一九二七年，北伐大捷，一个期盼了近百年的少年中国似乎近在眼前。四月十二日，国民党激进派联合帮派势力，向红色阵营发动袭击，史称“四一二政变”。仅十二日至十五日，被杀三百余人，被捕五百余人，失踪五千余人。失踪者多半是永远失踪了，国共第一合作破裂，近代中国再次进入茫茫黑夜。屠先生——分裂势力中的实干家，以毕生精力把江湖帮会统合成他的暗流王国，曾与红色阵营合作无间，政变中却成为极具组织和改革的刽子手，一时如日中天。
一九二七年四月十五日，上海街头，车水马龙。
屋塔上一名身负炸弹的红衣少女静静旋转。她神色冷峻地望着街头缓缓驶来的轿车。她知道，里面坐着的便是大名鼎鼎的右派势力屠系掌门——屠先生。突然她将手中炸弹投向渐渐驶近的轿车，随着爆炸声撕裂宁静的上海，街头巷尾应和般地窜出各路来人展开一系列刺杀屠先生的行动。红衣少女被枪击引发身体上的炸弹爆炸。阿卯挥着锄头冲向轿车，却被人拦截，亦自爆于乱斗之中。 原本只是过路人的卢焱见此忽然激发了心中的正义心和激愤，手持只剩匕尾的匕首冲了过去，然而人刚到车门前这份义愤填膺却转瞬被心智崩溃所取代。屠先生手枪指着卢焱的脑袋，芦焱不管不顾地擎住屠先生的手臂，发了疯似的拿断匕一下又一下地死戳屠先生腹部。刺杀以失败告终，卢焱逃离上海，受伤的屠先生对其恨之入骨、大肆通缉，将其列入追杀榜之首，代号“红先生”。从此，芦焱多次化名，逃亡9年，寻找容身之所。
一九三六年，西北，乌云密布，北风呼啸。
卢焱昏倒在西北荒野中，幸而被附近的村民救醒。喂他喝水的大叔让他赔偿二毛五，只因他跟村民打赌芦焱会死却没想到他活了过来。气息微弱的芦焱并未理会，只询问这里是不是保安。闻言村民们笑话他只说这里是天不管地不管的一棵树。大叔搜了他身子发现他身上没有一分钱，便吆喝着儿子回家不再管他，村民们也纷纷离开了。临走前有位村民问他姓名，他犹豫了半响，答道：“何思奇。”
这天晚上，两个头套麻袋和猪圈的人突然挟持芦焱。芦焱正准备吃毒药自尽，对方却说只是开个玩笑，将芦焱称为同志。芦焱不知是敌是友，只下意识地装傻充愣。然而对方一人却将他的秘密一一道出，说有人托他照顾芦焱，并劝芦焱赶紧回头。因为保安在招纳进步青年，屠先生的人很容易便能装扮成进步青年将他绑架。芦焱却说无所谓，只求“朝达、闻道、夕死”。那人再三劝阻无效，不知是夸还是叹地说了一声“轻狂孟浪”，便将一个小本子交给芦焱，告诉他这本子便是“种子”，保护”种子“的人也叫“种子”，并声称“种子”们正式接纳了，让他老实待在一棵树等听到“惊蛰”就有人来找他。芦焱借口握手将诸葛骡子头上的猪圈和麻袋掀开了。诸葛骡子说此后都由他来管他，叮嘱他拼了命也要保护好“种子”。芦焱感觉，这一切就像做梦一样。
因逮捕“红先生”不力，屠先生两名部下被发配新疆。而与此同时屠先生的得力助手不甘于留在上海签字和发电报，一意孤行地打算身赴非隔离带——两棵树。奉屠先生之命，屠系手下门栓和九富只得紧紧跟随时光。三年后，穿过大沙锅地带，时光带领手下来到了离延安不远的共治区——一棵树。时光对这片之前国民党无人能入的红军苏维埃地区既感新奇又不以为然，因着屠先生送来的共党与日寇作战的武器粗糙至极而不堪一击。意气风发的他准备为屠先生在这块土地上烙上他们的足迹。
留在一棵树的芦焱化身为教书先生正教着小孩子们踢球，这时国民党官派督教巴冬却数落他的教具粗糙。芦焱谦虚说到自己认得几百个字便滥竽充数一下，巴东却痛斥他误人子弟、诲人不倦。目不识丁地村民们反而对他不屑一顾。因为他整天高谈阔论，却从不教学。
皖南事变后，屠系势力天目山的双车老大和若水手下的暴哥以及中共上海地下党联络人种子成员陈植于一厅秘密商议国共合作的事。屠系势力与若水势力虽只是上海滩的两大势力帮派，却也吃着国民党的官家饭。双车和暴哥笑称陈植为“拉和老陈”。而陈植也不辜负这个称谓，尽职尽责地从中斡旋，只为劝服两大势力与共军合作一致对抗日寇。天目山与若水本水火不相容，最近却似乎也勾结起来暗中监视共产党。陈植小心应付着笑面下的波涛暗涌，发现他们一致图谋着他手里的“种子”。突然，厅外有人高呼“惊蛰！船家兄弟！惊蛰！”。随后那人立即被厅外的啰啰乱刀砍死，一下失声。陈植看了看眼前面上谈笑风生的两人，冷冷一笑，说惊蛰就是我方被崛起了至少十个以上的站点，反问他们是不是要自缚双手等着日寇踏平中国。