西德妮从噩梦中惊醒，拉掉了神秘伤口上稀奇古怪的管子。她向CIA精神专家请教记忆恢复程序，医生让她见了Kenneth Blake，他恢复了记忆，结果失去了正常的心智。

墨西哥警方抓住了Simon的男仆Javier，他提供情况说，一个CIA特工被恐怖分子利用，杀害了一位俄罗斯外交官。

CIA，斯隆说出盟约组织要他参加一个中国政府的仪式，为的是偷取数据。中国想在卫星上安装一个微波激光器，作为暗杀武器，可以让目标人物好像是自然死亡。他想让西德妮陪他一起去破坏数据文件。西德妮可以联络马歇尔毁掉主板上的系统。

沃恩和劳伦去墨西哥找Javier谈话，杰克建议沃恩阻止这次调查，沃恩不同意，他说劳伦前去是他们最好的机会，可以让西德妮的秘密不被NSC识穿。西德妮和斯隆扮成情侣出席了北京的舞会。她偷偷装配了一辆玩具汽车，由马歇尔远程控制跟着一名卫兵进入了保安系统。斯隆劝说西德妮和他跳舞作为掩护，马歇尔关掉了系统。西德妮打了斯隆一记耳光，造成情侣间纠纷的假相。

杰克买通墨西哥警方拘留了沃恩和劳伦，他们获释后发现Javier已经死在牢房里，表面看来像自杀。沃恩警告杰克，如果胆敢再让妻子身陷危险，一定要杀了他。杰克告诉沃恩，也许现在他才懂得了一个人为了所爱的人会做出妥协。

　西德妮被关进国家安全局一处秘密的禁闭营，受尽拷问。她和另一名犯人Campbell成为了朋友。迪克松因为隐瞒了西德妮的秘密负全责，但林赛释放了他。劳伦指责沃恩帮助一名逃犯，他说林赛收黑钱，她不相信他的话，和林赛一起去华盛顿观看西德妮的审问。

沃恩去找杰克，后者告诉他斯隆会帮助他，做得好像是盟约组织试图营救出西德妮一样。他们找来8个雇佣兵成立了一个小组，准备从联邦应急管理局大楼偷出禁闭营的蓝图。

对西德妮所受的拷问，劳伦毫不知情，林赛施压要她写出他们对西德妮公平处理的报告。他说他会威胁要西德妮接受记忆恢复手术，强迫她译解出在罗马她桌子下面的一条信息。他向劳伦保证这只是威胁而已。

遭受拷问时西德妮偷了一枚曲别针，劳伦怀疑西德妮遭到毒打，林赛恐吓她说要告发沃恩协助过西德妮的行为。西德妮用别针打开锁，杀死了拷打她的人，逃出营地。劳伦亲眼目睹警卫殴打西德妮。

杰克和沃恩以300万的酬劳请来老将Brill出马。

西德妮等一群人躲在仓库里，商量伪造一个盟约组织帮助她逃跑的计划：劳伦回去告诉林赛自己从盟约手里逃出来，但他们还扣着西德妮，要求交换Rambaldi装置。斯隆将向林赛证实事情的真实性；杰克和沃恩说在调查西德妮的下落。为了更逼真，劳伦需要装出受到虐待的样子，西德妮趁机报了仇。

斯隆要西德妮和一位耶鲁大学的研究者Edward Brazzel博士联络，他发明了一种非攻击性治疗长期健忘症的方法。林赛让FBI以妨碍联邦调查为由逮捕了迪克松，他怀疑劳伦的说法，但同意用Rambaldi换回西德妮。

西德妮去了实验室，看到古里古怪的Brazzel和助手。他相信梦境包含了记忆的内容，通过多种危险药物，他会让西德妮的大脑进入了栩栩如生的梦境。一旦进入这种状态，西德妮就会沿着最后的记忆之线追溯以前的事。

西德妮用药后进入了混合着过去和现在记忆的梦境。她记起和弗兰茜搏斗后，被三个戴面罩的人捉住，他们给她注射了药物，然后把她带进了47号房间，劳伦出现了试图勒死她；记忆倒回到童年，她在切生日蛋糕，后来看到一张陌生男人的脸。

西德妮把自己的梦告诉了杰克，她和威尔在她以前的寓所里，有一个谷物盒叫St. Aidan。杰克建议她和作为证人被保护起来的威尔联络。Brezzel相信，西德妮失踪时记忆被抹掉了。

西德妮去了威斯康辛看望威尔，满腹怀疑的他用枪对准她，她证明了自己的身份，两人终于拥抱在一起。

斯隆受到林赛的压力，以50万的价格达成了在布宜诺斯艾利斯暗杀西德妮的交易。 林赛怀疑杰克和沃恩的诚实，还讲西德妮的坏话，被杰克痛打一顿。被关禁闭的杰克建议沃恩为了西德妮，疏远她。

西德妮告诉威尔，艾莉森-多伦还活着，正在为盟约组织工作。威尔想起St. Aidan是一个老情报联系人的代号，安排了在华沙与他见面。与此同时，萨克袭击了正在实验室的 Brezzel并给他用了吗啡。Brezzel透露西德妮准备和威尔联系。St. Aidan见到了威尔，原来是Lazarey，他拒绝讨论盟约组织的事。西德妮让威尔说是Julia Thorne让他来的。萨克突然出现，用麻醉枪击中Lazarey，西德妮和威尔逃脱。

西德妮注射了镇静剂后被送上飞机，见到了Kendall，他透露自己并非FBI，而是特别调查部的人，盟约组织伏击他的小组拿到了Rambaldi立方体。他说他知道西德妮失踪两年间发生的事，是她要自己保持沉默。Kendall说，被“埋葬”9个月后西德妮逃出了盟约组织之手，从罗马给他打来电话，说她被神经毒素所麻痹，从一辆卡车的后面目睹了自己的葬礼。拷打她的人Oleg Madrczyk，把西德妮的DNA注入了尸体的牙齿，造成身份被认错。随后她被送往圣彼得堡，在那里被称作Julia Thorne，而且被洗脑，为了证明自己愿意效劳，她杀死了一名盟约的犯人。

Kendall的讲述让西德妮大为惊骇，但他说圣诞计划训练使得她免于叛变，她杀死那个人也是为了保护自己，骗过盟约。联系上Kendall后，他建议她继续保持Julia Thorne的身份，以收集情报。西德妮回忆起看到沃恩和劳伦在一起的痛苦，但是为了安全她不能与他相认。西德妮以Julia的身份和Simon Walker搭档寻找Rambaldi立方体。她得知专家Lazarey就快发现他们想要的手工艺品。盟约命令她一旦Lazarey找到立方体就下手干掉他。但Kendall要她与之达成协议一同合作，所以她伪造了杀死他的假象。

在返回的飞机上，Kendall表示他相信，西德妮正是Rambaldi的“头号选择”，盟约控制她和立方体就是为了实现预言。

洛杉矶，CIA得知一个挂假名的国外经纪人帐户，用密码在股票名字里编写了一条情报：一名高级的盟约官员Leonid Lisenker想要叛逃。西德妮和沃恩扮成审计师去朝鲜去接应他。

沃恩打球的晚上，劳伦请西德妮出去吃饭，但他警告她不要和西德妮来往。稍后劳伦与盟约的特工Zisman秘密会面，和他谈了暗杀西德妮与沃恩的计划，劳伦犹豫后通知他他们将在多佛的机场登机，盟约特工给飞行员下了毒。飞机上沃恩的疏远态度和以后不愿再合作的话让西德妮十分生气。这时飞行员中毒身亡，飞机失控，西德妮与沃恩设法操纵飞机逃开了导弹追踪。飞机坠毁后两人得以逃生并躲开了朝鲜军队的搜捕。他们抢了一辆吉普，去接叛逃高官，西德妮承认了与威尔的关系。

杰克怀疑坠机是盟约所为，迪克松不顾违命愿意携小组相助，斯隆主动提出帮忙但杰克拒绝了，他联系到爱琳娜，得到指示去西德妮的寓所，在那里杰克见到了爱琳娜的姐姐Katya，她证实了西德妮活着的消息，表示愿意帮忙营救，并提出条件要他干掉斯隆。