把图像处理得更加清晰。

墨西哥，西德妮乔装打扮，跟踪萨克和Oransky来到一家咖啡馆。Oransky把照片和密码交给萨克，还提到了“Medusa”一词。萨克离去后，西德妮被发现，Oransky趁乱逃走。

西德妮告诉威斯她想起在SD-6的时候听过Medusa。

几个人从法国传染病实验室偷走了四瓶埃博拉病毒，其中一人受到感染被抓获，劳伦和西德妮审问了这个名叫Laszlo Bogdan的人。他说盟约组织准备把病毒进行变异，他们小组的负责人叫Simon Walker，是个心狠手辣的自由杀手，他们还将执行第二次抢劫任务。迪克松决定派西德妮扮成安全专家打入Walker的小组进行跟踪。沃恩交给西德妮一支伪装成口红的追踪器。在塞维利亚化过装的西德妮与Walker接上头，他叫她Julia，并表示十分想念她。见过小组其他成员后，他们要考考她，让她去偷希腊王妃150克拉的钻石项链，Walker给她七分钟，西德妮成功完成任务。

在回国的飞机上，沃恩问他“Julia”的事，她没有回答，接着承认因为劳伦的关系她不能相信他。回到CIA，她考虑承认自己的罪行。

西德妮要杰克激活她放在沃恩身上的传送器，随后她闯进Simon Walker的房间，发现他已经把生化武器卖给了萨克，他吻过她后两人分了手。

威斯找到了沃恩，在医院里，西德妮告诉劳伦自己是为了救沃恩的命才用刀刺伤他，劳伦十分气愤。CIA在乌拉尔山找到了向监狱发射生化武器的飞机。他们注意到萨克救走了唯一的幸存者：非洲最大的军火贩子Abasi Bomani。

几年前斯隆曾告发过Bomani，所以CIA决定从他那里弄到更多情报。在前往墨西哥城的飞机上，劳伦施压要西德妮调到另一个区，西德妮不买帐，与她针锋相对。他们来到斯隆的家却眼睁睁看着他被萨克和Bomani绑架。怕吃苦头的斯隆说，他可以让Bomani的生意合法化。

劳伦为自己的威胁向西德妮道歉。一天夜里，沃恩梦到了西德妮，她和他缠绵接吻，接着用刀捅了自己，惊醒后看见睡在身边的人是劳伦

　斯隆告诉西德妮盟约组织的下一步行动用编码写在一个网站的图片里。西德妮告诉他她永远不会相信他，杰克也不会当他是朋友。

CIA，迪克松说盟约组织正在寻找可以和俄罗斯发射控制同步的装置，以便进入核军工厂。设计装置的Robert Lang做了易容术出逃，他将在米兰的一个夜总会从Heinrich Strauss那里拿到新的身份证明。盟约组织想抓住Lang和装置。迪克松派西德妮担任斯隆的上司，她极不情愿地同意了。得知艾莉森-多伦还活着，西德妮发誓要亲手杀了她。萨克和艾莉森在斯特拉斯堡重续前缘，她解释说，她和西德妮搏斗后，盟约组织发现了她，经过半年的康复期她开始为他们工作，她发誓要西德妮为自己留下的伤疤付出代价。

林赛告诉劳伦俄罗斯方面传来的情报可能导致了Lazarey的被杀，那就是盟约组织在俄罗斯政府里有内奸。他要劳伦严守秘密，派她去莫斯科和消息人接头。劳伦没有对沃恩说实话，他给了劳伦一个数据库，里面是Lazarey的电话记录，他提议说通过追踪电话也许能找到凶手。

西德妮化装成欧洲游客来到米兰，沃恩通过她项链里的X光相机监看。萨克和艾莉森出现了，Lang拿到了文件，趁艾莉森杀死Strauss时逃跑，最终还是被她拦住，艾莉森杀死他之前拔掉了他的一颗牙齿。西德妮发现尸体，艾莉森把她打晕