叶玉林深夜来找弘历，并把果格格的下落告诉了弘历，以报弘历当日的救命之恩，弘历按照叶玉林的指点找到了果格格。次日叶旭一行人离开京城，弘历派小贵喜跟踪。叶旭确实明走暗回，在回京城的路上遇到小贵喜，并枪击了小贵喜。小贵喜用最后的力气回到了宝亲王府，但因为伤势太重而死去。叶旭回到京城被庄亲王安排到一家客栈里。为小贵喜办丧事那天，庄亲王也来了，弘历故意向庄亲王透露果格格被救的事，而且也查到了枪击果格格和小贵喜是同一支枪，也就是一个人所为。 叶旭知道果格格没死的消息，非常气愤，打了叶玉林。接着叶旭向庄亲王透露，其实幕后主使是他们宗长，而且说现在宗长已经集资购买了大量军火，准备进一步行刺雍正，而使清朝大乱，趁机颠覆大清，但叶旭以时机未成熟为由没有说出宗长的姓名。 因为弘昼经常不回家，他的福晋无奈之下只好去找弘历，弘历没法只能去天香楼找弘昼。在飘红楼弘历找到弘昼，并劝他不要继续自暴自弃，而弘昼对弘历说"如花死后我们就不再是兄弟"，弘历一气之下拂袖而走，这些都被董天乐看在眼里。弘历回到家中发现叶玉林挟持晕倒的果格格，弘历抓到叶玉林之后，又故意放她走，因为他想通过跟踪叶玉林找到叶旭的下落。叶玉林回到客栈，叶旭立刻感觉到上当了，果不其然，弘历已经派人包围了客栈。

叶旭在最后时刻告诉了叶玉林的身世，原来她是宗长董天乐也就是叶赫布禄的女儿，为了保护叶玉林逃走，叶旭用调虎离山之计挟持白姑姑把官兵引开。叶旭把所有的罪名都揽在自己的身上，最后叶旭开枪自杀，而逃走的叶玉林却不愿认叶赫布禄这个父亲。 董天乐在天香楼秘密会见庄亲王，与庄亲王达成刺杀雍正的共识，并希望庄亲王帮助他一臂之力，庄亲王答应了。皇上来到宝亲王府，看过果格格，皇上让弘历不要停止调查国宴刺杀案一事，并且要弘历支持弘昼调查无头揭帖一案。这时候，弘昼在调查中已经有了头绪，并且确定在天香楼中有一本"私家秘记"用来要挟朝廷各官员，于是弘昼计上心来。 在庄亲王府，弘昼提醒庄亲王要避嫌，别做傻事，庄亲王不以为然，并暗示弘昼能不能助他成大事，弘昼表示如果是对付弘历，他在所不辞，如果要他做对不起皇阿玛的事，那可是万万不能。 弘昼让岳文匡在飘红楼旁边放火，用烟逼飘红他们把那本"私家秘记"拿出来，飘红果然中计，弘昼去抢"私家秘记"，并与天香楼里的打手发生争斗，飘红想用枪要在旁边暗算，这时弘历及时出现，用身体挡住了子弹，左臂受了伤。弘昼借机除掉了飘红和打手，并被弘历的所作所为而感动。上当的董天乐也就是叶赫布禄知道自己小看了弘历和弘昼。

叶赫布禄誓与雍正决一死战。与此同时，雍正也周密部署。弘历为了救弘昼而受伤，得到了雍正的褒奖，雍正希望他们兄弟二人要和睦相处。并且，雍正传见沈大人，重重斥责他调查行刺案的失职，同时决定取消秋狝。庄亲王得知秋狝要取消，按捺不住，求见皇上，要求他不要取消。可是雍正早有准备，暗示他不要轻举妄动。 弘历受伤，果格格笨手笨脚的为他熬鲫鱼汤，哪知她的手艺实在太差。喝汤之际，白姑姑探听弘历关于他和果格格的事情的态度，弘历犹豫不决。这时，富察氏到来，借机向白姑姑表明了心迹：她不希望弘历因为受到男女私情的牵连而误了江山大业，才会谎称自己怀孕，难为果格格。白姑姑闻听后，打算带女儿回家，从此不再陷入此瓜葛。但是白姑姑心乱如麻，求福敏帮她解决。这一切都被果格格听到。 岳文匡去拜见弘昼，此时弘昼正在看无头揭帖，想要以此控制上面的达官贵人。庄亲王去天香楼见叶赫布禄，叶赫布禄为保护叶玉林，赶她回部落，可叶玉林决意留下。沈大人害怕在行刺一事中受到牵连，想要中途退缩，庄亲王派人去将他灭口，这时突然杀出两人，击退了庄亲王的杀手，把沈大人救走。杀手回去禀报庄亲王，哪知这时候皇上突然驾到，暗挑明他已经知道庄王谋反之事，并带上人证沈大人。庄亲王求死，雍正教训他一顿后拂袖离去。庄亲王万念俱灰，去找青荷，不料失手将她打伤致死。得知青和已经怀上了自己的孩子时，庄亲王悲痛欲绝。而此时的天香楼中，叶赫布禄正在等待着庄亲王，未曾想雍正帝突然驾到。

雍正，弘历，弘昼带领官兵把天香楼团团围住，在一系列的辩论中，叶赫布禄知道自己大势已去。雍正表示除了叶赫布禄其它人都可以离去，叶赫布禄为了保护族人，只能服下皇上赐的毒药鹤顶红。临死前，叶玉林终于认叶赫布禄为自己的父亲，最后叶赫布禄为叶玉林改名为叶赫杜拉，抱着女儿含恨死去。雍正也遵守了自己的承诺，放了其它叶赫族人，临走时叶赫杜拉对弘历说，有朝一日叶赫族必灭大清，而弘历只送给她四个字"好自为之"。 庄亲王神志已经不清，当弘历和弘昼去见他的时候，他竟然把弘昼当作了皇上，把隐瞒弘昼多年的秘密都透露出来，说如花之死是他陷害的宝亲王，并且还满嘴胡言乱语，一代王爷竟落得个这样的下场。 果格格思前想后，为了大局，决定不做弘历的绊脚石，而去白云庵出家。正当剃度之时，弘历和白姑姑赶到。果格格不听劝告，一意孤行，气得白姑姑也要剃度。弘历为了让果格格回心转意，就跪在白云庵外面三天三夜，希望他的行动能感动佛祖，感动果格格。最后皇天不负有心人，果格格终于重回弘历的怀抱，大家都为这个完美的结局感动而高兴。 弘昼也不再想与弘历继续斗下去，二人和好如初，并且弘昼愿意永远跟随弘历，为天下苍生作福。这样，整部《少年宝亲王》的故事就到此结束。