吕不韦终于明白自己应该告老还乡了，临行前仍再次寄语嬴政以仁治国。嬴政冷冷地告诉李斯，先消灭谁并不重要，重要的是谁才是真正的决策者。

战场上，樊于期接到命令，无可奈何地自己领兵攻打韩国去了。

吕不韦离开咸阳，众大臣前来送行，李斯也前来探听消息。李斯向嬴政禀告吕不韦在朝廷中的势力仍在，并以嬴政的血统传言来刺激嬴政，终于促使嬴政下决心将吕不韦赐死。吕府中的吕不韦面对御赐毒酒，在绝望中引鸩而亡。远在秦宫中的嬴政，抑止不住的悲伤之后，更加孤独，更加冷酷……

樊于期消灭了韩国，咸阳城内的百姓热烈欢迎凯旋归来的将士。蒙武的女儿蒙嫣带者丫鬟海棠也出现在欢迎队伍中，因为人多没见到樊于期，却对这个凯旋的将军产生了好奇。

嬴政对樊于期的灭韩战功甚为满意，嘉奖了樊于期。期趁机请求嬴政释放战俘，嬴政终于同意宽恕韩国战俘，对魏国等战俘却仍不赦免。

在凯旋庆功宴上，嬴政特地请来了被秦国软禁七年的燕国太子——丹。对于太子丹的洁身自好，嬴政察觉出他卧薪尝胆的决心，虽不以为然，却仍用韩王的头颅警告太子丹要识时务。

太子丹回驿站的时候，留意到住在近邻的妓女水依依。太子丹曾试图通过燕国人传递消息给燕王，但由于新来的管家严密监视，一直没有无法成功。

嬴政还是暗地指使李斯毒死了韩国俘虏，令樊于期十分愤怒和悲痛。此时将军蒙武请樊于期过府谈话，欲将女儿蒙嫣许配给他。樊于期表示国事未定，暂不论婚假。海棠将消息告诉了蒙嫣，蒙嫣知道缘由后又喜又怒，决定亲自探问樊于期是否会真的喜欢她。

丹和依依终于相识，两人更通过琴韵产生了情感。丹告诉了依依关于自己的真实身分，并趁机恳求依依帮助自己捎信出去，请燕王想办法就自己回到燕国抗秦……

燕国请求田光的“天灭”组织帮助拯救太子丹出咸阳。田光为了促进抗秦联盟的形成，决定带儿子田猛去秦国救人，甚至决定为此牺牲儿子的生命。太子丹得到消息异常兴奋，依依却感到失落，她指出丹向自己示好只不过是在利用自己。依依的智慧和冷静，让太子丹突然感到自己是真正爱上她了，并下决心要娶她为王妃。

荆轲终于找到田光。他告诉田光自己决定放弃刺客这个职业。田光表示不会勉强荆轲，但是希望荆轲能帮助完成最后一个任务，不是杀人，而是救人，救燕太子丹。荆轲答应了。田光偷偷找到太子丹，告诉他这次营救的计划。太子丹又找到依依，让她做好和自己一起回燕国的准备。

蒙嫣回府后念念不忘樊于期，决定到军营去找樊于期，问清楚他的心意。蒙嫣带着海棠假扮秦军，来到樊于期的军营，由于行动可疑，被当作奸细捉拿。樊于期下令把她俩捆绑起来……

樊于期终于搞明白这个女孩就是蒙武将军准备把她嫁给自己的蒙嫣，还是坚持让她离开军营。蒙嫣任性地问樊于期，是否希望和她成亲，樊于期低沉地告诉她，烽火处处，自己根本没有资格恋爱。蒙嫣回府后，因为擅闯军营被蒙武重重地责打，蒙嫣把怨气归给了樊于期。

田光、荆轲带着太子丹在深山里等待着逃离秦国的最佳时机。太子丹终于知道田猛为了救自己而甘愿牺牲，十分悲痛，割腕发誓要振兴燕国，救天下苍生于水火。

蒙嫣对自己挨打非常恼怒，她决心带着海棠离家出走，离开这些不喜欢她的人，到别的国家去游览一番。在边关检查站，却因为行动可疑，被当作太子丹抓了起来。樊于期接到报告赶来，发现又是她们俩，准备把他们送回蒙府。蒙嫣强词夺理，逼得樊于期暂时让她们留了下来。夜晚的军营，两个女孩子悄悄地谈论着樊于期。

太子丹发现秦国在诱捕自己，感到无计可施。荆轲向田光表示出自己的疑问，认为太子丹不能承担大任。田光觉得别无选择，认为太子丹拥有权利，而权利越大越能改变世界。这句话让荆轲想起了樊于期。

蒙嫣来找樊于期，两人谈到了诗，蒙嫣以“投我于木瓜，报之于琼琚”试探樊于期，期还是坚持自己现在不能谈论感情。蒙武父子来到军营找到蒙嫣，要带她回去，蒙嫣坚持留下来，蒙武为了促成这桩联姻，终于同意她留在樊于期军营。樊于期向蒙武讲述了抓捕太子丹的计划。

秦兵开始搜山，田光不得已准备派荆轲刺杀秦军守将。荆轲得知守将是樊于期，拒绝刺杀自己的朋友，太子丹也不同意荆轲刺杀朋友，决心与秦军拼死一搏。

为了抗秦的大计，荆轲到秦军大营找到樊于期，请求他放走太子丹，并说明这时自己最后一个任务。樊于期开始拔剑相向，却终不忍伤害自己的朋友，最后决定给他们放行，自己去承担后果。

蒙嫣听说有刺客找到樊于期，急忙赶来帮忙。见樊于期平安无事，便约他次日见面。原来蒙嫣知道樊于期患有腰病，亲自为他缝制了软垫，准备送给他。樊于期被蒙嫣的善良可爱和一往情深所感动，但是他告诉蒙嫣，自己准备向嬴政请罪，不能连累蒙嫣。蒙嫣寄希望于父亲蒙武能为樊于期求情。

樊于期向嬴政负荆请罪，表示愿意攻打燕国来将功折罪。嬴政听说太子丹逃离秦国，极其震怒。蒙武等大臣也不敢为樊于期说情……

太子丹返回燕国的途中，路遇劫匪拦路抢劫，荆轲发现领头的竟是秦舞阳。太子丹为了增强自己的力量，承诺赦免秦舞阳以往的罪过，将其带回燕国作宫廷卫士。

樊于期被关进大牢。蒙嫣请父亲蒙武救救樊于期，不料蒙武置之不理，蒙嫣终于明白自己只是父亲结党营私的工具，而父亲现在准备与樊于期划清界限了。蒙嫣决定亲自探监，被蒙武发现。蒙武下令把她关在房间不许出来。蒙嫣伤心失望，绝食三天。海棠恳求蒙嫣吃饭，并答应帮她捎信，蒙嫣于是让海棠带个木瓜给樊于期。

樊于期在牢中看到木瓜，知道蒙嫣“投我于木瓜，报之于琼琚，匪报也，永以为好也”的情意，却不忍伤害蒙嫣，竟然把木瓜吃掉了。蒙嫣听说后，也猜到了樊于期的想法，吩咐海棠每天送一个木瓜，以向樊于期表示自己的决心。

太子丹等众人终于抵达燕国，荆轲毅然地归隐山林，退出江湖。燕王喜见到太子丹很高兴，下令赏赐营救太子的众人，但听说依依曾作过妓女，立即恼怒。太子丹表明自己欲纳之为妃，被燕王喜一口回绝。

太子丹坚决挽留田光，封他为上将军辅助燕国。田光为了理想，答应留下来并提议太子丹尽快向燕王喜请示，尽快规划军队服役编制和训练。依依对太子丹的处境深为理解，表示自己不求名分，希望太子丹能振作精神振兴大燕。

嬴政派蒙恬带兵水淹楚城，楚国大败；赵王迁投降，赵国被吞并。收到消息，燕王喜赶紧召集众臣商量对策，田光提出与楚国、齐国结盟共同抗秦，燕王喜遂决定为太子丹求亲，争取以联姻的形式联盟抗秦，太子丹无奈默许。

蒙嫣一直没有打动樊于期，又一直被困住，绝望之下欲寻短见，被海棠救起。海棠不忍心看到小姐伤心绝望，偷来了钥匙放走了蒙嫣。蒙嫣来到大牢，想尽办法与期关在了一起，两人终于定下终身。

依依在街上收留了孤儿小米，宫女春喜担心被燕王发现，会给依依带来杀头之祸，依依却认为照顾这些战争遗孤会鼓舞士兵士气，更为将来振兴燕国打基础……

太子丹、田光等人商议派密探了解秦国情况，田光同时提醒太子丹注意朝廷有暗势力左右局势。果然，竟然有贵族在偷偷鼓动燕王喜动用军费兴建避暑宫。

樊于期率兵包围楚城，城门口出现楚国难民。樊于期不忍伤害百姓，下令放走难民再战。城里涌出大批假扮难民的楚军，乘其不备攻打秦军。樊于期措手不及，结果大败。蒙嫣还在家里高兴地准备嫁妆，无意中听到蒙武和刚回到府中的蒙恬谈论樊于期兵败的消息，而蒙武为了蒙家利益急于摆脱与樊于期的关系，决定为蒙嫣报名参加选妃大典。

嬴政下令，命樊于期三日内返回咸阳领罪，否则满门抄斩。樊于期急忙返回，却正好于第三日午时前眼睁睁看见李斯下令斩杀了自己全家。樊于期愤怒质问李斯为何提前下令杀人，而跟随樊于期回来的家将更是一怒之下拔刀杀向李斯，李斯乘机大喊樊于期造反了，使得樊于期不得不杀出法场落荒而去，嬴政遂下令全国追捕。樊于期终于看清嬴政的残暴之下，天下无法安宁。

燕国派往秦国的密探被杀，大臣们怀疑水依依是秦国安插在燕国的奸细。太子丹也有些动摇，为了证明依依是否清白，也同意调查依依。依依听到消息，知道皇族们真正针对的是自己出身不好。依依对自己的命运倍感悲凉，也为了不给太子丹添负担，决定离开这里的一切。临行前，遇到学武回来的太子丹的妹妹芄兰公主，依依托芄兰公主带信给太子丹。