许浚跟家人提及重遇龙川官员一事，众人大惊，不知如何是好。许浚返惠民署，向金万庆提及自己的往事，并说想向斐天寿自首，但被金万庆阻止，并说会亲自去劝服斐天寿。

斐天寿确认了许浚就是当年在龙川进行秘密交易的人，于是派人到惠民署逮捕他，但黄海道一带刚巧发生严重疫症，许浚被派了前往疫区。经过他们的调查后，发现瘟疫扩前得很厉害，很快便会祸延汉阳。许浚终于查出了爆发的是那种疫症，消息传回汉阳，于是增派医官和医女到疫区，睿珍和彩仙也被选中。天寿也到了疫区维持治安，许浚对他说希望可以查出病因和治疗方法后，才让他惩处，天寿答应了他。

疫区的牢房发现有瘟疫病人，但狱卒却不肯放走病人，许浚坚持要替他们治理，斐天寿目睹，也认要人道对待监犯，让许浚治理他们，斐天寿开始对许浚有好印象。

许浚衣不解带照顾病人和处方，病人开始出现好转情况，众人为此饮酒庆祝之际，突然传来病人出现恶化情况，最后更抽搐死去，彩仙亦证实染上瘟疫，情况危急。

道知回宫见杨礼寿，并向他说希望到疫区帮手。许浚继续研究新处方，彩仙的病情恶化，最后更死去，红春和睿珍十分伤心。有病人提议许浚让患者喝梅子汁，许浚于是将病人分三批，测试那种处方有效，结果发现梅子汁对病人有疗效。许浚再去信回宫，报告病情已告稳定，成大人于是禀告王上。许浚虽然被赞有功，但亦自知大限已到，当斐天寿准备逮捕他之际，却传来王上要召见许浚的消息，许浚于是和医官们赶返宫廷。

道知知道许浚医好了母亲，但夫人对许浚仍充满仇恨。道知跟随使节团回来，并得到左赞成的赏识，经他的介绍下认识了仁嫔娘娘的兄长，他知道道知的医术高明，于是提议引荐他给仁嫔娘娘，原来娘娘多年来均无所出，他希望道知可助娘娘诞下小王子。

道知开始照顾仁嫔娘娘，并亲自送上汤药，仁嫔十分欣赏他。许浚因控制疫情有功升做主簿，天寿知道后，唯有暂时按兵不动。

晚上，安光翼探望许浚，指这场瘟疫令无辜者丧生，身为大夫应想想可以做甚么，劝他不要留在惠民署或内医院。道知知道了许浚在龙川的往事，但他并没有揭发出来，但惠民署的金判官和宋主簿知道后，却立心要置许浚于死地。许浚往找天寿，坦承自己的一切，但他却说身为大夫还有很多事要做，他希望可以以另一种方法赎罪。天寿叫他先离去。金判官和宋主簿直接向成大人报告许浚的往事，被杨礼寿斥责他们应先向他报告。

吏判大人去信给斐天寿，天寿逼于无奈到惠民署逮捕许浚，多喜也被捕盗厅的人拉走。恭嫔娘娘的王子患病，想召许浚入宫，才知道他身在捕盗厅，她决定禀告王上，结果王上决定卸免他的罪

王上下旨要卸免许浚的罪，惠民署众医官和医女均替他开心。吾根和良太等人到捕盗厅探望许浚，却发现许浚和多喜被送到义禁府，原来王上因为被士大夫上疏，要他收回成命。

恭嫔娘娘为了许浚再找王上，但王上也表示无能为力。许浚和多喜被利判大人审问，多喜表明和许浚是互相爱慕。仁嫔好奇为何恭嫔要维护许浚，道知告诉她原因，并求她向王上要求卸免罪行，但仁嫔娘娘坚决不肯。道知去义禁府知顾虚弱的许浚，并鼓励他要坚持，但其实内心却因为许浚的挫败而暗自兴奋。红春发烧，张学道替她医治，但吾根却十分担心。义禁府大人决定流放许浚了结此事，成大人求他改为降低许浚职级但被拒绝。

恭嫔娘娘突然晕倒，御医治理后发现她患了真心痛，并告之王上娘娘已时日无多。王上于是急召许浚入宫，替她施针后终脱离危险期，但仍有生命危险，王上于是下令御医和许浚一起照顾娘娘。

许浚在义禁府官员的监视下照顾恭嫔，终于恭嫔娘娘醒来，王上亲往探访，并多谢许浚和杨礼寿的功劳。王上想借此机会赦免许浚的罪，但支持和反对的声音不绝。

王上最后无奈地将许浚押返义禁府，恭嫔知道后，请求王上赦免他的罪，王上苦思后，决定亲到内医院向众臣宣布赦免许浚，并恢复官职，众臣虽不满，但王上心意已决也没有办法。许浚和多喜终于被释放回家。吾根在惠民署重遇许浚，请求他去医治红春，经诊治后，发现她原是阴阳失调，御医女大人向红春提出和吾根成亲。仁嫔娘娘有喜，道知当上仁庆宫宫医照顾仁嫔，而许浚则被派往照顾恭嫔娘娘。

睿珍知道许浚即将入宫当宫医，显得闷闷不乐。自从仁嫔娘娘有喜后，恭嫔身体状况大不如前，许浚劝她要保持心境平静，但恭嫔则说自已心胸狭窄，妒忌仁嫔得宠。

吾根向红春求婚成功，众人为他们举行婚礼。小贤为恭嫔领药，发现只有劣质药材，原来道知下令最上等的药材要留给仁嫔，她不忿和温池理论，结果被尚宫指她傲慢而被罚。 恭嫔带着补药往探望仁嫔，岂料仁嫔却恃着受宠拒见，恭嫔气上心头，身体再度虚弱。回宫后，恭嫔说想带着两位王子到山中礼佛，许浚劝止不了，结果和她同行照顾。晚上，恭嫔意识到自已命不久矣，许浚劝她要振作。娘娘向许浚托孤，希望他照顾小王子成材。回宫后，许浚为医治恭嫔娘娘，向杨礼寿请求让他出宫找寻草药，杨礼寿答应，并派郑奉事暂时照顾恭嫔娘娘。

娘娘心口再次剧痛并昏厥，郑奉事不知所措，想施针抢救之际，许浚及时回来，立即提恭嫔施针，可惜已返魂乏术。