一九二七年，北伐大捷，一个期盼了近百年的少年中国似乎近在眼前。四月十二日，国民党激进派联合帮派势力，向红色阵营发动袭击，史称“四一二政变”。仅十二日至十五日，被杀三百余人，被捕五百余人，失踪五千余人。失踪者多半是永远失踪了，国共第一合作破裂，近代中国再次进入茫茫黑夜。屠先生——分裂势力中的实干家，以毕生精力把江湖帮会统合成他的暗流王国，曾与红色阵营合作无间，政变中却成为极具组织和改革的刽子手，一时如日中天。 

一九二七年四月十五日，上海街头，车水马龙。 

屋塔上一名身负炸弹的红衣少女静静旋转。她神色冷峻地望着街头缓缓驶来的轿车。她知道，里面坐着的便是大名鼎鼎的右派势力屠系掌门——屠先生。突然她将手中炸弹投向渐渐驶近的轿车，随着爆炸声撕裂宁静的上海，街头巷尾应和般地窜出各路来人展开一系列刺杀屠先生的行动。红衣少女被枪击引发身体上的炸弹爆炸。阿卯挥着锄头冲向轿车，却被人拦截，亦自爆于乱斗之中。 原本只是过路人的卢焱见此忽然激发了心中的正义心和激愤，手持只剩匕尾的匕首冲了过去，然而人刚到车门前这份义愤填膺却转瞬被心智崩溃所取代。屠先生手枪指着卢焱的脑袋，芦焱不管不顾地擎住屠先生的手臂，发了疯似的拿断匕一下又一下地死戳屠先生腹部。刺杀以失败告终，卢焱逃离上海，受伤的屠先生对其恨之入骨、大肆通缉，将其列入追杀榜之首，代号“红先生”。从此，芦焱多次化名，逃亡9年，寻找容身之所。 

一九三六年，西北，乌云密布，北风呼啸。 

卢焱昏倒在西北荒野中，幸而被附近的村民救醒。喂他喝水的大叔让他赔偿二毛五，只因他跟村民打赌芦焱会死却没想到他活了过来。气息微弱的芦焱并未理会，只询问这里是不是保安。闻言村民们笑话他只说这里是天不管地不管的一棵树。大叔搜了他身子发现他身上没有一分钱，便吆喝着儿子回家不再管他，村民们也纷纷离开了。临走前有位村民问他姓名，他犹豫了半响，答道：“何思奇。” 

这天晚上，两个头套麻袋和猪圈的人突然挟持芦焱。芦焱正准备吃毒药自尽，对方却说只是开个玩笑，将芦焱称为同志。芦焱不知是敌是友，只下意识地装傻充愣。然而对方一人却将他的秘密一一道出，说有人托他照顾芦焱，并劝芦焱赶紧回头。因为保安在招纳进步青年，屠先生的人很容易便能装扮成进步青年将他绑架。芦焱却说无所谓，只求“朝达、闻道、夕死”。那人再三劝阻无效，不知是夸还是叹地说了一声“轻狂孟浪”，便将一个小本子交给芦焱，告诉他这本子便是“种子”，保护”种子“的人也叫“种子”，并声称“种子”们正式接纳了，让他老实待在一棵树等听到“惊蛰”就有人来找他。芦焱借口握手将诸葛骡子头上的猪圈和麻袋掀开了。诸葛骡子说此后都由他来管他，叮嘱他拼了命也要保护好“种子”。芦焱感觉，这一切就像做梦一样。 

因逮捕“红先生”不力，屠先生两名部下被发配新疆。而与此同时屠先生的得力助手不甘于留在上海签字和发电报，一意孤行地打算身赴非隔离带——两棵树。奉屠先生之命，屠系手下门栓和九富只得紧紧跟随时光。三年后，穿过大沙锅地带，时光带领手下来到了离延安不远的共治区——一棵树。时光对这片之前国民党无人能入的红军苏维埃地区既感新奇又不以为然，因着屠先生送来的共党与日寇作战的武器粗糙至极而不堪一击。意气风发的他准备为屠先生在这块土地上烙上他们的足迹。 

留在一棵树的芦焱化身为教书先生正教着小孩子们踢球，这时国民党官派督教巴冬却数落他的教具粗糙。芦焱谦虚说到自己认得几百个字便滥竽充数一下，巴东却痛斥他误人子弟、诲人不倦。目不识丁地村民们反而对他不屑一顾。因为他整天高谈阔论，却从不教学。 

皖南事变后，屠系势力天目山的双车老大和若水手下的暴哥以及中共上海地下党联络人种子成员陈植于一厅秘密商议国共合作的事。屠系势力与若水势力虽只是上海滩的两大势力帮派，却也吃着国民党的官家饭。双车和暴哥笑称陈植为“拉和老陈”。而陈植也不辜负这个称谓，尽职尽责地从中斡旋，只为劝服两大势力与共军合作一致对抗日寇。天目山与若水本水火不相容，最近却似乎也勾结起来暗中监视共产党。陈植小心应付着笑面下的波涛暗涌，发现他们一致图谋着他手里的“种子”。突然，厅外有人高呼“惊蛰！船家兄弟！惊蛰！”。随后那人立即被厅外的啰啰乱刀砍死，一下失声。陈植看了看眼前面上谈笑风生的两人，冷冷一笑，说惊蛰就是我方被崛起了至少十个以上的站点，反问他们是不是要自缚双手等着日寇踏平中国。

秘会表面的和谐终于分崩离析，天目山与船家的人正式向共党拔枪开火。陈植吩咐邱宗陵发报明码“惊蛰”，邱宗陵却趁陈植转身之后掏出手枪指着他的脑袋，陈植解开外套纽扣露出绑上身上的手雷，说要死一起死。恰在此时，九宫浴血奋战到门口，被邱宗陵眼疾手快地开枪打中腹部。陈植急忙掩护九宫逃上天台。九宫质疑陈植为何不赶尽杀绝，陈植解释邱宗陵叛变以及种种迹象都疑点重重。陈植嘱咐他一定要活着出去，保护好“种子”并告诉青山，随即将他推下天台。

上海滩忽然间淅淅沥沥地下起了雨。原本沆瀣一气的双车和笑面暴之间忽然剑拔弩张。陈植正准备返回密室，却发现邱宗陵一脸疲惫地对笑面暴说人都死了。笑面暴怂恿拿到“种子”的邱宗陵一起去领赏庆功，却被邱宗陵拿枪抵住了腹部。邱宗陵将笑面暴逼迫到天井边随即开枪打死笑面暴与他双双坠下楼层，他对双车高声说船家的人要杀人灭口。这一句话成功点燃了两方势力之间的导火线，双方气势汹汹地意欲开打，却被双车叫停。陈植默默走进密室发出了之前未发出的电报。

正在一棵树行医的医疗队长训斥卞融胡乱派药和注射器。卞融心里委屈，赌气说自己把东西要回来。芦焱安慰着卞融，卞融边哭着说讨厌边抱住了他。

时光与手下们正嘲笑着若水手下高泊飞终于敢离开两棵树了，这时一个手下报告他们截获了共党发来的明码电报“惊蛰”。时光确认电报无误之后，门栓正准备吩咐弟兄们上马出发，时光却交代大家休息，等跟他们一样觊觎“种子”的高泊飞没有进展再开始行动。

邱宗陵原来是屠系深藏在共党中为夺取“种子”而安排的内应，他告诉双车笑面暴意欲杀他。双车却说他拿到“种子”就可以死了，就算死也不能杀笑面暴，以至于现在成为屠先生与若水之间的炮仗。双车怒发冲冠，带着手下来到密室找到陈植，”种子却“已不知所踪。“边炮”邱宗陵拉动电台引发了小爆炸，本以为会同归于尽的双车却只是被震得耳朵不好使而已，他气急败坏地命人狠狠地打陈植。邱宗陵晕倒之前说陈植可能正是通缉榜之首的”红先生“，双车便命人一定要将生死不明的陈植救活过来。后来，他将陈植和邱宗陵双双关入牢中。

诸葛骡子向芦焱解释惊蛰便是我党地下组织被连根崛起的危险信号。在此之前发生过两次这样的事。一次是因为出了重大叛徒，另一次便是因为屠先生。“种子“便是事先留存的备份以及保护这些备份的人，“种子”的意义在于防止联络网的中断。而将“种子”护送到地头让“种子”生根发芽便是种子成员的任务，哪怕粉身碎骨也不能有辱使命。这次被崛起的站点便是芦焱的老家上海。然而芦焱仍是不明白”种子“为何，他们究竟为什么而活。可能连”种子“们都不知道是为了什么，也不知道究竟有多少”种子“。只知道这是个阳谋，种子们都是单线接头。没有事的时候种子们都是普通老百姓，有事的时候便把自己的身子往上填，被戏称为“打兔子”。其实只有一个是真种子，其余的全都是假种子，而只有青山知道这其中的真相。

两棵树本有一个连的中央驻军，却被两伙名为马匪实为暗流 占据。一伙是屠系手下时光带领的天外山，另一伙是若水麾下高泊飞的黄沙飞 。种子们要穿越三棵树奔赴上海，任重道远。大约因此，骡子笑说“种子”间见面常说送死的人来了。骡子和芦焱等种子们要开始启程了，他们谁都不能知道对方的路线，以免被人在严刑逼供之下出卖。芦焱走之前将拦截孩子们的巴督教会痛打一顿，村民们觉得大快人心。

双军和笑面暴的兄弟在弄堂里长久的对峙着。笑面暴乘机爬上了弄堂的阁楼，他在门外问邱宗陵是否拿到了种子，邱宗陵开门后却一反常态，用机关枪给笑面暴一顿暴击。笑面暴死亡，邱宗陵身负重伤，与此同时，双军的兄弟也将笑面暴的兄弟全部歼灭。陈植躲在密室里看到了这一切。

卞融是一个单纯善良的红军医务病，她体恤病人的痛苦，常常将药品发放给群众。但是卞融医学知识尚浅，为人处世也不圆滑，常常好心办坏事。芦焱作为当地的教书先生，常常和他们混在一起。芦焱在卞融伤心的时候给了卞融很多安慰。这天，村上的崔百岁骑马赶来，浑身是血，他在咽气的前一秒大呼“惊蛰”。原来，东沟的崔百岁就是隐藏身份保护种子的地下共党成员之一。敏感的芦焱和骡子意识到崔百岁传来的暗号必定有深意，两个人心事重重。

时光所在的马匪组织“天外山”截获了共党的电报，时光看到明码“惊蛰”心想上海一定出事了。时光和死对头马匪高泊飞明争暗斗。高泊飞的“黄沙会”追踪崔百岁来到了一棵树，由于对共军所在的一棵树形势无法估计，高泊飞决定守株待兔。没想到高泊飞的一举一动早已被时光的马匪组织“天外山”监控，时光早就对高泊飞的势力虎视眈眈，他把一切都看在眼里，决定以静制动利用高泊飞，螳螂捕蝉黄雀在后。

在上海的弄堂，双军没有拿到种子，对陈植穷追不舍。他围堵了藏在密室的陈植，陈植巧妙用计让双军的兄弟死伤惨重。双军寻求种子未果，怒不可遏将陈植一顿暴打。邱宗陵身负重伤晕厥之前，露出口风说陈植可能就是“红先生”。在这紧要关头，“红先生”嫌疑犯的身份让陈植躲过一劫，免于死亡。

四年来芦焱守着种子却对种子一无所知，他决心和骡子长谈一次。由于惊蛰声响，骡子终于松口吐露了一些事实。原来“惊蛰”就是共产党地下组织被连根掘起的危险信号，种子就是延安对外界联络网的备份。芦焱得知这次共党已被连根崛起的地方是上海。种子的存在是国共两党所有人心照不宣的秘密，青山，就是这所有种子的头目。国民党将这些保护种子的人，统称“兔子”。由于惊蛰的信号，骡子说时候到了，必须一路穿越两棵树(地名)，尽快赶到上海。然而两棵树(地名)就是时光与高泊飞两支马匪势力盘踞地，想要顺利穿越其中，简直就是难上加难。芦焱虽然仍旧有众多疑惑，但他为了弄清自己到底是真种子还是假种子，决心跟去上海。

时光持续追踪高泊飞的动静。忽然，有神秘人出现，他截获了密报，得知时光已经掌握了高泊飞的行踪。时光万万想不到，自己委身马匪组织，听从于屠先生的指挥的行为，正在被第三只眼睛密切地注视着。

百里大沙锅，黄沙漫天。

巴东来花了五块大洋乘坐的马车也遭到时光一行马匪的拦截。搜身之时，巴东来大呼老脸丢尽。时光手摸出一堆银元的触感却未表现出来，巴东来却不识眼色絮絮叨叨地让他弃暗投明去打一棵树。插科打诨半天时光终于失去耐心，巴东来哆哆嗦嗦地坐上马车落荒而逃。他责令门栓要把每一个他放过的重度怀疑对象调查清楚，要对每一个人哪怕是身边人保持警惕性。他与屠先生是同一个想法，要把真种子找出来然后将其掐死，不能让共党的梦生根发芽。

巴东来与芦焱因积怨大打出手，诸葛骡子受托赎回被绑架的古老板，本是上海名媛的护士卞融返回上海。门栓将这些疑点人物的情况打探得一清二楚，似乎每个人都有顺理成章的出关理由。时光反倒对这些人更生警惕。门栓说将护送卞融回家的人全换成了自己人，时光不愿滥杀便先放过了她。

双车听从陈植的建议邀请船家的三个人喝酒讲和，船家却暗渡陈仓地连拔天目山三个站点，双车自己也差点被暗杀，讲和宣告破裂。双车念旧情时常去牢中探望陈植，告诉他如果屠先生怪罪陈植得跟他走。

时光留下的水袋子里最后一滴水被喝干，饥渴难耐的芦焱眼看要葬身在这茫茫大沙中。夜里他戴着路上捡来的牛头把高泊飞一行人吓得不轻，继而因体力不支昏倒在地。高泊飞搜出他身上标着天字号的水袋，色厉内荏的他将芦焱误当成时光的人而不敢杀，强说这人定是时光的阴谋，于是一伙人阴错阳差地将芦焱带到了两棵树。芦焱晕倒在欠记门口，被欠记的小老板救起。而在此之前巴东来也来到了两棵树，他耀武扬威地敲开西北大饭店的门却被一声枪响吓得屁滚尿流，只好下榻欠记。两大冤家随时将聚首。

双车误会屠先生意图正准备带着弟兄们放弃上海这块地盘退守，屠先生却发来急电搁置抗日计划，腾出全部力量对付共党和若水势力。时光也接到屠先生电报，蠢蠢欲动地准备将高泊飞势力清出大西北。

芦焱被高泊飞用骡子留在他身上的绳子绑住，正苦于自己难以解开。这时进来一堆便民装扮的日本人，似乎与黄沙会关系匪浅。他们正谈论着高泊飞的不靠谱，发现角落里的芦焱，正准备搜身。巴东来进屋意外给芦焱解了困。日本人出去后，巴东来似是无意将一把小刀放在桌上，口中仍旧是神神叨叨。然而当芦焱叫唤巴督教时，巴东来拿出被骡子抢去的宝贝并说“在呢，在呢，再吃就打死你”，芦焱想起当初将种子交给他的人曾经也说过同样的话。他意识到巴东来便是种子的头儿青山，用巴东来留下的小刀解开身上的绳子，激动得差点落泪。

因打碎了碗弄坏了墙，欠记的小老板来找芦焱赔钱。芦焱没钱正准备走，小老板却赖在地上哭诉起自己一贫如洗。他说两棵树就三样不要钱：西风、吃沙子和吃枪子，而自己的店原本叫西北大饭店，被黄沙会的高老爷威逼利诱送了牌子改名欠记，意为欠揍。芦焱同情他，把藏在脚趾间母亲留给他纪念戒指送给了他。小老板却说这价钱只值他睡到明天下午。

青山明面上为了邀功以换取通行证，向军部连长黄大伟举报芦焱就是畏罪潜逃三年的罪犯霍四古。芦焱被抓后，黄大伟却被芦焱唬得一愣一愣的，黄大伟让手下赶紧送走芦焱这个烫手山芋，却没想到卡车的轮胎被扎破。青山暗地里想将他与芦焱双双送出两棵树的计划落空。后又因来报霍四古两年前便已伏法，黄大伟便将芦焱放了。芦焱糊里糊涂地活了四年又被如此对待心里满是怨气，怒气冲冲地找青山讨要个说法。青山解释了自己的意图，并指出屠系出了个心狠老辣的后背人才，让他们现在进退维谷。

时光带着重伤濒死的骡子来找高泊飞赎回古老板，高泊飞打着哈哈说与时光一笔勾销之前的矛盾。然而心思缜密的时光早已发现所谓的绑架赎人只不过种子们演的一出连环计。骡子、古老板还有第三个人便是想逃出两棵树的共党种子。而青山对此见死不救，芦焱气愤难当。

时光来了，大风暴来了，送死的人也来了。

黄沙会打一棵树之时，为了掩护真种子，钱串子绑架古老板，诸葛骡子送赎金，自以为天衣无缝的巧妙连环计，却被聪明绝顶的时光识破。时光准备把三人带走，高泊飞却以钱串子是他心腹而另两个是他财神而不肯放人。外强中干的高泊飞心底也惧怕时光，时光软硬兼施，最后将人留给了高泊飞。毕竟他最大的目标不是灭了那几个种子，而是端掉黄沙会。青山说时光就是一个计划的天才，屠先生后继有人了，并让芦焱留下拖住他们掩护他逃命。

门栓朝大沙锅打了个信号枪，又带着人来到西北大饭店跟前，高泊飞以为他们是来挑衅自己的。黄沙会的人正犹豫着要不要开枪，却没想到门栓带着人又转了个向进了对面的欠记打算吃饭。于是黄沙会隔街笑骂天目山的人是一帮怂货诈唬他们黄沙会。明为吃饭的门栓命人包围了欠记，此时青山和芦焱还在店中。青山仍是装成迂腐老先生的模样，门栓说不会杀他让他俩去烧饭。

高泊飞两个手下猫在欠记门外查探情况被门栓威胁着爬回西北大饭店。高泊飞脸上无光，趁着时光不在大胆挑衅，说时光是屠先生的野种劝门栓弃暗投明归顺若水先生。门栓让手下记下账故意大声告知高泊飞他要发电上奏高泊飞信口雌黄诽谤军部机要人物，请求上峰处置高泊飞。高泊飞怒火中烧，直接开着机关枪扫射欠记，欠记外墙被扫成了个窟窿。门栓眼看鱼已上钩，大笑一声记账高泊飞不知悔改，命令手下开枪回击，只许打伤不能打死以好向上头交代。门栓枪法了得，一打一个准，高泊飞被打伤带着人缩回屋中。

骡子三人被绑在地下室严刑拷打，高泊飞说只要交代谁是真种子就饶他们不死。然而三人宁死不屈，骡子率先死去，钱串子嘲笑高泊飞不敢朝活人开枪。本就憋了一肚子气的高泊飞二话不说朝钱串子开了一枪。钱串子满身是血，临死前冷嘲热讽地说高泊飞只有打中国人才特有种。

高泊飞命令手下们陆陆续续地准备将家底都搬出西北大饭店，还带着至死不放弃的牌桌。门栓笑他不成气候，下令开打，黄沙会随之反击，两方正式交战。身配重武器的黄沙会在与兵器粗糙的天目山对战中却是屡屡占下风。门栓命人发射信号弹叫回了正在大沙锅的时光。高泊飞放话谁能打死时光便赏他黄沙会的二当家。时光骁勇善战，没人能伤他分毫。最终，高泊飞死在时光的枪下。他临死前说着自己不明白不明白，死不瞑目。时光让弟兄找个地方把他卖了，墓志铭就写我明白了。

时光曾说过他再次下马之时两棵树便是他的，而现在两棵树确实是他时光的占地了。他打算在两棵树建立起秩序。

目睹了一晚上的厮杀枪打，青山看出巴东来和何思齐的身份瞒得过天目山几万双眼睛，却没法在精明的时光眼底下脱生，只好连夜逃命。他让芦焱帮自己尽命拖住时光。芦焱直言不喜欢青山，憎恨他不把人命当回事。