各地民众起来抵抗倭寇，并传来战胜的消息，但许浚仍担心家人安全。良太到义州找许浚，告诉他家人已返回龙川避战，许浚放下心头大石。 许浚向王上报告，发现很多百姓其实是死于瘟疫而非战乱，要求可以带领医官重写一本百姓也可明白的医书。许浚不眠不休的撰写医书，睿珍劝他要爱惜身体，两人谈起在龙川的往事。吏判大人约见许浚，说王上将会派他前去医治成大人，但吏判大人却指朝中众臣均对成大人不满，暗示他不要尽力医治，许浚当场拒绝，最后治愈成大人。王上召见成大人和许浚，决定封许浚为正一品文武官的辅国一职。

吏判大人对此感不满，以许浚和睿珍有私情诬蔑他。王上召见睿珍，她将和许浚的相识和感情和盘托出。晚上，睿珍对尚华说想回三积寺，并要尚华继续支持许浚。

王妃娘娘诞下小王子，王上和吏判大人等大臣大喜，世子却因自己非嫡系王子，为地位可能不保而担心。而吏判大人等大臣想拥立小王子做世子，朝廷开始纷乱。 道知说出宫中的新形势，劝许浚为自保要表明立场，但许浚只表明会继续尽医官的责任。许浚继续编写医书，但累劳过度，咳嗽了整个月。许浚为医书研究各类草药，雇用了采药夫采药，但原来朝中有人反对，所以停止发放资助。刚出生的小王子患惊风，许浚奉命前去看诊，但途中又传来世子患急病的消息，结果由道知照顾世子，成大人有所不满，他对许浚说希望他可帮世子一把，但许浚却表明不想牵入党派之争。

吏判大人暗示许浚，只要他全力照顾小王子，资助便不成问题。许浚感到烦恼，对道知说想辞官。世子患上疟疾情况危险，成大人虽知道许浚曾与吏判见面，仍然相信他。

世子患疟疾命危，许浚竟大胆以砒霜调配药汤，并吩咐吾根亲手煎药。吾根将此事告之道知，道知连忙劝许浚要再三考虑，但许浚说会负上全责。 许浚为世子呈上的汤药被验出有剧毒！有大臣要世子不要服用，但世子最后信任许浚，将汤药饮下。想拥立永昌大君为世子的阵营的郑大人，知道世子服用砒霜后，即传召许浚，说如果今次立下功劳，即使世子之死也不用他负责，但许浚坚称会医好世子。郑大人知道不可利用许浚，于是决定使计在汤药内加重砒霜份量，岂料世子逐渐好转，许浚决定改调其它汤药，郑大人的诡计未能得呈。

王上突患急病，许浚报告情况不妙，郑大人即大发雷霆，并决定赶快要王上废掉未获明国册封的世子，另立永昌大君为世子。而成大人则誓保现任世子。

王上醒来，郑大人求见王上但许浚不允，郑大人等人竟然硬闯，求王上改立永昌大君为世子，但王上却不肯，并立即下传位诏书予世子。 郑大人手握诏书却阳奉阴违，并密谋堵住知道诏书一事的许浚和医女世希。郑大人游说许浚，要他将传位诏书一事三缄其口，但许浚不答应，郑大人十分愤怒。与郑大人一党的金大人找道知，希望他说服许浚，道知出于关心许浚的人生安全劝他，同样被许浚婉拒了。突然，王上病情急转直下，王上没有留下半句遗言便驾崩；郑大人决定请示王妃娘娘要她改立永昌大君。

许浚想起恭嫔娘娘临终前向他托孤要守护王子，于是向成大人说出传位诏书一事。结果世子顺利登基，大臣立即请求处死失职的许浚，世子十分犹豫。

王上逼于无奈要治许浚的罪，许浚知将要受罚，于是拜托医官们完成医书的撰写，内医院上下均感难过。判刑前，斐天寿向许浚传王令，改流放他到流沛地。 许浚被流放后，竟然有病人找上他，他不忍心病人受苦，甘冒受罚危险替病人看诊。许浚看诊之事广为流传，病人开始蜂拥而至，看守许浚的士兵也不忍心，于是允许许浚替病人看诊。升上御医的道知向上级提议由许浚完成医书的总结工作，但被拒绝，他于是吩咐医官秘密运送医书资料让许浚完成；许浚终于完成《东医宝鉴》的撰写，王上知道后，立即召他回宫。

王上希望他留在自己身边，但许浚却表示想辞官还乡，说要履行曾对师傅许下的承诺，返回山阴病舍照料病人。

王上最终答应许浚要求，许浚离宫回家，想看看多喜和母亲，可是母亲已过世。许浚与多喜返回山阴，吾根和红春早已在病舍里打点一切。 来病舍求诊的病人愈来愈多，许浚并要出外看诊。许浚在路上发现很多人饿死街头，原来瘟疫已经蔓延。许浚要求县监大人开粮仓救饥民但不成功，他立即写信给成大人求救。医官们赶到山阴灾区医治病人。许浚连日不眠不吃，身体逐渐虚弱，开始有感染瘟疫的征兆，但他只是私下吃药控制病情，并没有让其它人知道已患病。药丸用尽，许浚将仅余的药丸拿出来给其它病人。疫情终于受到控制，正当众人大肆庆祝之际，许浚……