顺治十六年，从小生在深宫中的玄烨因自小缺少父母的疼爱，形成了天马行空我行我素的叛逆性格，再加上顺治对董鄂妃及董妃之子荣亲王的过分疼爱更是忽略了其他皇子。从小玄烨为引起皇阿玛的注意处处惹祸，哪知顺治对他更是不屑一顾。玄烨从小由孝庄教养，孝庄对玄烨的期望甚高。玄烨在课堂上不务功课，爱闯祸的他时时受罚。紫禁城中只有与自己从小一起长大的冰月格格和陪读曹寅感情最好。在一年一度的秋围中，玄烨偶然邂逅了在京当质子的靖南王之子耿聚忠，两人惺惺相惜，结为异性兄弟。而耿聚忠因不慎伤了苏克萨哈的儿子被关入大牢，性命堪忧，顺治迫于满臣们的压力，不得不让步，惩治耿聚忠。玄烨为救耿聚忠向顺治求情，却无功而返，反被顺治冷落，无奈之下只有找到孝庄帮忙，孝庄对于玄烨突然对政事的关心疑惑不已，玄烨分析利弊虽句句有理，但朝政之事牵连甚广，孝庄也无计可施。此时突闻靖南王耿继茂领兵北上，玄烨认为事情似乎又有了一线转机。

朝中大臣对于耿继茂的异常举动警惕慎微，军队在城门设防。耿继茂因无兵部手谕私自离开藩地，触犯了律法，被带入大殿审讯，玄烨也一同前往。耿继茂为表忠心，自愿为儿请死，鳌拜乘机提出撤藩之意，被耿继茂巧言驳回，并再次提出向苏克萨哈赔偿白银十万两，以求朝臣一团和气，顺治顺水推舟，又念耿继茂有悔过之心从而赦免了耿聚忠的罪，并将其赐予玄烨为伴读。同时为安抚苏克萨哈顺治将其子升官，事情终告一段落。顺治到御书房考核众位皇子的书本学问，玄烨兴致满满，意欲好好表现一番，不想中途被钟粹宫来报的太监打断，顺治对董鄂妃母子的过分关心再次引起玄烨的不满，情不自已的玄烨冒然顶撞了顺治，顺治被玄烨驳的无以辩白，愤怒不已，就此更加排斥玄烨。顺治欲立尚在襁褓之中的荣亲王为太子，被孝庄极力反对。荣亲王病危，玄烨为四弟祈福爬上祭天神杆，之后毅然跳入湖中，结果一病不起，也由此引来天灾，患上痘疹，同时董鄂妃病重。玄烨不得不被送至西华门外养病，顺治分身乏术，对玄烨不甚关心，玄烨也甚感心寒，自暴自弃的他无意养病。冰月不舍玄烨恳求孝庄允许其出宫陪伴玄烨，聚忠与曹寅也一同前来求情，孝庄不忍最终应允。绝望中的玄烨得到三位挚友的陪伴与支持萌生起了生存的意志，决定好好养病。

在孙嬷嬷的照顾和三位好友的陪伴下玄烨大病而愈，逃过了一刧。病愈后的玄烨与冰月感情更为深厚。顺治由于董鄂妃的病重暴怒异常，连孝庄太后也无暇多顾，更是迟迟不肯召回玄烨。董鄂妃病逝，顺治伤心欲绝身染重疾，在病入膏肓之时将玄烨召回宫中，众皇子于病榻前接受顺治弥留叮嘱教诲，玄烨心痛不已却始终无法面对顺治。顺治自知命不久已，密召安亲王岳乐进宫，欲将皇位传位于他，一旁的贴身太监吴良辅将消息偷偷传于康亲王杰书等人。皇帝打算从兄弟中挑选继位人的消息成为宫中不宣而明的事，孝庄也为此焦虑不已。孝庄召见安亲王，收其女冰月为干孙女，并赐封为和硕柔嘉公主，于是顺理成章地成为了安亲王的皇母，她暗示安亲王自己希望由皇子继位。朝中几位大臣对孝庄太后的意愿捉摸不定，也有的各怀鬼胎。玄烨因苏克萨哈的无意之言与其拉扯冲撞，也因此被孝庄软禁。安亲王因孝庄授意再一次坚决推辞继承皇位。

顺治对于安亲王的推辞无可奈何，但仍然坚决从兄弟，于是召满汉两大学士麻勒吉、熊赐履于榻前草拟遗诏。孝庄情急之下找到汤若望，希望请他出面劝阻皇上改其意愿。汤若望及时进谏皇上，一番利弊分析令顺治开始摇摆不定。顺治召二皇子福全和玄烨入宫，想考核两人的才学，玄烨语出惊人，见解独道，此时恰逢边关文书上奏，玄烨果断而精辟的判决令顺治对其刮目相看，不得不重新审视这个曾经被自己冷落的皇子。犹豫不绝之时，顺治接受汤若望的建议安排又一次的考验，交由天定。最终玄烨通过考验，顺治终下定决心将皇位传于玄烨。顺治在弥留之际大彻大悟，孝庄母子俩有了一次真心的肺腑倾谈，顺治对于过去的所作所为也深感悔悟，两人也将未完心愿及大业共同寄托于玄烨身上。顺治想见玄烨最后一面，此时玄烨却不知所踪。

尚在软禁之中的玄烨带着聚忠和曹寅偷偷溜出了慈宁宫，将红衣大炮搬至坤宁宫门外并损毁了祭天神杆，孝庄对玄烨此举甚为恼怒。两人在顺治病榻前聆听最终遗言，祖孙三人感慨万千，顺治终在龙驭归天之际颁下口谕传位于玄烨，也未来得及拟下诏书。失去父亲的玄烨悲痛不已。顺治十八年正月初七，顺治驾崩之时正是新帝即位行大礼之时，大殿之上，吴良辅有意无意地将顺治曾拟的传位于康亲王的半封遗诏掉落于地，简亲王德赛顺势将遗诏当众宣读，引起在场大臣的一片哗然。此举令孝庄措手不及，满大臣也为忠于先帝还是皇太后而议论纷纷，犹豫不绝。迫于孝庄及朝中形势的压力，情非得已的玄烨不得不选择接受继承皇位。孝庄急于拉拢汉大臣，以支持玄烨继位，而满臣则为了维护满人的利益意在阻止有汉人血统的玄烨继位。另一方面，孝庄秘密会见安亲王，企图请他说服宗亲大臣。而为了稳住满臣，孝庄意欲首要拉拢重臣索尼，由其牵头说服满臣。

玄烨为自己被人摆布而不能自己作主依然无法释怀。此时前线传来绿营水师捷报，孝庄还未来得及嘉奖却被康亲王捷足先登，提早以亲王身份犒赏汉军，而其真正目的实为自己赢得八旗及汉军军心。至此八旗满臣都已被康亲王拢络，孝庄将最后一丝希望寄托于索尼身上，而孝庄未来得及造访索尼便传来了平西王吴三桂领兵进京的消息。康亲王召集各位满汉大臣及王公宗室于武英殿共同商议应对之法，会议之中众人决定让孝庄太后尽快立新君以下旨对抗吴三桂。孝庄召集各宗室亲王、议政王大臣、满汉大臣和八旗都统于乾清宫商议立新君之事。大殿之上，孝庄在与众臣的翰旋之下，将玄烨捧上龙座，同时任命索尼、苏克萨哈、鳌拜、遏必隆为四辅臣，玄烨终登上皇位，接受文武百官的朝拜。登基后的玄烨下旨令八旗出城对抗吴三桂，吴三桂借祭祀之名进京兵谏的阴谋落空。