由第二次浩劫引发的世界经济的混乱与崩溃，至2015年亦无法完全恢复。此时的日本经济。由于水位上涨，平野被淹没，工业生产的确是遭到了致命的打击。然而，国土复兴的工程所消耗的物资，简直就是天文数字，所以日本政府与民间企业，一直将吞食了大量资产的对使徒军事企业视为大敌，故始终都在寻找可替代NERV的廉价企业……

从德国的NERV第三支部，送来了EVA二号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者明日香，此外美里以往的恋人加持良治也同乘返回日本。途中，舰队遭到水中的第六使徒的攻击，明日香将真嗣拉入二号机驾驶舱后一同出击，但装配着无法进行水下攻击的B型装甲的二号机，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距离射击计划，众人摆脱困境并将使徒歼灭……

刚到班上不久的明日香，成为了最受欢迎的人物。不过明日香对中学生没兴趣的样子，情书都被狠狠地踩一脚（便鞋上还要写名字？）。丽实在是对周遭的事陌不关心，明日香挡到她的光线，她竟只有移开一点，头都不抬一下，明日香以挑衅的语气跟丽说：“好好相处吧。”丽竟然回答：“为什么？”，“有命令我就会去做。”

在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒，配合不协调的明日香与真嗣，立即遭到戏剧般的攻击……

在浅见火山熔岩中发现了第八使徒的幼体。由明日香来执行首次使徒捕获作战。二号机装备了耐热耐压的D型装备后潜入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼体，但在上升过程中，幼体开始急速乳孵化，作战计划不得不有捕捉更改为歼灭。在熔岩中苦战的明日香受到真嗣提出有关“热膨胀”原理的问题的启发，利用冷却液成功地消灭了使徒。

在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。与第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到国联的警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发进后，联合作战成功地击毁使徒。

美里被晋升为三佐，剑介他们特意搞了聚会庆祝。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒，它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源堂不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A·T·FIELD抵挡的计划并取得成功。为此，源堂从南极发回了贺电，真嗣也因此找到了“ 乘坐EVA战斗的理由”。好不容易打赢了第九使徒，美里本来说要带三个小孩吃大餐，可惜天性懒散的她没钱了，最后被拖去吃路边摊拉面……