在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对NERV的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉，于是，加持将她带到了被NERV隐藏的莉莉斯面前。