SEELE绑架了冬月，力图从他那儿了解NERV的真实情况。面对质问，冬月回忆起许多往事……1999年任大学讲师时初次见到碇元渡、2000年的“第二次冲击”、人口进化研究所、以前的学生、后成为元渡妻子的碇唯之死、赤木尚子博士的死亡与NERV的诞生……不久，冬月被加持救出，但加持……