对于三位朝廷命官入狱一事，鳌拜以其妄议朝政有结党营私之嫌上奏，因其涉及到苏克萨哈所属正白旗的利益，也与之对驳于早朝大殿之上，玄烨不发一言，也因无法越权。朝中满汉大臣对鳌拜的专横跋扈甚为不满，却也只能忍气吞声。此时靖南王府突然失火，恰巧简亲王路过执意要带兵进府救火，桑榆因怕身份暴露而连累冰月等人毅然在府中自尽，无奈之下聚忠及冰月带着奄奄一息的桑榆于慌乱之中逃往玄烨处，无力回天的桑榆最终还是死在玄烨与冰月的面前，两人悲痛不已。经过此事以后，玄烨幡然醒悟，重振士气，誓要与聚忠等人同鳌拜对抗到底。第二日的朝堂之上，鳌拜与苏克萨哈针锋相对，矛盾一触即发，此时玄烨虽无权管理朝政，但却将苏克萨哈加官进爵，更是乘索尼养病之时将首辅之职暂交由其接任，总揽朝政，就此向鳌拜宣战。手握大权的苏克萨哈于是乘势意欲在鳌拜大寿之时以玛尔赛所搜集到的证据将其及其党羽抓获，彻底除掉鳌拜，玄烨不敢冒然将自己牵扯其中，便作山观虎斗，从而坐收渔翁之利。而索尼虽抱病在家，却时时留心朝中之事，对于鳌拜的真正底细不甚明了，也不敢冒然出面。此时狱中的王登联在桑榆死后变得心灰意冷，迫于朝中正值关键形势，玄烨也不得不忍痛将其牺牲掉。鳌拜大寿之时，七旗边关重将同时赶往京城前来拜寿，同时鳌拜催促各官员前去参加寿宴，此时苏克萨哈所召集的正白旗几位大人也因势见利，再加上玛尔赛的突然倒戈，都纷纷前去鳌府拜寿，苏克萨哈也落得个前功尽弃，从此，其在朝中大权旁落，备受众官员的冷落。

鳌拜与苏克萨哈之争以苏克萨哈失败而告终，苏纳海、朱昌祚、王登联三人被绞死，圈换土地依然实施。皇上喜得皇子，冰月为此伤心不已，心灰意冷的她烧掉了玄烨曾经送给她的三道空白圣旨，打算对玄烨彻底死心，一旁的聚忠对其加以宽慰。早朝之上，鳌拜与苏克萨哈之间的矛盾愈演愈烈，此时熊赐履提出请皇帝亲政之事，受到鳌拜的反对与训斥，众臣皆对鳌拜的专横跋扈敢怒而不敢言。事后玄烨也向孝庄提出亲政一事，想寻求孝庄的帮忙，出面请出索尼返朝，推动自己早日亲政。位望隆重的索尼乃四朝元老，他的回朝令鳌拜有所顾及，此时聚忠替父亲提出请皇帝亲政，三藩及定南王府的孔四贞皆都同时上奏。索尼乘此机会劝说鳌拜退位，还政于帝，鳌拜虽对索尼有所忌讳，却依然坚持己见，四辅臣闹得不欢而散。议政王大臣会议上，索尼再次身染重病卧床不起因而缺席，病危之中的索尼再次劝说鳌拜退位。

索尼终于当夜去世，悲痛之中的芳儿与玄烨惺惺相惜。索尼去世之前留下的遗书广泛流传于京城，百姓们对索尼的去世感到惋惜，也都纷纷议论皇帝亲政一事。苏克萨哈在早朝之中将索尼的遗书上奏，逼鳌拜辞退辅臣之职，朝中众大臣也皆乘势上奏请求皇帝亲政。三辅臣在面见孝庄之时，苏克萨哈再次奏请皇帝亲政一事，此时鳌拜被形势所逼，也觉大势已去无力挽回，终于应允与其他二辅臣还政于帝。至此玄烨终于亲政，但也损失颇重，第一日早朝便有人上奏请求三辅臣继续辅政，朝中大臣多为随风转舵之辈，迫于鳌拜的淫威也皆都纷纷上奏，令玄烨不得不妥协，使得大权仍然旁落。从此玄烨不再理会朝政，每天只知和布库玩摔跤，他不仅对鳌拜言听计从，任其为所欲为，更是对其加官进爵，荣宠备至。士气重挫的苏克萨哈在朝中备受其他大臣的奚落，意气消沉，玄烨对其加以宽慰，君臣两人化解闲隙，此时的苏克萨哈方下定决心为除掉鳌拜誓要与其同归于尽，便在第二日向皇帝提出辞政，向鳌拜施压，怀恨在心的鳌拜将苏克萨哈定下二十四项死罪，没想到却也得到玄烨的默许。

苏克萨哈被打入大牢，甘愿领死。此时玄烨终于决定向鳌拜正式开战，于是在乘狩猎之时秘密与安亲王岳乐会面，想请其返朝以笼络宗亲王室贝勒，以便在十日之后的祭天之日起事。安亲王看出玄烨对鳌拜的放纵乃是仿克断于鄢的郑伯，毅然回朝。此后一段时期内，索额图在朝中积极说服拉拢满臣，而聚忠则联络各汉大臣。为了夺得兵权，玄烨借皇后之名想将掌管京城兵马的九门提督一职交由索额图担任，甚为不满的鳌拜对皇帝的任性之举显得无话可说。此时鳌拜身边的亲信大都被玄烨分派到京城外各地任职，玄烨则想方设法将索额图掌管九门提督一职拖至祭天之日。嗅出危机的鳌拜顿时提高了警觉，最终经不住亲信及受康亲王唆使的简亲王等人的怂恿决定兵谏国门。鳌拜命侄儿纳尔杜接任御林军统领将紫禁城中原兵马调换，紫禁城外的兵马也都换成了其亲信党羽。

同时，玄烨命聚忠从其藩地福建调任五千精兵进京备战，以抵御边关回朝的兵马，鳌拜得此消息后即刻派人将聚忠捉拿入狱，使得福建五千兵马无人指挥，得此消息后的玄烨即刻召鳌拜进宫，却获知鳌拜装病在家，于是果断地带着曹寅和索额图等人前去探病，此举也令鳌拜措手不及。鳌府之中，两派由于鳌拜的见驾藏兵上演了惊心动魄的一幕。未能成功解救出聚忠的玄烨只得背水一战，同时意欲安排孝庄与皇后等人出城避祸，却被拒绝。祭天之日，鳌拜带着遏必隆进宫面见皇帝，乘机逼宫，同时议政王大臣会议之上简亲王提出请皇帝退位，聚忠也正押赴刑场行刑，边关将领也已回京聚集于城门之下。整个紫禁城如弦上待发之箭，皆处在一片高度紧张的气氛之中。乾清宫之内，玄烨带着布库于大殿之上与鳌拜对峙，而刑场之上，聚忠被早已埋伏好的人救下，议政王大臣会议之中的形势也完全出乎鳌拜的意料之外，众王公大臣皆纷纷对简亲王群起而攻之，心怀鬼胚的康亲王恐事情败露牵连自己，竟将简亲王刺死。

另一方面，正当守城官兵屈于边关兵马的威势而不得不开城门之时，玛尔赛突然倒戈背叛了鳌拜，将边关将领刺死，同时索额图带兵攻入紫禁城，与纳尔杜等人展开激战。此举令鳌拜也是大感意外，但事已至此无法回头的鳌拜不得不背水一战，意欲擒下玄烨，由此与玄烨曹寅及众布库展开了殊死一战。危急时刻，一旁的遏必隆使出致命一击，毫无防备的鳌拜顿时败于下风，不得不束手就擒。玄烨终于完全制服了鳌拜，至此，才开始了真正亲政的日子，手中牢牢掌握住了大权。总揽大权后的玄烨励精图志，制定了不少政策措施，同时还为明史案，天算案，圈地案及苏克萨哈平反。在乾清宫中，玄烨更是将河务、漕运、三藩视为三件头等重要的大事，写于柱子之上。聚忠作为玄烨的军师兼好友也是尽心尽力辅佐玄烨。此时，三藩之一的平南王尚可喜上奏请求撤藩，引起聚忠的忌虑，玄烨对此避而不谈。事实上，玄烨一直与安亲王秘密商议撤藩之事。玄烨在第二日早朝之时宣布答应尚可喜的撤藩请求，令朝中大臣们议论纷纷。此时得知消息的吴三桂和耿精忠也上奏请求撤藩。擒鳌拜事之后的遏必隆被贬官，落魄之时受到玄烨的格外关切，还与皇帝赌了起来，但却意外地于当夜猝死。