公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年被其父源堂呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。碇真嗣和身为NERV司令官的父亲碇元渡有十年的时间都不在一起，面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是：“坐上EVA。”消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。