上杉向松井报告江南号已到沪，梅津博士也已安全抵达。松井对他说关于梅津的事情听从德川的安排，让他主要负责江南号的安全和维修工作，而梅津的事情他担不起这个后果，因为使用细菌作战在战后审判是要判重刑的。上杉问松井这是给他的命令吗，松井不是在命令他而是想给他一个告诫，让他自己考虑。罗娜医生要去实验室被守在门外的日本兵拦住，罗娜去找沈院长，沈院长告诉她实验室已被上海市政府批给日本宪兵使用。昊天知会昊然皇军要使用船坞维修江南号，昊然生气的质问昊天为什么不事先通知他，并让他不要把事情做绝了。上杉派重兵驻守大华一号船坞，除了维修的工人不让其他任何中国人靠近。

昊然告诉马俊杰与陈重他发现在维修江南号的一号船坞布满了日本宪兵，而且江南号的吃水很深，证明江南号里装满了货物。大家都觉得这次江南号的任务不简单。上杉把松井告诫上杉的话告诉了德川，并表态自己会伴随德川左右。德川告诉上杉他的江南号保卫计划她看了，要他在了解大华船厂的结构下制定更加周密安全的计划。马俊杰提出拿大华船厂的图纸来研究，昊然说大华船厂的图纸在过去的工部有备案。陈重说他和马俊杰一同去把图纸弄出来。马俊杰和陈重潜入工部的资料室顺利窃取放在保险柜里船厂的图纸。

另一边上杉也在找大华船厂的图纸，他的部下禀报他没有找到图纸。上杉说英国人建造的船厂是不可能不留下图纸的，他要亲自去工部局。陆荣轩再次告诉昊然无论如何也要想办法把船厂从日本人手里夺回来。上杉到工部的资料室，管理员一口咬定没有大华的图纸，找不到图纸的上杉杀了管理员。黄牛到中统联络处，联络员告诉黄牛，以后黄牛属于他领导，他让黄牛秘密监视有意脱离组织的老猫(琴姨)，如果他有任何不利于组织的行为，不必通知他就可以将其正法。马俊杰把琴姨是老猫的事情告诉昊然，并告诉他上峰的任务。昊然以神秘人身份打电话给琴姨明天下午三点在兰桂坊咖啡馆见面。第二天琴姨来到咖啡馆刚坐下，有个车夫说自己受委托把封信交给琴姨，她打开信上面写着“中统已经开始监视她，让她事事小心。”

松井给上杉当日看日本大和银行总裁和情妇被杀的报纸头条问他的看法，上杉觉得凶手特意在现场留下哈瓦那雪茄和一把手术刀有蹊跷。松井让他立刻查明此事。梅津在回实验室的路上碰到罗娜，他对罗娜说自己来上海一位朋友，有空请罗娜喝清酒。琴姨深夜来找安妮，对安妮说万一哪天她不能在陆荣轩身边，请安妮好好照顾他，安妮觉得琴姨今晚有点奇怪。沈夫人问梅津怎么这么晚回来，梅津说自己这几天经常到外边观察上海的空气气候和湿度。罗娜来找陈重说自己今天在慈济遇到东京帝国大学的教授，她一个细菌学的博士突然来上海一定有问题，陈重说要把这个情况跟昊然他们商量。上杉来到实验室，梅津给上杉看若干代病毒的毒株母本，并对上杉说就是把命丢了也要保住这些母本。陈重和安伯和昊然讨论梅津，安伯说梅津来上海说不定于细菌武器有关，他要马上向老家汇报。有个女孩在电话亭打电话被梅津盯上。

德川让上杉找梅津到她办公室来一趟，她怀疑这几天连续几起妇女奸杀案与梅津有关。并让上杉密切关于梅津的动静，要保证他的人身安全。思瑶把结婚请柬交给罗娜，罗娜想劝思瑶，思瑶说这是她自己决定的。德川问梅津研究进展如何，梅津说有重大突破，并说自己所用的原材料就是苍蝇蚊子使用起来很简单。德川问梅津研究实验到制成细菌炸弹要多长时间，梅津说三十天。昊然来慈济碰到正要离开的思瑶，昊然拦住思瑶让她多考虑下和昊天结婚的事情，让她不要作践自己，思瑶甩手走了。沈夫人对思瑶说自己太自私了，要和思瑶去悔婚。思瑶伤心的说为了她什么都愿意。

陆荣轩和琴姨讨论思瑶和昊天结婚的事情，他觉得是昊天用什么方法要挟了沈夫人，琴姨说她去找沈夫人好好谈谈。上杉给看守实验室的日本兵下命令晚上不让梅津出去，不能出去的梅津神奇举止异常。琴姨找沈夫人谈思瑶和昊天的婚事，梅津激动的从实验室来到沈夫人的办公室质问她晚上为什么不给让他出去，琴姨吓得把包掉到了地上，梅津看到琴姨后说自己走错门然后离开。琴姨起身要离开，沈夫人拦住她说她已经知道了她的秘密，僵持之下琴姨说出沈夫人的真实身份是德川，沈夫人也猜出她是老猫。琴姨掏出枪但被沈夫人先一步拧断脖子。

沈夫人把琴姨移到她办公室傍边的房间，安督察和昊然看到琴姨死前在地板上留下三点水个宝盖头。昊然请安督察无论如何也要缉拿到真凶，并请沈院长先不要把琴姨的死告诉陆荣轩。中统联络站的联络员听到黄牛向他报告老猫死讯，觉得很震惊，他让黄牛去查清楚老猫的死因。昊然告诉陈重等人，他怀疑凶手是沈夫人和沈诗瑶其中一人。安伯说琴姨的脖子是被拧断的，没有经过专业训练就会像琴姨一样不会立即死亡，说明杀害琴姨的很可能是个女性。昊然说现在只有一种办法就是引蛇出洞，让这个幕后真凶自己现出原形。德川让上杉去试探安督察案情的进展。上杉请安督察在日本会所吃饭，安督察故意向上杉透露出已经锁定凶手是沈夫人和沈诗瑶其中一人。

上杉把安督察说的向德川汇报，德川让上杉把安督察派去保卫大华船厂。昊然把陆荣轩接回陆公馆，陆荣轩问起琴姨，昊然说她去南京办事。上杉到巡捕房把肖瘸子和安督察派到大华看守，并且不允许他们离开工作岗位和外界联络。安督察派两人去太平间蹲守，他怀疑肯定有人到太平间对琴姨的尸体动手脚，一旦发现立即逮捕。沈夫人交给沈诗瑶一把枪让她防身。陈重向昊然提出砸掉江南号，昊然不同意说要等安伯一起商量。深夜思瑶接到沈夫人的电话，沈夫人让思瑶去太平间说昊然在那等她有重要的事情和她说。思瑶一进太平间就被巡捕便衣抓住，这时沈夫人进来用蒙汗药蒙倒了那两个巡捕便衣，然后捡起他们的枪打死他们，她把枪指向沈诗瑶说自己没有选择。

思瑶问她为什么，沈夫人说思瑶只是她用来掩护身份的道具，她还告诉思瑶她是大日本帝国的高级间谍，十几年前她以南洋富商遗孀的身份在南洋的孤儿院里收养思瑶。思瑶不肯相信，沈夫人开枪打死了思瑶，然后把枪放回巡捕便衣制造成枪战的假象。陈重接到罗娜的接话后知道了此事，他挂了电话后又打电话把这个消息告诉昊然。昊天不相信思瑶会杀人，沈夫人装作十分激动的样子打了上杉让他们滚。陈重问昊然有什么看法，昊然说如果没查清沈诗瑶杀琴姨的动机他是不会相信是思瑶干的。陆荣轩从报纸上知道了琴姨被杀的消息十分难过。

安妮对昊然说她相信昊然能找出真凶。陈重在研究大华船厂的图纸要去炸江南号，马俊杰阻止不了陈重，马俊杰赶紧打电话到陆公馆找昊然，但是昊然不在。昊然和安妮到沈家安慰沈夫人，昊然说自己听罗娜说在思瑶出事的那天晚上曾接到她的电话，沈夫人否认给思瑶打过电话，并表示自己不想再追查让思瑶安静的离开。陈重带人从下水道进入船厂埋炸药炸掉船厂。马俊杰到昊然家里找他，说出陈重带人去大华炸江南号，昊然让马俊杰赶紧和他去大华。

陈重的人在大华被巡逻的日本兵看到，在干掉两个日本兵后暴露，陈重下令计划取消赶紧撤退，但是日本兵越来越多，陈重脱不了身。陈重翻墙逃跑被安督察碰到，安督察打死了巡捕房的警员让陈重快走，安督察和陈重进了一条死胡同，安督察让陈重翻墙逃走，陈重不肯丢下他，中枪的安督察让陈重不要管他快撤。肖瘸子在胡同口喊话，上杉知道安督察是共产党很生气，安督察用最后一发子弹自杀。马俊杰和昊然要进大华，日本看守不让他进。德川说出共产党的目的是想炸江南号，他让上杉去安督察家里搜查。

昊然对陈重大发脾气让他好好反省。谭旺祖知道安督察死讯，谭旺祖对安督察的举动十分佩服，让老白找个机灵的弟兄给他送份奠仪。上杉报告德川，在安督察家里的收音机上发现了两个指纹，一个是安督察的另一个还没查清楚。沈夫人找来昊然说自己得了肝病，以吃药为名让昊然给她倒杯水窃取昊然的指纹。中统联络站联络员对黄牛说刚得到上峰消息日本要在中国实施焦土计划，他们一个细菌武器专家已经密码地来到上海，上峰交给黄牛的任务就是不惜一起代价，消灭此人销毁细菌武器。梅津要在深夜出去被拦，他拿刀扬言不放他出去就要自杀，梅津趁机跑出慈济医院。德川找来梅津博士的助手，欲让他取代梅津。梅津在深夜盯上了朱迪，他爬进朱迪家奸杀了朱迪。梅津在离开现在的时候碰到了谭旺祖，谭旺祖拿枪指着梅津让他站住。

梅津在离开现在的时候碰到谭旺祖，谭旺祖拿枪指着梅津让他站住。这时有一个人拿枪指着谭旺祖救走了梅津，谭旺祖听出他们是日本人。朱迪的尸体被肖瘸子抬走，谭旺祖对老白说如果让他抓住黑衣人非把他宰了。德川问梅津以他的身份什么样的女人没有为什么要选择奸杀的下策，梅津说只有在争取中才能得到乐趣，德川大怒让梅津再有行动必须通知她，梅津说自己还是要一个人行动。

马俊杰把中统联络员的话告诉陈重，要想进一切办法消灭细菌武器。陈重说梅津和罗娜是师生关系可以找她询问梅津的情况。德川决定把梅津的助理培养起来取代梅津。老白找肖瘸子打探黑衣人的下落，并告诉他谭旺祖已给各个堂口布下任务，严密注意黑衣人的动向，一旦发现立刻把他解决。上杉告诉德川陆昊然的指纹和留在收音机上的指纹完全吻合，但奇怪的是陆昊然的指纹只有在收音机上才有。德川让上杉把昊然请到宪兵大队问话，上杉去陆公馆请陆昊然并对他进行盘问。

上杉拿出安督察家的收音机问昊然上面怎么会有他的指纹，昊然想起曾给沈夫人倒水怀疑自己的指纹被窃和沈夫人有关，昊然说出归乡难民出关还乡时帮一位难民捡起散落在地上的行李，其中就有这一台收音机，后来安督察把收音机没收了，这件事有肖瘸子作证。上杉找来肖瘸子，让昊然回去。肖瘸子证实了昊然说的情况。德川监听了这次的询问，她对上杉说虽然陆昊然理由充分但还是不能相信他。昊然回到家让安妮赶紧收拾行李跟陆荣轩离开，安妮不相信沈夫人窃取昊然的指纹也不肯离开。

肖瘸子来找上杉说自己想当督察，上杉说如果他肯立功的话这没问题。肖瘸子立马把谭旺祖要杀梅津的情况报告给上杉。陈重等人找来罗娜了解梅津的信息，罗娜说梅津曾杀过两条做实验用的狗，还在夜间袭击过低年级的女学生。大家听了罗娜的讲述后觉得最近报纸上刊登的变态杀人狂就是梅津。而梅津是细菌病毒的母本，干掉梅津才是关键。昊然觉得可以利用梅津的怪癖来消灭梅津，而细菌繁殖最怕的是高温和低温。陈重说如果能弄到实验室平面图的话就有办法，罗娜说她可以带他们去，并当诱饵把梅津引出来。上杉把谭旺祖要杀梅津的情况报告给德川，德川决定动手解决谭旺祖。昊然发现自己被日本人监视。

肖瘸子在上杉处打电话到谭公馆说黑衣人住在霞光路10号。老白把这个情况告诉谭旺祖，谭旺祖要在晚上亲手杀黑衣人。老白觉得事有蹊跷，肖瘸子是个贪生怕死的人但他在电话里说要为谭旺祖带路。谭旺祖说老白想太多，老白提出把七十二个堂口的弟兄们都召集起来，谭旺祖觉得大题小做拒绝了老白的提议。昊然又劝安妮离开上海，安妮再次拒绝。谭旺祖带着十几个弟兄准备去霞光路杀黑衣人。昊然回家后对安妮大发脾气，说自己当初是为了任务才和她结婚，他爱的人是思瑶让安妮把玉佩还给他，安妮把玉佩还给昊然后伤心地离开陆公馆。谭旺祖带人赶到霞光路，远处出现了黑衣人，等谭旺祖等人走进了才发现黑衣人是上杉假冒的。

谭旺祖等人走进了才发现黑衣人是上杉假冒的，并且四周布满日本兵，肖瘸子趁机抢走了谭旺祖的枪指着谭旺祖，谭旺祖说即使自己被日本人杀人也要绝对不放过他。谭旺祖欲抢肖瘸子的枪，上杉趁乱开枪打死了肖瘸子。谭旺祖抽出皮带和上杉打了起来，谭旺祖带来的弟兄都陆续地被四周的日本兵打死，谭旺祖最后也被日本兵打死。安妮跑到罗娜家里，罗娜打电话给昊然。上杉对德川说昊然和安妮吵架，安妮离家出走。德川猜测安妮肯定是去了罗娜家，她让上杉把安妮抓来。

昊然等人决定开始行动诱捕梅津。安妮写了书信从罗娜家里离开了。陈重扮作黄包车夫拉着罗娜故意从梅津车前走过。安妮出了罗娜家就被日本人跟上，被日本人抓走。梅津拦住了陈重的黄包车让陈重滚，陈重趁机拧断了梅津的脖子，然后扮成梅津回到实验室，把改好的装置装到配电器上毁坏细菌毒株。德川从手下听到梅津回来的消息让上杉和他一块去实验室找梅津谈话。上杉快到慈济医院看到梅津的车开走，德川让上杉赶快到实验室检查毒株。上杉和德川到实验室发现平常的哨兵不见了，上杉进门灯刚开细菌毒株就自动爆炸。

罗娜找到昊然说安妮不见了，昊然看了安妮留下的书信十分担心安妮。安妮从陌生地方醒来看到穿日本军装的沈夫人，质问她琴姨和沈诗瑶的事情，沈夫人都承认是她做的。陈重告诉昊然和马俊杰刚和上级组织取得联系，上级给了他们新的任务，摸清日军在上海地区的地面兵力部署、机场分布图还有海军舰艇部署、上海的水文气象概况地形特征等一切资料便于美军登入中国大陆与日本决战。昊然等人决定潜入驻上海日军司令部的机要室窃取上海日军防卫力量与攻防火器战略图。

昊然等人袭击了日本司令部的副主任，扮作日本兵的样子顺利利用副主任进入了宪兵司令部。陈重发现了机要室和秘书室的房间牌子和以前相反，他们分别潜入两个房间找。陈重和昊然在秘书室的保险柜里找到了上海日军防卫力量与攻防火器战略图，他们拿照相机拍下图纸。而马俊杰在机要室的抽屉里也找到了一份上海日军防卫力量与攻防火器战略图进行拍照。昊然和陈重拍完后把图纸放回保险柜到隔壁房间去找马俊杰准备撤退。昊然听到脚步声躲进旁边的房间。德川发现哨兵不见赶紧去机要室，检查后没发现丢失资料。昊然等人顺利脱身。

昊然把两卷胶卷都给罗娜，让她到新四军后让组织把两组情报对比一下，如果不一样的话就把标有几号的胶卷挑出来。德川告诉上杉决战在即，并告诉他本土的玉碎计划和国外的焦土计划是大日本帝国唯一的选择。上杉告诉德川被改成救护船的江南号已修缮完毕，原来从船上卸下的物资已经重新装回货舱。日本帝国以红十字会为中介与同盟国达成一个协议，批准江南号运输伤员和非战斗人员。德川决定利用江南号运送贵重的物资，她要把江南号所有空余的仓位全部装上货物，她让上杉调个联队来充当苦力，她还要让一些非战斗人员上船作为掩护。昊然等人也再想日本人到底想用江南号运什么，陈重说出自己在偷袭江南号时，在船坞里发现很多货箱，昊然觉得这很可能是日本从其他地方掠夺来的物资。陈重提出要炸掉江南号，昊然说要慎重行事。

德川让上杉把陆昊天带来见她。江南号船长闯进德川办公室，他告诉德川船的载重已经到了极限，只要再装一吨货物船就有沉没的危险。德川说一定要把内定的货物装载完毕船才可以出航。船长说出如果再继续装货的话，他拒绝指挥江南号，并且向内阁控告德川。德川掏出枪击毙船长，任命上杉担任江南号的船长。德川让昊天回陆公馆找陆荣轩摸出江南号设计的缺陷。陈重等人在商讨如何炸毁江南号又能保住港口不堵塞航道，昊然决定回去问陆荣轩江南号设计的缺陷。德川把一把短枪交给昊天让他防身。

昊然和俊杰深夜来到陆公馆，昊然对陆荣轩说自己要炸掉江南号，江南号是陆荣轩亲手设计的船，陆荣轩十分痛心和舍不得，但是为了阻止日本人把物资运回日本陆荣轩同意了昊然的决定。陆荣轩告诉昊然的弱点就是蒸汽锅炉，只要炸了锅炉，江南号只有沉没。陆昊天在也时也回到陆公馆，他不允许陆荣轩和陆昊然炸江南号，他掏出枪让昊然把图纸给他，陆荣轩无奈下击毙了昊天，昊然让陆荣轩赶紧离开，陆荣轩不肯，马俊杰拉走昊然，两人走到门口的时候陆荣轩自杀了。伤心欲绝的昊然被马俊杰拉着离开陆公馆。

上杉向德川报告陆公馆发生的事情，德川说共产党做这么多就是炸江南号。昊然等人决定制作以假乱真的煤块炸弹趁机运进江南号。一个搬运物资的日兵晕倒，德川命令上杉马上换一批人继续搬运，要在三天之内把物资都运上船，在盟军规定的期限内把物资运回日本。昊然等人劫获了鬼子的运煤车，把煤块炸弹混入真煤块中去。马俊杰和陈重打扮成日本兵的样子，开车跟上日本人第二组的运煤车顺利开进了船厂，在卸煤的时候被矢野怀疑，矢野问他们指挥官的名字，马俊杰陈重说不出，只好把矢野杀了。

第二天江南号马上就要起航，上杉报告德川在装货的时候发现被拧断脖子的矢野，德川肯定船上一定有炸弹，她下令把军人以外的所有人赶下船。上杉请求德川延迟开船时间，但距盟军要求他们开船的时间已经不多，来不及开箱清查这八千件货。德川决定把昊然引出来。罗娜让昊然听广播，德川拿安妮逼昊然去船厂，昊然要去赴约，众人阻止他说他这就是去送死，昊然说江南号已点火升气，马上就要驶离港口，如果船在港口爆炸的话就会在港口沉没，上海的深水港就完了，所以他一定要去。昊然给安妮写了封信，并把自己的玉佩放进信封。

昊然对陈重等人说自己已经决定要去赴约，总要有人面对死亡。就算他牺牲了，也会在天堂和陈重等人一起庆祝上海的新生。陈重等人开车送昊然到大华船厂，昊然要求把安妮放了他就答应德川上船，昊然把信交给安妮让陈重把她带走。陈重把安妮带走，开车离开大华船厂。昊然登上了江南号，德川看见昊然后下令开船。德川让昊然告诉他炸弹的位置，陈重等人在港口停车看着江上的江南号已驶离港口，安妮打开了昊然给他的信。昊然不肯告诉德川，德川大怒，这时锅炉房发生爆炸，轮机舱开始进水。昊然说他今天用他的生命换取中华民族的独立和自由，笑着和陈重安妮等人诀别。安妮看到江南号连续爆炸伤心的昏厥，江南号沉没。日本人节节败退，宣布投降。一名日本军人找到松井告诉他外面都在等他举行受降仪式，松井说他来上海八年了，直到今天才明白，从来没有看懂过什么是上海。