震怒的真嗣叫喊着要破坏NERV本部，源堂立即调高了LCL的浓度使真嗣窒息，这才收回初号机。被逮捕后的真嗣决意再也不乘坐EVA了。不久，第十四使徒袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中，真嗣在花园中遇到了加持。在加持的引导下，真嗣再次坐上初号机，对已侵犯至发令所的使徒发起了猛攻，但在几欲胜利的瞬间，内部能源耗尽……