英姑暗随一个脸上有抓痕的男人，见其走进一座破落小院。稍后，楼夫人携宝儿去私塾读书，不一会也悄然走进破落小院内，与那名叫袁生的男子幽会。 宋慈、刘皓及楼员外赶到，男人已倒地身亡。众惊。宋慈从容讲出此案的微妙内情。有人密谋“李代桃僵”之计：梁雨生与小姐隔楼遥望而生情，将情诗交学生宝儿送给小姐，宝儿给了丫环，丫环则给了袁生，袁又另抄一份当作己作送给小姐。小姐爱袁生风流潇洒，以身相许。袁生与她相约于订亲夜外逃。订亲之夜，梁雨生喝了许多酒，见小姐的留条，便毫不犹豫追至后花园，懵懵懂懂被人弄至枯井之下。楼夫人说，没想到袁生会做下这种恶事。宋慈却揭出楼夫人的险恶用意：借袁生之手，将小姐害死，另将梁雨生作为替死鬼，最后再弄死袁生。

杜松当堂喊冤，刁知县却也不怒，好言道若交不出李氏，只得将杜收监，李氏何时出现，本案何时具结。时隔半年之后，贾博古来催知县结案。刁光斗绵里藏针地问贾何以对此案如此尽心？贾只得再奉上一张银票。于是，刁知县便对杜松动了酷刑，无奈杜松死不认罪。宋慈下县暗访，路遇李丁运姐姐尸骨回家。宋慈问一堆尸骨何以就能确认死者是令姐？李丁说敢认下姐姐的尸骨，全凭一对祖传银镯。宋慈取镯细看良久，或有发现，遂假称高人，劝李丁停棺七日再下葬。李丁听从了。宋慈入城后，在茶肆听到议论，棺材店老伙计说李氏尸骨里藏着蹊跷。宋慈当即就去桃花渡作实地察，果然可疑。渡船上，又意外得知向官府报称找到李氏尸骨的正是这位以摆渡为业的船家。

宋慈向杜松母亲探问事因。老人迟疑地说起一件事：去年夏天，她亲眼见儿媳玉儿与秀才老爷说些调笑之语。老人怕惹祸水，便将此事压在心里。宋慈赶到李丁家，对那具李丁接回的尸骨进行检验。结果，原来那是一具男子的尸骨，且也是被谋害致死。宋慈和英姑几乎同时把贾博古作为本案最大的嫌疑人。一位从京城来的信使进了县衙，交给刁知县一封密件，刁光斗感到太平县城有了一种山雨欲来风满楼之势。果然，随后就发生了两件奇事：一件是摆渡的老大在风雨亭上吊了；另一件是贾秀才突然失踪了。刁光斗却胸有成竹，处乱不惊。说不管来的是狂风还是恶浪，先把屁股擦干净了再说，他要尽管了结杜松案。

大堂上，刁知县假作善意，声称愿替杜松供养老母。杜松感念知县大恩德，举笔正要画押，宋慈突然走上堂来，说是受杜母之托，前来打这场官司的。宋慈用其让人称绝的推理，把此案始末一一道来，所谓杜松杀妻案，原是贾秀才为夺人之爱而设下阴谋；而身为父母官的刁光斗则明知此案有假，而将错就错，不惜以百姓的生命换取钱财。刁光斗知道事情不妙，把宋慈请到后堂说话。到后堂，刁光斗得意地从袖中取出一封来自京城某大人的密信，声称自已有朝中大人保护。宋慈击案而起，正其时，忽然来了圣旨。圣旨虽然将刁光斗削职为民，但刁光斗和宋慈心里都清楚，这是朝中有人出面保护了刁某。宋慈黯然而去。

嘉州银库一夜间失盗二十万两。据报，库监公孙健与盗贼里应内外，盗走官银。公孙健受审时撞壁而死。朝廷上议论纷纷。吏部尚书薛庭松提议急调宋慈至嘉州，协查此案。宋皇应允。宋慈急赴嘉州途中，嘉州衙门派人人迎其上花船，船上有弹琴女子。宋慈怒而下船，骑驴进城。知州范方一副病态出来见宋慈。二人谈话很不投机。宋慈即去狱中察看，追查公孙健尸体。狱吏胡乱找来一具，被宋慈一眼识破。通判袁捷赶至，责打狱吏一顿，令其找到公孙健之尸。袁捷与宋慈乃同科进士，即约宋去家中小坐。袁捷家境清寒，摆设简朴，请客喝酒，仅让妻子买一只猪耳，炒一把黄豆。其子读书刻苦，其妻贤惠，宋慈十分感叹，认为袁甘于清贫，勤于政事，是难得人才。

宋慈到库监公孙健家查探，见其妻疯疯癫癫坐在门前，不与人交谈。又进得公孙家，见屋内抄搜得十分零乱，未有赃物。案情一时难有进展。宋慈故作闲极无聊，上茶楼听曲。一位弹琵琶的紫玉姑娘，性气高傲，给他留下较深印象。又听人议论嘉州两位官员，对贪财的范方深恶痛绝，对干练廉洁的袁捷大加称赞。是夜，袁捷率部得胜而归，称已剿灭那伙盗贼，且获一图纸，得知被盗之银未在运出城，掩埋在城内，且在州衙附近。袁捷要在衙门内挨家搜查，从官员自家搜起。范方闻言，神色慌乱，表示反对，袁捷坚持己见，宋慈则笑而不语。是夜，范宅内似有掘地的响动。通判袁捷悄然走出家门，与弹琵琶的紫玉幽会于一小宅院内……