公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年被其父源堂呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。碇真嗣和身为NERV司令官的父亲碇元渡有十年的时间都不在一起，面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是：“坐上EVA。”消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。

在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA 达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后活动停止。但在真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控的状态下，用压倒的战力将使徒击溃。面对冷漠的父子态度，美里提出要真嗣与她同住的要求。14岁的自我封闭少年与29岁的单身美女的共同生活就此开始。美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。

为了防范使徒再来，真嗣进行着EVA的操作训练，同时也转学到第三新东京市的学校就读。在上课时，老师讲到第二次浩劫的历史事件。可是同学们都不专心，在台下偷偷的玩用电脑网络聊天。真嗣被套出他是EVA 驾驶员，在班上立刻成为受欢迎的人。但同班的铃原东治却对他大打出手，这是因为他的妹妹在EVA 与使徒的战斗中受牵连而受伤。不一会，第四使徒来袭，真嗣将从避难所里出来观望的东治与剑介救入驾驶仓，并无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀击退了使徒。

与第四使徒战斗胜利之后，真嗣并未意识到他战斗的意义，他离开家后，在第三新东京市的郊外，与相遇的剑介呆了一夜，第二日被NERV的保安谍报部带回。放弃 EVA驾驶工作之后，他将被护送回原住处。听毕剑介对真嗣心理的见解，美里急忙赶往车站去送行，列车已缓缓驶离车站，但月台上仍有一位少年的身影。

绷带少女绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口、无心、无表情的性格使得没有人愿意与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源堂交谈，于是对丽产生了兴趣。同时，第五使徒袭来，刚被射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击。

受到加粒子炮攻击的初号机，所幸未伤至要害，但真嗣却对战斗开始胆怯。另一方，使徒正在使用能量钻向NERV本部的位置展开攻击。面对持有自动防御系统的使徒，美里提出了超长距离射击的提案，并取名为“八岛作战”。数小时后，日本列岛全土的能源，集束于战自的阳电子炮内，狙击手为真嗣，丽驾驶零号机执行防御任务。于是，使徒加粒子炮与阳电子炮的两束热能交错飞过，使徒被击坠，而丽挡在了真嗣的面前。