丽君于中书省上任，得知各项民间冤情皆由刑部处理，大感失望之际，铁穆耳传召她，更委任她做钦差大臣，平反冤案，丽君感愕然。丽君时开庭替士元翻案，士元看见眼前的钦差大臣竟是丽君，险些揭穿她身分，丽君临危不乱，要求苦主认人及对质，刘捷却仍诸多狡辩，丽君决定先将他停职候查。子儒带何氏往狱仓探望士元，士元即替爱妻把脉开方，并从子儒口中得知钦差大臣的真正身分。 丽君刻意跟铁穆耳保持距离，铁穆耳大感不是味儿。察必因画像呆坐整天而昏倒，铁穆耳找丽君替察必治病，丽君与察必重遇，欣喜。丽君答允不用察必呆坐也能替她画画像，铁穆耳见察必与丽君分外投契，感高兴。忽哥赤私会堂弟乃颜，密谋造反，力邀铁穆耳出席四大汗国会议，指称可宣示国威，并化解当年欣怨。 铁穆耳为讨好丽君，派阿桑哥送贡品至状元府，荣兰见机不可失，硬要替阿桑哥把脉，实则打听他娶妻与否。铁穆耳硬拉丽君陪自己，又逼她把酒谈心，更借酒意向她索吻，不料却被阔真撞破。阔真为所见到的景象，心酸落泪，铁穆耳却不作任何解释。丽君为恐激怒铁穆耳，阻碍替士元平反，无奈下陪他到塞外跟四大汗国开会，铁穆耳途中逼丽君抉择跟自己还是跟少华长相厮守。

丽君为免铁穆耳的纠缠，刻意令自己着凉，希望藉病提前返大都。少华与近东准备冲入军营行刺铁穆耳，不料乃颜与八思巴却比他们快一步出手，少华乘乱上前行刺时，方发现皇帝是铁穆耳，立即硬生生将剑收回，铁穆耳大感奇怪。少华将乃颜杀死，展示真面目并着铁穆耳及丽君先离险地。荣兰醒来，只见身受重伤的阿桑哥尚有气息，便扶他出军营。 丽君回家得悉荣兰未归，担心。忽哥赤假意关心铁穆耳遇刺一事，铁穆耳讹称乃颜临死前曾指忽哥赤是行刺计划的同谋来试探他，忽哥赤即指树大招风遭人诬蔑。阔真送上定惊茶给铁穆耳，铁穆耳本不领情，经察必劝喻后才接受她的好意。丽君替近东治伤后，期待少华向自己表白，可惜少华始终不敢开口，气煞丽君。阿桑哥欲与荣兰结成安答来报答她救命之恩，荣兰只望他以身相许，阿桑哥不解。 铁穆耳指少华救驾有功，册封他为大将军，并以弟相聚为名，召他入宫。忽哥赤明白铁穆耳对自己起疑，决定以拋绣球为映雪招婿来粉饰太平。铁穆耳试探少华知否丽君身分，少华替丽君圆谎。阔真见铁穆耳跟丽君、少华言谈甚欢，不快，察必开解她。铁穆耳要跟少华比剑，铁穆耳出招狠辣，少华情急下险刺伤他。少华回家，说出与铁穆耳比剑一事，深感伴君如伴虎。

子儒认为丽君应及早向少华表白身分，丽君却恐误了救士元一事。铁穆耳打算派少华平定山东饥民暴乱，少华不欲残害同胞，丽君即进言以开仓赈灾安抚暴民方为上策，铁穆耳不悦丽君维护少华。阿桑哥与荣兰终返大都，荣兰见他回宫心切，无奈。刘捷欲疏通官场同侪们，望能在士元调包案中脱身，可惜各人均对他退避三舍。燕玉得知少华荣升大将军，希望他能代父求情，但当听到皇甫敬指刘捷是罪有应得时，即噤若寒蝉。 忽哥赤安排映雪于画楼拋绣球招亲，经一轮争夺后，绣球竟被踢入恰巧路过的丽君的轿里去。丽君想起明堂与忽哥赤亡女宝儿的关系，即讹称曾为宝儿许诺终身不娶，婉拒美意。十一皇叔见忽哥赤与丽君各不相让，提议交由铁穆耳定断，铁穆耳认为丽君不娶理由牵强，欲藉此逼她说出隐衷，丽君恐身分被识穿，惟有硬着头皮跟郡主拜堂。 丽君发现郡主手上竟戴着何氏的金镯子，诧异，郡主闻言即揭开面纱，二女久别重逢万料不及世事竟如此巧妙，开心不已。忽哥赤与格米思见一汉人前来拜祭宝儿后匆匆离开，生疑。铁穆耳从忽哥赤口中知郡主与丽君新婚愉快，大感奇怪。丽君得到忽哥赤批淮带映雪回府见何氏，奎璧在路上惊见映雪，随即跟踪其后，得知丽君女扮男装的秘密。

映雪拜祭宝儿时遇明堂，映雪对他深情表欣赏。奎璧告知刘捷丽君乃女儿身，刘捷决定静观其变。丽君开庭再审士元案件，胡县尹上庭认人及供出刘捷恶行，此时，奎璧在庭外击鼓，公然指证丽君是女儿身，要她当众宽衣以证身分，丽君气愤。丽君与映雪等急谋对策，映雪对忽哥赤表示自己才是丽君，当日以素云自称乃情非得已，而奎璧的指控纯綷为父脱罪。 勇娥亦追问子儒丽君身分，不果，山贼等瞎猜深信当日丽君是跟人私奔。忽哥赤旁听士元一案审讯，公堂上映雪痛骂奎璧后不支晕倒，士元指她有了身孕，刘捷不信，找来亲信大夫替映雪把脉，果然断出她有喜。奎壁心有不甘，拉何氏上公堂辨认谁是丽君，何氏犹豫一会后拉着映雪手叫丽君，丽君终纾一口气，并判处刘捷父子充军塞外。原来何氏服士元开的药方后，已告痊愈，孟家终一家团聚喜不自胜。 燕玉探望父兄，奎壁与刘捷表示担心充军后客死异乡，燕玉不忍，找丽君求情，可是当丽君见少华本来送给她的玉镯竟在燕玉手上，醋意大发，拂袖而去。铁穆耳从阿桑哥口中知荣兰曾暗示其女儿身分，当知丽君有意辞官与家人回乡时，即向她表明爱意，更声称可为她废除皇后，恰巧被正欲前来告知铁穆耳有孕喜讯的阔真听到，阔真伤心。

察必发现阔真痛哭流泪，上前关心。少华代燕玉为刘捷父子向铁穆耳求情，铁穆耳教少华迎娶燕玉，便可令刘捷两父子免被充军。士元与丽君前往将军府，丽君以为少华会向自己表白，岂料少华竟要娶仇人之女，皇甫敬更指是丽君当日跟人私奔在先，现在向士元提出退婚，并不为过，丽君愤怒莫名。勇娥无意中听士元及子儒对话，方知丽君真正身分，及自己口舌招谣，闯下大祸令丽君蒙冤，被子儒痛骂。 燕玉知道少华心另有所属，娶自己无非为救人与报恩，不安。丽君打算与士元等潜逃回乡，忽哥赤突邀丽君与映雪入宫参与察必所举行的迎接佛牙盛会，惟有与众人相约于十里坡会合。铁穆耳派阿桑哥骗士元入宫，并以编撰医书为由勉强他留在宫中，使丽君留下来。察必用木兰辞来向丽君表示看穿她女儿身分，并且不会容许她扰乱宫闱，丽君亦藉比喻来说明自己入只为救父，并无他意。 忽哥赤无意中偷听到丽君的真正身分以及铁穆耳对她倾慕之情，心有决定。少华迎娶燕玉，燕玉见少华入新房后欲言又止，即表示愿与他做挂名夫妻 。 近东提议潜入宫中救士元，子儒冲动，不理少华洞房夜，硬 要找他入宫一起救士元，丽君前来阻止，少华从二人对话中，终明白眼前人便是孟丽君，悔之已晚 。

八思巴于关外被捉，无奈向铁穆耳供出忽哥赤与四大汗国结盟造反。忽哥赤得悉八思巴束手就擒，竟以丽君性命要胁铁穆耳过府，当众揭发丽君身分及铁穆耳恋上汉族女子，并非大元的好君主，自己谋朝篡位非无道理。米格思怕忽哥赤铸成大错，着映雪要胁自己来令忽哥赤就范，少华乘忽哥赤分心时救丽君，惜不敌。铁穆耳与忽哥赤双方军队僵持之际，察必前来重提忽哥赤一段童年往事，忽哥赤见察必所持金箭，动容，终投降。 忽哥赤到忽必烈寝宫凭吊后，准备伏法，米格思誓跟夫生死与共，映雪见二人喝下毒酒，难过。映雪拜祭忽哥赤夫妇，再遇明堂，二人对至亲离世的感受与见解一致。铁穆耳劝丽君回复女儿身便可免问罪处斩，丽君指宁死也不愿下半生任由人摆布，拒绝。近东入宫行刺铁穆耳，少华阻止，并指大宋亡国并非无因，而帝昺亦没能耐如铁穆耳般治好国家，近东激奋离去。铁穆耳见少华不肯要胁自己来替丽君求情，终明白他才是真君子。 阔真上吊自尽，铁穆耳赶往看见奄奄一息的阔真，将濒临死亡边缘的她唤回。翌日，铁穆耳在大殿上审问丽君，察必亦前来听审，殿上犯人竟是明堂，莫非丽君畏罪潜逃，找来明堂顶罪﹖少华已娶燕玉，他与丽君之情是否要等来生再续。