玄烨一下子从皇子跃升为皇帝身份，本不情愿做皇帝的玄烨毫无悦色，向聚忠等三人表示希望以后会将自己相待如前，不必拘于君臣之礼，为的是不想失去唯一的朋友。孝庄对吴良辅曾经做过的事心知肚明，新主风波过后便将其赐死，康亲王等人也因此谨言慎行，有所收敛。玄烨登基后的几年里，朝政由四辅臣把持，此时的康熙初年江南发生了“奏销案”，江南士子因议论朝政而被朝廷借欠交钱粮之由强制打压，牵涉之人达上万人之多，议政王大臣会议上形成保守强硬两派。毫无顾及的玄烨与侍卫玩摔跤，打成一片，被孝庄撞见，孝庄一气之下将侍卫重罚，也狠狠地训斥了玄烨，逼着他上朝听政，并将叛逆的玄烨交给安亲王教导，而安亲王对接手的烫手山芋也是苦恼不已，管也不是，不管也不是，左右为难。佟妃终于如愿以偿当上皇太后，从而一扫以前所受的委屈，可惜从小与儿子的疏远使母子俩心中仍有隔阂，玄烨对皇太后的态度也十分冷淡。早朝之上，满臣提出增加练饷，引起汉臣的反对，第一次上朝听政的玄烨显得坐立不安，却在双方僵持不下之时发表了自己的见解，令大臣们深感意外。玄烨在当皇帝的两年时间里整日只知和聚忠冰月等人玩耍，不务正业，更是对朝政毫无兴趣，安亲王借机让冰月劝导玄烨，冰月成了玄烨实过其名的劝谏官。

玄烨和聚忠冰月等人出宫游玩时偶然邂逅了江南名士陆健，两人一见如故，谈话之中陆健对当今之世的精辟见解及独到的治国之道令玄烨受益颇多，陆健也对玄烨的气度与才华深为赞赏，二人就此结下忘年之交，玄烨更在第二日再携聚忠曹寅毅然拜陆健为师。在以后的一段日子，玄烨便常常带着两位好友偷偷出宫受教于陆健，孝庄心知而不点破，顺其自然。议政王大臣会议上，四辅臣借江南巡抚朱国治上奏的江南戏曲有暗讽朝廷之意，意欲惩治汉人，受到汉臣的极力反对，满汉两派争锋相对，情急之下的鳌拜扯断了汉臣魏裔介的朝珠，令在场汉大臣们愤然离去，为表心中不满，汉臣们在第二日早朝之时集体称病，孝庄出面调停，旁敲侧击地打压了满臣的气焰。正当四辅臣觉得事已无望之时，却收到密告，原来是嘉庆吴之荣状告湖州庄廷龙，南浔朱佑明，海宁查继佐以及一干江南名士私刻明史诋毁朝廷，辅臣们觉得似柳暗花明，乘机将几位称病汉臣骗回朝中亲自处理此案，满臣也因此坐收渔翁之利。于是轰动一时的明史案便拉开了序幕。

第二日，辅臣在早朝之时提出明史奏折一事，并乘机将此案交由三司会审，迫使汉臣不得不严办。孝庄为求朝中满汉之间的平衡作壁上观。汉臣气势低落，正无可奈何之时，熊赐履突然间想到江南好友陆健曾偶然提到的两位人中少年，早起疑心的熊赐履找到陆健，告之两人的真实身份，希望借陆健请出皇帝为汉臣扳回颓局。师徒两人坦诚相对，玄烨欲请陆健入宫为师，不想陆健竟牵连进明史一案中。玄烨为救老师便在聚忠和冰月的帮助下将陆健父子藏进了安亲王府。第二日早朝之中，玄烨一反常态参与朝政议论，不仅满汉大臣颇感意外，也令康亲王等人感到事有蹊跷。冰月与玄烨的谈话被安插在宫中的康亲王爪牙听到，康亲王得知原委方知是皇帝有意包庇。四辅臣商议对策，精明的索尼假意称病避开祸端，既有明哲保身之意又可坐收渔翁之利。陆健的身份被安亲王识破，不得不携子出逃，却仍被早已等候的鳌拜于王府门前抓获，正逢玄烨等人前来探望，玄烨为此对安亲王误会颇深，也因此对冰月耿耿于怀，大吵了一架。陆健父子被关入大牢，玄烨下定决心要救出两人。

玄烨深夜召鳌拜商议明史一案，希望此案能就此打住，鳌拜立场坚定，执意要严惩到底。此时皇太后病重。深夜安亲王进宫向孝庄诉说王府捉拿陆健的前后原委，被玄烨撞了个正着，两人误会也越来越深。玄烨想请求孝庄帮忙却还是无计于事，还与孝庄的关系闹僵。憋了一肚子怨气的玄烨心有不甘，回到寝宫大发脾气，与聚忠冰月等人闹得不欢而散。辅臣得知孝庄也反对皇帝所为的立场后，便乘胜追击意欲加重惩处，扩大事态，以给汉臣沉重一击，为此明史一案牵连更广，索尼也乘此时机回朝。汉臣情急之中想出利用民怨来压制满臣的嚣张气焰，一时之间各地百姓士子纷纷罢考罢市，对抗朝廷的滥权滥罚，同时汉臣呈上万言折，满臣最终不得不妥协。心有不甘的辅臣无奈之下正准备就此打住，终了此事之时，再次收到吴之荣搜来的整部明史，原来为明史作序的人之中有前汉人礼部尚书李令哲，满臣如得救命草。早朝之上辅臣气焰跋扈，就连皇帝也无言以驳。苏克萨哈前往狱中劝降陆健，对其威逼利诱，更是企图让他诬陷汉大学士熊赐履，陆健心痛不已。

李令哲的出现令汉臣措手不及，汉臣们个个黔驴技穷，只得怨天尤人。迫于形势汉臣们不得不一起倒戈，请求严办明史一案，并同时称病避朝，也为求能够明哲保身，玄烨为此怨声载道，失落至极。孝庄到狱中探望陆健，说服其以身殉国，成全帝皇的稳定统治，也能就此了结明史一案，以平息天下之乱与朝中的满汉之争。陆健深明其中之意，为成全大局毅然喝下毒酒。此时皇太后病危，玄烨却在狱中陪伴老师陆健，迟来的玄烨没能阻止陆健赴死，陆健临死之前交出认罪书，并嘱咐玄烨，望其能在将来为明史一案平反。悲痛之中的玄烨赶到寿康宫见皇太后最后一面，痛上加痛的他更是伤心欲绝，心疼三哥哥的冰月也情不自己安慰着玄烨。随着皇太后的薨逝，孝庄下令天下大赦，历时两年的明史一案就此落幕。

由于长时间的大雨涟涟，导致洪水泛滥，河南豫北一带发生瘟疫，死伤不少，大殿之上各位臣工商议应对之策。汉臣主张派出钦差大臣前往灾区治理，而长年生活在关外的满人从未得过疫症，因此对汉臣的主张嗤之以鼻，不予理会。心中一直牵挂着瘟疫之事的玄烨对于瘟疫也是知之甚少，而书上对于其治愈之法也是鲜有记载。天真顽皮的冰月在宫中喜欢找玄烨玩，可玄烨却总爱叫她烦月格格，也使得聚忠和冰月两人走的更近，聚忠对冰月也是格外地关心。瘟疫发生不多几日便已蔓延至全省，却仍然未能引起朝中满臣的高度重视，关于治理瘟疫的方法满汉大臣都各有所顾及因而态度都显得不够坚定明朗，玄烨只得暂交由四大辅臣作主。为瘟疫一事而苦恼的玄烨带着父亲顺治爷留下的一艘小船去找汤若望释疑，也从汤玛法的教语中受益颇多。