王上为恭嫔娘娘的去世十分伤心，但决定不追究许浚的责任。许浚向杨礼寿要求离开内医院，到坊间寻找和认识各类草药，许浚一去数年。 许浚回宫成为了从四品佥正大人，恭嫔娘娘的王子亦已长大成人。光海君和许浚谈起往事，说王上没有在恭嫔忌辰去拜祭她，讨厌宫廷生活，他请求许浚治理他的心病。许谦预备考大科科举，多喜知道后担心不已，因为他们并非官家子弟，根本没有机会应考。许浚以过来人身份劝他放弃，但儿子心意已决，许浚阻止不了。仁嫔的儿子身上长满脓疮，道知心知情况严重，却警告医女不要乱说话。

道知害怕十年心血毁在王子手上，于是推举许浚治理王子，许浚无奈接受。仁嫔发现许浚令王子十分痛楚，召道知问清楚，岂料他却将病情恶化的责任推在许浚身上。

御医女大人召见都药使令和释药署员，审问他们谁人调戏医女，但医女却认出是吾根，令红春尴尬不已。许浚找到疗法，于是请吾根帮忙找来水蛭。 仁嫔知道许浚用水蛭为王子诊治，立即喝止许浚，但许浚坚持只有这个方法才可救活。道知为此和许浚争执之际，王上来到，了解事情后，决定让许浚继续用水蛭施救。终于，王子的脓疮逐渐好转，王上封许浚为正三品堂上官，并升任御医，道知知道后深深不忿！可是，内医院有官员认为许浚的出身不能当上这个官职，王上大怒，表示不会改变。许浚开心成为官家，令许谦可以有机会考科举试。

光海君向父王进谏，要小心防御倭寇入侵，但王上没有理会。从庆尚道回来的金万庆和许浚谈起似有战乱，言犹在耳，烽火台已有烽火警示倭人入侵。

仁嫔的哥哥知道战事逼近汉阳，吩咐道知替仁嫔预备一些补药作上路用。许浚以为情况并不严重，安慰家人不用担心。可是战乱之说已传遍宫廷，宫中上下人人自危。 内医院的成大人提议册封世子以平息不安，仁嫔知道后，认为兵荒马乱，册封光海君对自己有利，于是向王上表态同意，结果光海君被草草册封。战事败北，斐天寿决定移驾，弃守汉阳。许浚获派与王上同行，但他却想带走宫中的医书病历，却没有人支持他。最后，吾根、尚华和睿珍等医女帮许浚带走医书。许浚忙于收拾医书，赶不及回家和家人见面，家人以为他已跟随王上而不理他们，结果和一书和良太等人先行离开。

王上一行人到达渡船头，渡河后，斐天寿和众臣为断倭寇追踪之路，竟烧毁所有船只，令其它走难的百姓无路可逃！王上和光海君欲阻止，但众大臣不肯。

大臣火烧渡江船后，王上目睹对岸的难民呼天抢地，感到十分无奈。许浚等人知道烧船的消息后，决定绕道赶往平壤和王上等人会合，以免蒙上逃亡者的罪名。 随王上同行的御医杨礼寿身体不适，道知暂代照顾王上，当道知呈汤药给王上时，竟说许浚已经逃亡。倭寇逐渐逼近，王上和仁嫔再次移驾避战。许浚和金万庆等人路过一村庄，发现有弃婴和有人受伤，众人留下为伤者施救，岂料遇上倭寇，尚华为救大家出险境，以身引开一众倭寇，众人目睹尚华中枪倒地，伤心不已。六月在战乱中诞下麟儿，良太和一书等人开心不已。

吏判大人提出要王上投靠明国逃难，仁嫔表示同意，但世子却反对，王上感到十分犹豫。良太和一书走到王上的行宫找许浚，知道他原来没有随王上同行。

许浚等人终于到达王上的行宫，杨礼寿知道他为了保存医书而赶不及随行，虽然欣赏，却坦言没有人会明白他的苦心；他又吩咐许浚照顾王上，道知为此深深不忿。 许浚晋见王上，仁嫔不接受他没有随行的原因，世子虽力撑，但王上仍然不悦。许浚知道家人曾找他，于是走到灾区，终于与家人团聚，可是儿子不满他只顾工作，不理家人受苦。倭寇再逼近，世子誓要死守平壤，结果王上和仁嫔前往义州，而许浚被王上吩咐留下照顾世子，道知随王上同行。一书、良太和许谦为抵抗倭寇，决定加入义军，结果和士兵合力击退倭寇。

仁嫔的儿子在半路突然晕倒，情况严重，王上说如果王子有事，他不会放过道知。有士兵将伤重的尚华带回来，许浚惊见他尚在人间，马上替他治疗。

王子施针后仍没有起色，并突然抽搐死亡。王上和仁嫔娘娘知道后，十分伤心，并将道知关在牢房。尚华经过治理后终于醒来，而许谦在抗敌时受了枪伤。 许浚替儿子包扎时，被世子急召，原来王上受丧子之痛患重病，许浚奉命前去替王上诊症，许浚担心儿子会怪责自己再次离开家人，但许谦终于明白他的工作和职责，并促他快些起行。许浚和医女为避倭寇在夜深起程，结果右手受了轻伤。许浚发现王上病重未能施针，只能先已汤药调理，睿珍意外找到木醋液，王上逐渐康复起来。许浚认为王上可以接受施针，但他以自己手受伤为由，推荐道知，仁嫔娘娘逼于无奈接受。

王上完全康复过来，道知的罪也因此被赦免，他衷心感激许浚，两人前嫌尽释。平壤已被倭寇攻陷，消息传来令王上再次病倒。世子等人抵达义州，许浚打探不到家人的消息。