了凡记录下来的涉及徇私舞弊的人员名单显示敏德正是首贪。看到确凿证据，乾隆下令抓捕敏德。收到和珅的消息，敏德连夜逃走。纪晓岚建议乾隆从严查处涉案人员以警示世人，并重新阅卷以示公正。赵新进看到自己榜上有名，欣喜不已。敏德借和珅之名要见纪晓岚，纪晓岚不知有诈，被敏德袭击。关键时刻，赵青救了纪晓岚一命，自己却受伤。乾隆下令斩首敏德，并决定重开恩科。和珅依然担任主考官。纪晓岚带小月去专卖应考用具的“连升店”，看到无奇不有的作弊工具，还有一间名为“独占鳌头”的书院。

书院承诺，只要考上本院便可分文不收，还保证中举。正在纪晓岚惊诧之时，穷书生徐有庆闯进考场，痛斥科举考试的黑暗之处。纪晓岚感叹徐有庆才智兼备。经小月打探，此书院的赞助人为“驴肉先生”。纪晓岚坚信其中有蹊跷，决定追查下去。纪晓岚与小月在一驴肉馆遇到在此做工的徐有庆，徐有庆表示当今科举考试已成为牟利赚钱的营生，清白的读书人都以此不齿。纪晓岚带和珅来到坐落于驴肉胡同的和珅故邸，回想旧日辛酸，和珅承认自己就是驴肉先生以及自己爱才助才的苦心，并将纪晓岚带至书院。纪晚岚惊讶地发现徐有庆就在其中，但言语却犹如陌生人。纪晓岚设局，让乾隆假扮店小二以听到和珅兴办书院的目的。和珅坦言，兴办书院只为培养自己势力，治学是假，谋私是真。乾隆大怒，罚和珅承担此次恩科考生的所有费用，并让纪晓岚顶替和珅管理书院。和珅到处去宣扬自己倾囊治学。当得知乾隆亲自命题时，和珅买通乾隆身边的太监王喜偷题。

和珅让徐有庆根据从乾隆那里抄来的要点拟题，徐有庆表示为了锦绣前程，愿意为和珅效劳。和琳提醒和珅要提防徐有庆，和珅不以为然。纪晓岚对徐有庆的判若两人感到不解，决定一探究竟。赵新进由于帮助纪晓岚调查舞弊之事，遭到奸人陷害而变疯。赵青表示要替哥哥参加会试。她认为哥哥的名字出现在榜首时，他的病情就会好转。纪晓岚苦口婆心地告诫赵青替考也是舞弊露，赵青不为所动，并再度不辞而别。徐有庆告诉纪晓岚自己在施苦肉计，只为了得到更多和珅的舞弊证据。和珅与和琳从徐有庆的话语中发现了破绽，决定将其灭口，以防后患。纪晓岚暗示乾隆试题被泄露。王喜知道难逃一死，便服毒自尽，临死前诬陷纪晓岚为幕后主使。纪晓岚意识到徐有庆要遭不测，贴告示寻找徐有庆。临考前，和珅貌似悠闲地购买了一大批鸽子。鉴于上一次的经验教训，乾隆将此次会试的搜捡设置得更加严格。

纪晓岚从鸽子卖主口中得知鸽子可以传信，联想到和珅收购大量鸽子，纪晓岚有所觉悟。赵青找到和珅，恳求其允许自己替哥哥考试。一曾经被纪晓岚救助过的翰林将和珅收买众翰林替考生答卷作弊并由鸽子传送的消息透露绘纪晓岚。纪晓岚命小月在适当的时候燃放爆竹，以驱赶鸽群。赵青得知考生均要过“净身池”很是担心，她面露犹豫之色引起士兵的怀疑。正在两人拉扯之时，纪晓岚出现并坚决表示不会让赵青进入考场。为了拉拢赵青为自己效力，和珅以赵青忠孝为由，恳请乾隆传其入场，纪晓岚却以“无规矩不成方圆”为由大加反对。小月跟踪和琳，发现了众翰林答卷的密室，正当小月想要察看一番时，却被和琳发现并打晕。小月醒来发现试卷已被鸽子带走，便飞马赶往考场。没有小月的命令，等候放爆竹的人谁也不敢动手，眼睁睁地看着鸽群飞过。纪晓岚将准备好的诱鸽放上天，鸽群在诱鸽的带领下纷纷落地。小月赶到并下令放爆竹，结果鸽群受到惊吓又再次飞上天，和珅幸灾乐祸。得知自己高中，赵青深感愧疚，于大堂之上向乾隆揭露考试内幕。

京城里弥漫着一种神秘香气，由于来势突然朝廷内外俱惊。乾隆命和珅迅速查明香气源头。一神秘女人，自称知道香气由来，原来纪晓岚为了撰写《四库全书》而广征天下藏书，好友颜骥踊跃献书。和珅却大兴文字狱。乾隆在和珅的煽动下，将颜骥全家赐死。纪晓岚无力回天，只有将颜骥生前收藏的西域烟草点燃，以此明志要为颜骥讨回公道，也正是此独特香气使全城大乱。昔日神秘女子正是颜骥流落在民间的私生女颜如五。如玉认为一切都因纪晓岚而起，决定替父报仇，纪晓岚扮作戏子，在戏台之上拿出乾隆赐予的金烟杆，表明要为颜骥翻案的决心。

太后被纪晓岚的肺腑之言所感动，答应出面参与调查。和珅的文字狱愈搞愈烈。和珅煽动乾隆命纪晓岚将颜骥的藏书付之一炬，纪晓岚巧设妙计保住藏书。如玉在和珅的安排下结识小月，小月对如玉的学识很是佩服并求教于如玉。看到小月的学问突飞猛进，纪晓岚不禁对如玉产生好奇。小月将纪晓岚介绍给如玉，纪晓岚对如玉的品行颇为欣赏。和珅将掺有迷魂药的烟草送给纪晓岚，趁纪晓岚神志不清时，和珅让其写下颜骥窝藏反书的奏章。如五发现家父的藏书均在纪晓岚家中，于是误认为纪晓岚为霸占藏书而将颜骥迫害致死，不由对纪晓岚更加仇恨。