郭靖等人在木排上漂浮，终遇上洪烈之大船而被救，欧阳锋反面无情，欲杀七公等三人，七公以九阴真经一段译文作要挟，欧阳锋才暂且不杀三人。洪烈热情招待欧阳锋，加以笼络，灵智上人等不急，欧阳锋出手教训上人一顿，杨康见欧阳锋武功高强，欲拜他为师，欧阳锋拒绝。杨康为讨好欧阳锋，辣手逼郭靖等说出译文，郭靖见杨康为求名利不择手段，大为痛心，杨康为逼郭靖屈服，将七公抛下大海中，郭靖悲痛，仍不屈服，杨康欲杀黄蓉，伯通及时赶至，救回七公及黄蓉，并逼使欧阳锋答允放走他们。黄蓉走后，药师寻至，上人言出不逊，药师教训他，上人不忿，竟讹称黄蓉已葬身大海，药师信以为真，悲愤而去。黄蓉等返回大陆，途经牛家庄，遇上傻姑，在其房内发现一密室内有曲灵风之尸体，蓉甚疑感。 七公自知不久于人世，欲再尝皇宫御膳之菜，众人潜入皇宫，捉着御厨，亲手炮制，蓉、靖往买材料时，再遇洪烈等人。

郭靖偷听到洪烈等人欲盗取武穆遗书，心中大怒，决加以阻止。郭靖、黄蓉在御花园游览，发现水濂洞后有一秘洞，二人奇怪之际，洪烈率众寻至，原来他们查出武穆遗书应藏在秘洞之内，欧阳锋等人见靖、蓉亦在，大感诧异，加以围攻，靖、蓉不敌，黄蓉且战且走，且高声叫嚷，欲惊动守卫，藉混乱脱身。 欧阳锋为探测郭靖武功底子，并未实时下杀手，郭靖拚命与欧阳锋对打，是时杨康找到武穆遗书书盒，心想大功告成，竟向郭靖下毒手，郭靖身受重伤，洪烈等逃去。黄蓉千辛万苦，救郭靖至曲家之密室内，依郭靖所教之法，要在密室内疗伤七日七夜，不能中断，黄蓉本想杀傻姑灭口，郭靖阻止。 洪烈等人刚巧亦逃至，众人打开书盒，发现内里空空如也，欧阳锋再入宫寻找，留下洪烈等人，黄蓉扮鬼，将他们吓走，留下欧阳克一人，稍后，遥珈与冠英又分别寻至。候通海以为遥迦及符英是厉鬼化身，要杀二人，迦、英不敌，志平至，连手打败通海，将他捆绑。三人倾谈下，得知此行目的同是找郭靖，遂决定同往牛家村。

冠英等找不到郭靖而折返，符英说出找郭靖之原因，是因为药师误会六怪杀死黄蓉，要杀他们报仇，特来通知，怎知英、平一言不合而反面，双方大打出手，遥迦左右为难。此时，杨康等人折返，将冠英等三人捉住，傻姑嘲笑他们，通海打傻姑，药师突出现，打走杨康等人，赶走志平，并撮合英、迦立即成亲。 伯通与欧阳锋互相追逐，在店前经过，药师见到，加入追逐。店内利下英、迦，欧阳克乘二人不备，将二人擒拿，且发现蓉、靖在密室，欲攻进，被黄蓉打走。欧阳克无法闯进密室，欲对迦无礼，念慈至，加以阻拦，反被欧阳克所捉，要污辱她，杨康至，辣手杀死欧阳克，将其尸体埋好，傻姑目睹一切。英、迦与康、慈分别离去后，拖雷与华筝又至，黄蓉得知华筝竟是郭靖之未婚妻，大感惊愕。郭靖说出与华筝乃未婚夫妇，但表明心中只有黄蓉一个，黄蓉甜在心头。 杨康向拖雷等讹称郭靖已遭段天德杀害，拖雷等信以为真，使为郭靖报仇，时全真七子及志平至，发现伯通被师、锋追赶，谭处端、郝大通及刘处玄赶往相助。处机重遇杨康，严词教训他一顿。

时二乞至，见杨康身怀打狗棒，误会他是七公之友，请他与念慈同赴丐帮店山大会。简、彭、梁三净衣派长老接见杨康，杨康凭打狗棒讹称七公已将帮主之位传给了他，三长老欲利用杨康打击污衣派，遂对杨康加以笼络。 全真七子遇裘千丈，千丈骗说伯通已被药师杀死，七子悲愤不己。七子遇超风，大打出手， 超风不敌，药师至，与七子恶斗，欧阳锋偷袭七子及药师，处端惨死，超风亦因救药师而受重伤，临终自断双手，被药师重收为徒。药师正因超风之死而悲愤，六怪寻至，药师要杀六怪泄愤，六怪不敌，郭靖睹状，不理自己危险，破密室而出，阻止药师杀六怪。郭靖因乱动真气而走火入魔晕倒，药师运功替他疗伤，将他医好。黄蓉带药师入密室，发现灵风生前从皇宫中偷出不少宝物，黄蓉收起一与岳飞有关之画，送予郭靖。

拖雷等人被欧阳锋所捉，郭靖等及时赶至相救，傻姑说出欧阳克已被杀一事，欧阳锋甚悲愤，心知不是药师对手，唯有逃走。 药师得知郭靖与华筝有婚约，要郭靖立即在华筝及黄蓉之间作抉择，郭靖为遵守诺言，声言他日杀洪烈后，必定回大汉娶华筝，黄蓉点然。靖、蓉无意间从画中查出武穆遗书藏在铁掌第二节，二人决定先赴君山大会，再往铁掌取画。 杨康派人捉靖、黄，在君山大会上，诬陷二人杀七公，要杀二人报仇。

鲁有脚怀疑，加以阻止，混乱之际，裘千仞至，与杨康狼狈为奸，欲将丐帮归顺予金，有脚等反对，千仞欲下杀手。郭靖及时解穴，阻千仞杀有脚，黄蓉指出杨康乃假冒帮主，且以打狗棒法抢回打狗棒，杨康见事败，与千仞逃去，彭长老不服黄蓉，欲以摄心法对付她，反被黄蓉收服，黄蓉正式接任为丐帮帮主。 靖、蓉再遇千丈，误以为他是千仞，欲对付他，千丈约他们上铁掌邦才再所试，黄蓉决乘机上铁掌寻找武穆遗书。杨康与洪烈往访千仞，欲入铁掌帮禁地寻找武穆遗书，千仞拒绝，杨康暗中搜索。靖、蓉夜闯铁掌，被千仞发现，加以追杀，靖、蓉不敌，黄蓉受重伤，且战且退，躲入一山洞内。此时，千丈正在洞内寻宝，将武穆遗书丢在一旁， 康、慈拾到遗书躲在一旁，靖、蓉至，黄蓉欲杀千丈，千丈哀求，说出假份千仞一事，黄蓉才不杀他。千丈以烟攻洞内，靖、蓉呼召双鵰，载他们逃走，千丈欲跟随，失手跌死。