震怒的真嗣叫喊着要破坏NERV本部，源堂立即调高了LCL的浓度使真嗣窒息，这才收回初号机。被逮捕后的真嗣决意再也不乘坐EVA了。不久，第十四使徒袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中，真嗣在花园中遇到了加持。在加持的引导下，真嗣再次坐上初号机，对已侵犯至发令所的使徒发起了猛攻，但在几欲胜利的瞬间，内部能源耗尽……

同频率400%的真象，是真嗣的肉体与初号机融合的结果。经调查，真嗣已溶解于LCL之中。于是，律子忙着布置营救真嗣的计划，但似乎在十年前就已有过类似的营救计划失败。经过了一个月的时间，驾驶舱被打开，流得满地的LCL中，只有真嗣的作战服。而正当美里抱着真嗣的衣服痛苦万分时，真嗣的身体又复原了。两天后，加持与美里在旅馆中密会，加持将装有“最后的礼物”的胶囊，交给了美里。

SEELE绑架了冬月，力图从他那儿了解NERV的真实情况。面对质问，冬月回忆起许多往事……1999年任大学讲师时初次见到碇元渡、2000年的“第二次冲击”、人口进化研究所、以前的学生、后成为元渡妻子的碇唯之死、赤木尚子博士的死亡与NERV的诞生……不久，冬月被加持救出，但加持……

天才少女明日香，从小就背负着有一个自杀的、精神失常的母亲的命运。随着近来明日香的同步值不断下降，她担心自己被强迫调离EVA驾驶岗位的日子也会随即而来。于是，第十五使徒出现时，她便不顾命令主动出去迎击使徒。但在受到使徒的精神攻击后，她的精神几欲崩溃，无法作战。最后，由丽驾驶零号机使用隆基亚斯之枪将位于卫星轨道上的使徒击溃……

只要接触到，就连精神也会被其侵蚀的第十六使徒，将绫波丽的零号机捕获，而明日香因为同步值低下而无法操作二号机。于是，元渡启动冻结中的初号机去为丽解围。但是，丽为了保护真嗣，开启了自爆程序与使徒同归于尽。而当真嗣正为此痛苦的时候，丽又出现在他面前…… 当夜，因被元渡出卖、意志消沉的律子，将真嗣与美里带到了制造丽的器械面前……

第三新东京市，在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。在夕阳西沉的湖边，真嗣遇见了一位少年，他就是由SEELE送来的第五适格者——渚薰。经过心灵的沟通，真嗣对这位少年产生了好感，但渚薰的真实面目却是第十七使徒。他带领着二号机，来到NERV地下的亚当处。但在追来的真嗣面前，他却要求真嗣将他杀死……