杨康德到武穆遗书，满心欢喜，甜言蜜语欺骗念慈，二人发生肉体关系。念慈发现杨康原来一直在与洪烈狼狈为奸，大为悲愤，乘杨康不觉，将武穆遗书抢走，洪烈立即派人追捕念慈。 靖、蓉逃至一密树林内，发现是以五行布阵，黄蓉指点靖破阵，抵一石座，见到刘瑛正埋头计数，黄蓉加以指点，助刘瑛解决难题，刘瑛收留二人，刘瑛检视黄蓉伤势，指她只可活多三日，郭靖甚担心。刘瑛指出有一人可救黄蓉，给他们三个锦囊，指使他们上路寻找此人，靖、蓉决定一试。靖、蓉依刘瑛指示，分别扳开第一、二个锦囊，才知道要救助之人原来是南帝段智兴。

靖、蓉先后遇到渔、樵、耕、读四人阻栏，凭郭靖之武功及黄蓉之机智，二人一一过关，最后终见到智兴，才发现他早已出家，法号一灯。一灯得悉蓉受伤经过，且知道是瑛姑指使她到来求医，仍决定运功相救，渔、樵、耕、读纷纷相劝阻止，一灯也不理会。一灯运功助黄蓉疗伤，千辛万苦，终医好黄蓉，靖、蓉至此才得知一灯为医黄蓉而耗尽功力，黄蓉赠九花玉露丸予一灯进补，但原来瑛姑早已在丸内落毒，一灯服后毒发晕倒。天竺僧及时替一灯除毒，一灯才保住性命，渔、樵、耕、读说出一灯因救黄蓉而五年内武功尽失，瑛姑大可趁此机会报仇，黄蓉才知被瑛姑利用。一灯并未怪责黄蓉，且说出与瑛姑结怨经过。当年瑛姑乃智与之贵妃，一次伯通随重阳到访。

伯通与瑛姑产生一夜孽缘，事后伯通不顾而去，智兴心中早已不快，及后瑛姑诞下一子，突被神秘人打伤，瑛姑向智兴求助，智兴狠心不救，瑛姑不忍爱子痛苦，将他一刀刺死，声言必找智兴报仇，智兴后悔，看破红尘，因而落法出家。瑛姑闯至，众人拦阻不及，瑛姑一刀刺落一灯身上。瑛姑刺伤由郭靖假扮之一灯，心中百感交集，时真正一灯出现，且任由瑛姑处置，瑛姑杀不落手，悲愤而去。 一灯命天竺僧替郭靖翻译出九阴真经内的一段梵文，原来该段乃九阴真经之总纲，郭靖因而对真经之武功加深了解，武功又再上一层楼。一灯且发现此段文字可有助疗伤，靖、蓉想到七公康复有望，甚为欢喜。欧阳锋捉住杨康，认为他是杀欧阳克之凶手，要杀他报仇，杨康为自保，讹称杀欧阳克者是靖、蓉二人，欧阳锋被杨康欺骗，誓杀靖、蓉。 郭靖、黄蓉从双鵰身上发现血迹，猜想到桃花岛可能有事发生，二人遂赶往桃花岛。

途中遇念慈，念慈将武穆遗书交回给郭靖。郭靖、黄蓉遇裘千仞，发现瑛姑被他所囚，二人救出瑛姑，瑛姑发现千仞原来就是杀子凶手，与他拚命，千仞逃去，瑛姑穷追不舍。 靖、蓉继续上路，遇伯通与梁子翁等人纠缠，从而救出七公与镇恶，怎料镇恶却突然向黄蓉下杀手。郭靖及阻止镇恶杀黄蓉，镇恶厉言责备郭靖，定要他杀黄蓉，郭靖不肯，镇恶大怒离去。七公与靖、蓉说出分手后之遭遇。

郭靖将真经之总纲告知七公，七公伤势大为好转，靖、蓉遂与七公分手，继续赶往桃花岛。黄蓉心中感到不祥之兆，向郭靖提出在桃花岛长相厮守，郭靖答允。二人抵达桃花岛，赫然发现朱聪、宝驹、金发及小莹之尸体，郭靖大为悲愤，发现各人是被白骨爪杀死，因而认定是药师所为，之后，郭靖发现垂死之希仁，临终写出「十」字，郭靖更认定药师是杀人凶手，誓要杀他报仇，黄蓉虽对此事有怀疑，却无从解释， 郭靖独自离开桃花岛，黄蓉黯然神伤。 处机抵达醉仙楼，想起当年与七怪比武之往事，无限唏嘘之际，忽遇郭靖，得知五怪惨死，处机甚悲愤，时药师出现，众人大打出手。众人追追逐逐，一直打至烟雨楼内，全真六子联同志平及镇恶以天罡北斗阵对付药师， 郭靖却发现七公亦在楼内，七公劝郭靖切勿冲动。全真六子等人不敌药师，郭靖加以援手，且向六子解释伯通未死一事，六子愕然，时黄蓉、杨康及欧阳锋等先后抵达。

杨康反面不认为处机为师，欧阳锋又从中挑拨离间，各人众产生大混战，但忽然一阵大雾袭来，七公等退入烟雨楼内，杨康以毒蛇阵及火攻围困众人，幸镇恶能认路，带各人脱险，六子往打探伯通下落，七公故意制造机会予靖、蓉单独相处。靖、蓉相对无言之际，忽遇镇恶被官兵追捕，立即相救，黄蓉带镇恶逃至铁枪庙，细心照料其伤势，镇恶对她稍改观。 半夜，杨康等人带同傻姑至，黄蓉为求真相，不惜冒险现身，向杨康质问，果发现五怪之死与他有关。黄蓉揭穿五怪被杀真相，认为是欧阳锋及杨康所为，嫁祸予药师。