义经受命为勤王之师上京讨伐义仲，这是义经第一次带军，幸亏身边有牟庆等能人无数，加上义经本身的军事天才，很快救出了被义仲软禁的后白河法皇。

义仲带军逃往镰仓，然而此时他只有四千兵马了。他原本希望自己的叔父行方能帮忙，可惜得知行方认为他这是叛国，反而带军前往京都打算剿灭义仲。终于醒悟自己已经大势已去的义仲，让妻子巴带一部分人离开，这样分开走可以分散敌人的注意力，结果义仲在镰仓去世。

义经被法皇受命为皇宫的护卫统领，开始在京都正式落脚。某天行家来拜访义经，并大声数落义仲的不是，义经勃然大怒，但同时又对在没有战争的情况下居然投身家族之争的自己生气。

此时，在好友吉次的帮助下，义经终于和自己的母亲常盘重逢，但常盘却告诉义经，不要再来见自己了，虽然对母亲的话感到疑惑，但义经还是答应了。

义经得知义仲的首级被悬挂在监狱门口，大为反对。到监狱门口去看的义经，碰到了正在那里的巴，已经有些自暴自弃的巴狠狠地对义经说，自己对死去的丈夫充满了仇恨和厌恶。

丹后局（夏木真理饰）找义经入宫，询问他反对悬挂义仲首级示众的真正目的，实际上后白河法皇就在旁边的一间屋子偷听。

回家后义经发现自己朝思暮想的静居然来了，两人为都能平安无事的重逢感到非常高兴。不过义经即将和平家决战，于是他拜托牟庆等人保护静。空惠得知义经又将上战场，去义经家找他，才第一次知道情敌静的存在。

平家军在一之谷安营扎寨，这里周围都是悬崖峭壁，是易守难攻的绝佳战略地点。源资盛（小泉孝太郎饰）带领先头部队前往一之谷，结果在三草山遇到了早已埋伏在那里的平知盛大军。通过得力助手三郎和次郎的汇报，义经很快知道平家军潜伏在三草山。结果义经采用分散敌军注意力的战术赢得了胜利，在己方毫无伤亡的情况下，顺利向目的地一之谷挺进。

然而此时平宗盛却接到后白河法皇的书信，表示希望源平两家能和睦共处，才会让双方开战的，实际上这是法皇的诱敌之计，没有察觉到法皇真正意图的宗盛，看到书信上写着希望他能再到京都晋见，非常开心。

此时义经的大军兵分两路逐渐迫近目的地，谁知人数上远胜平家军的源家军竟然陷入了苦战，最终义经用奇谋成功杀入了平家阵营。

义经在一之谷打了一场漂亮的胜仗，顺利凯旋。可惜连见自己心爱的静一面的时间都没有，每天被追问战争的详细经过。另一方面，源家内部对如何处置战俘平重衡意见不一，小时候和重衡亲如兄弟的义经感到非常难过。源家要挟让重衡给平家写了一封信，要求用重衡交换被平家带走的三种神器。结果被平家现在的当家宗盛拒绝。结果对重衡的处罚变得不得不这么做了，于是赖朝下令让义经押解重衡去镰仓，途中两人互诉衷肠，仿佛回到了两小无猜的童年。

刚到达镰仓，赖朝就下令义经尽快到一之谷会合。但赖朝的妻子政子从镰仓的武将中得知，义经是个不可多得的军事天才，对他产生了强烈的警戒心。

义高得知义仲去世，于是打算逃跑，却被抓了回来。赖朝决定严肃处理此事，下令斩首。义经跑去为义高求情，却被赖朝拒之门外，义高被处刑之后的第二天，赖朝告诉义经，自己要建立一个属于武士的国度。这些话让义经感觉自己和赖朝越来越疏远。

一之谷战役因义经的军事天才大获全胜，赖朝向后白河法皇提出让义经升官，但言词之间颇多隐忍和不满，发现这一现象的法皇，明白到赖朝和义经两兄弟之间有嫌隙，害怕已经有些功高镇主的源家变成第二个平家，法皇开始筹谋如何分化源家。

义经得知母亲常盘病倒了，终于忍不住打破和常盘不再见面的约定，去探望了病床上的慈母。

义经被任命为检非违使左卫门少尉（检非违使厅：管理京都的治安），可惜却无法得到赖朝的认可，不仅如此，赖朝还对义经不得到自己同意就接受官职的事情震怒不已，把他排除在继续讨伐平家的军队以外，并命令义经娶御家的小姐阿萌（尾野真千子饰）为妻。为了表示自己绝对的忠诚，义经决定迎娶阿萌。

义经被排除在了追讨平家余孽的源家军之外，只好每天在京都追捕夜盗，即便如此，京都的夜盗仍然非常猖狂不见收敛，于是义经向当初遇到的山贼求教，得知原来很多人是被环境所迫，才会被逼当起了强盗。

后法皇决定升义经的官，让他做从五位下。不过义经并没有立刻答应，因为他希望得到赖朝的同意，于是写信给赖朝希望他能答应，赖朝没有发现这是法皇的阴谋，对义经的不满越见加深，不肯回信给义经。

某天法皇带义经到一家寺院谈话，言辞之间非常温柔，就像对待自己最至亲的亲人一样。义经也逐渐抛开戒备，对法皇起了亲近之心，但他并不知道，自己已经完全落入法皇的圈套了。

法皇再次劝说义经接任从五位下，但赖朝依然不肯回信发表意见，义经认为自己等得够久了，于是接受了升迁令。得知此消息的赖朝暴跳如雷，同时下令让义经带兵攻打屋岛，讨伐平家。