宋慈向冯御史报说此案的新线索。冯御史忽然头痛不止，倒在椅子上。宋慈见房里有张字画，题款上的闲章，正是“偶得佳句共剪窗”几个字。吴淼水请宋慈到临安府。公堂上摆了一具死尸，竟是黑三妻。胡说宋慈去过黑三家，走后便发觉妇人死在家中。又叫出两个丫环，摆出物证：一万两银票及一张纸条。胡称宋慈在后街与英姑双宿双飞，银票与小院丫环是史文俊送的，宋慈写纸条给史文俊，可保其过关。宋慈验查看纸条上的字，确是自己的笔迹。至此，环环相扣，宋慈已无言可辩，即被关入“地”字号大牢。一个身披斗篷者进狱中与宋慈见面，竟是岳父薛庭松。薛要宋慈抽身而退，只要不再管此案，我可以帮你洗清冤情。宋慈反问：莫非岳父大人与此案有牵连？薛大怒，拂袖而去。

薛玉贞来狱中探望宋慈，表示要帮宋慈洗清冤屈。她在慧珏公主住处见宋皇，为宋慈申辩。慧珏提议，让宋慈戴镣自查，洗清身上的冤情。宋皇允诺。慧珏去狱中宣读诏书。宋慈拜谢圣恩，要求在狱中审案，并要求查阅所有证物案卷。吴淼水无奈从命。深夜，宋慈在狱中细看有本人笔迹的信纸，百思不解。玉贞来狱中给他洗脚，不慎弄湿纸页，忽有所察。醉花楼店主沈彪跌死。宋慈验尸。查到楼上扶栏，有被锯断的痕迹。慧珏公主请宋皇、薛庭松等人看傀儡戏：一男一女有了私情，女人怀了身孕，被男人逼死。女儿长大后竟遭父亲调戏，愤而自尽，母女俩一同向那负心男人报仇……薛庭松失态地叫起来：把他们抓起来！幕后面走出一个人，竟是宋慈，刚才是他在后面串演这出傀儡戏。

宋慈说出案情真相：小凤原是薛庭松的弃女。薛偶尔得知此事，让唐二宝混入史府，诱出小凤，谁知弄巧成拙，唐二宝于混乱中失手刺杀小凤，无奈只得编了谎话，说是史文俊所为。薛庭松因亲女被杀，愤而报复史文俊。吴淼水说，史文俊私通敌国罪有腰牌和文书为凭。宋慈取清水一盆，将信纸投入水中，即见那纸片散成小块了……原来是由许多小片碎纸拼起，在炭火上烘干成一封书信。有此妙法，便可编成有力假证，将史文俊及宋慈打成重罪。宋皇怒道：将薛庭松等拿下！宋慈去狱中探望岳父。二人有一番对话。宋皇下旨，免薛死罪，遣返原籍，永不录用。玉贞独自送父亲回原籍，至三里亭，薛不走了。他对玉贞说出一番悔恨之词后服毒自尽……

宋慈在瓦舍看锦玉班演杂剧，忽报西郊明泉寺后山发现一具白骨，即赶往现场。死者发间有一银簪，后又捡得一只绣花软底鞋。山下有一座大庄院，忽遇恶犬，有人拔刀杀死恶犬，是刑部小吏竹如海。宅院称“如意苑”，十分热闹。宋慈想进去，被拒之门外。见锦玉班的小桃红从里面出来，竹如海随之而去。宋慈去瓦舍询问锦玉班女班主，那鞋果然是女旦所穿。一年前，美貌女旦绿腰忽然不见踪影，死者莫非是她？宋慈再去如意苑，路遇去如意苑买马的驸马爷梅子林。如意苑的管事这回对宋慈十分殷勤，请宋慈入苑内，并可随意走动。宋慈发觉里面排场非同一般，吃喝嫖赌，无所不为，朝廷各级官员与京城内外的商贾，比比皆是。

一直未露面庄主给宋一份厚礼，宋未收。回到家中，却见那礼物分别是给母亲及刚刚怀孕的妻子玉贞的野山参和鹿茸，宋慈大惊：此人不简单！如意苑内有一幢小屋，石瓦石壁，铁门紧闭。两个黑衣人死于屋外。宋慈得报去查验死尸，系毒箭所伤。二黑衣人半夜欲入屋，被毒箭射杀。庄主终于露面，竟是宋慈原先打过交道的刁知县刁光斗。刁从容打开石屋，让宋慈、曹纲入内。室内仅一床一椅，另有八口大箱子，别无他物。宋慈暗生疑窦。西郊明泉寺后山又发觉死尸，是锦玉班的女旦小桃红。宋慈验尸后认为小桃红死于两天前。锦玉班主姜氏认为是竹如海所杀。柳青证实说，两天前竹如海来找过小桃红，当夜回到小院，又见窗台上留有竹如海的雨伞。次日一早，竹如海神情慌急地来探问，小桃红是否回来？

竹如海在公堂说，有人来报，小桃红被拘明泉寺，他即赶往明泉寺。在后殿听到有女子低泣，叫唤小桃红，果然应声。二人刚刚相会，和尚们追赶过来，便摸黑往山上逃，慌不择路，小桃红惨叫一声，滚下陡坡，从此不见踪影。然而，明泉寺住持出来作证，前晚寺内十分安静。又有车夫张大力作证，竹如海曾雇他的车，拖上一个裹着被子的死人……宋慈据已知证据与线索，作出推论：竹如海暗恋小桃红，那日闯入屋内求欢而不得，一时恼起，扼颈至死，不得已黑夜里移尸郊外……判定竹如海为杀人凶犯，将其关进死牢。竹如海在狱中自杀，留有一纸遗书。宋慈在明泉寺前寻得一隐于草丛中的小池，水很凉，有水草，又寻得一枚骨钗，想到尸体曾被浸于凉水中……宋慈方知断错案了。