武藏进江户 长冈佐渡是丰前小仓城主细川忠兴之首席宰相，每年都要到下总国葛饰法典平野的德愿寺来渡假，这次从住持了然和尚闻知武藏鼓励农民共同御敌的故事，心中至为感佩，认为在此世事纷扰，各地诸侯正需武将人才之际，只要是稍有本事的人，那一个不图高官厚禄，而武藏却甘愿替那些贫困的农民卖命，如此胸怀与胆识，叫人折服，为国举才，他立刻赶往武藏住处，但武藏却于早一步离去，因而未能会晤，但宫本武藏四字已深印心中。改头换面的又八，在日本桥附近的一家药草批发商工作，因为工作勤奋又娴熟簿记，很受老板器重，朱实自遭清十郎玷污后，自暴自弃，竟流浪至江户沦为流莺，无巧不巧地又与又八相遇，又八将其接回家中，朱实自叹残花败柳无颜见武藏，日夜烧酒，又八见状勾起前尘往事，不禁悲从中来，乃至相拥抱头大哭，虽是名义上的父女，在激情中逾越伦常。武藏与伊织两人离开法典平野来到江户，由旧识木阿弥光悦得知阿通行踪，立刻赶往柳生府邸，但阿通却于清晨离开前往江户柳生故里探视生病的石舟斋，两人再度失之交臂。

小次郎腥风血雨 与阿通缘悭一的武藏与伊织两人，暂时寄住于柳生家，名僧泽庵造访细川时，受少主忠利公之托，却网罗武藏为兵法指南，但武藏无意仕途，乃顾左右而言他。细川家首席家老长冈佐渡，闻悉武藏已来到江户，便带着从仆前往拜访，并设计使武藏许下三日后殿前比武之言质。 但武藏厌烦复杂的人际关系，又不愿为谋职而与其他剑客兵刃相见，遂于翌日偕同熊五郎等人，前往秩父关赏有名的三峰神社之祭典。自从横遭灾祸损失了两门门徒，小幡兵学所已一厥不振，阿光被玷污后，不敢面对北条近武藏，但新武藏不明就里，误以为阿光对他之疏远，乃因怪罪自己无力挑大梁，振兴小幡兵学所，公愤私仇于是决意报仇，会同余五郎以及兵学所门徒等人，偷袭小次郎，但反被斩杀数人，正在紧急之际，武藏惊闻枪声而至适时阻止小次郎下毒手，并陪同受伤的新武藏等人回到小幡兵学所，始知小幡兵学所与小次郎之过节始末。阿杉婆婆探知武藏住所后，怂恿半瓦率同弟，前往袭击，但武藏已离开居所前赴秩父途中。改头换面的又八决心向善，朱实自与又八有了肌肤之亲后，一心从良，两人相敬如宾恩爱异常，但又八虽在药草批发商工作半年余，却从未见过主人的面，主人名叫奈良井屋大藏，表面上是药草商，但对于宫本武藏这个人似乎很有兴趣。

危险赌注 侠客半瓦由手下口中听悉小次郎强暴小幡女儿阿光之经过后，大为动怒，决定对小次郎小逐客令。小次郎访问小幡勘兵卫对发生之不幸表示歉意，并且提出娶其千金阿光之请求，却为勘兵卫不理睬。御前比武的结果，小次郎得头筹，家老佐渡却对其人物存有疑虑，经说明一切后始首肯录用事。又八受良井号大藏之胁迫，最后在钜金诱惑之下答应加入盗贼党羽。又八抱着钜额前金回家之清晨，看到小次郎走马上任之情景，为了急欲发迹因而决心豁出去，什么恶事都可以干。进入秩父山的武藏和伊织，巧遇城太郎父亲青木丹左卫门，并知道城太郎刻正为盗匪手下。

秩父事件 青木丹左卫向武藏叙述与儿子失散之经迥，并且怀疑城太郎似乎为巨盗奈良井号大藏所利用，正在担任其手下。梅轩突然出现阿甲和祇园藤次面前，胁迫两人帮助劫取三峰神社财宝事。武藏等人为要诱出城太郎，决定演出打拳卖膏式闹剧。结果城太郎虽然出现，却不欲与将自己抛弃之师父和父亲谋面，因而消失。梅轩指使阿甲和藤次潜入三峰神社盗出钜款，正在埋藏钱财时，发生内讧而将藤次杀死。接着梅轩为适时出现之武藏所斩，而阿甲则为大藏所杀。但武藏因此而被关进牢里。

刺杀将军 柳生新阴流的开山师石舟斋临终之期已近，孙儿兵库介及阿通赶来见他最后一面。石舟斋在临终前教了孙子空手夺白刃的绝招。而身在江户的宗矩也梦到父亲，心中惴惴不安。武藏弟子伊织求见宗矩，拜托他帮忙洗清师父强盗的嫌疑。泽庵于途中巧遇城太郎，城太郎透出又八准备刺杀将军的消息，令众人心惊。就在又八假扮成工匠混入城中，准备以预藏的洋枪行刺时，武藏出面阻止，及时晚回局面，未让野心人士图谋成功。

梦想幻灭 半瓦怀疑井户屋等人为何一去不回，打听之后发现姥姥儿子又八企图暗杀将军，以致拖累大家被官府居留。姥姥再度误会是武藏害又八被捕，恨意更炽。武藏亲访朱实，为了让朱实安心，撒谎说又八因公迟归。另一方面，在奈良井屋企划接下来的阴谋时，柳生部下已找上门。在激战之后，奈良井屋终于当场丧命。武藏也找回了迷失的徒弟城太郎。朱实终于得知又八被捕的消息，坚持与武藏一起进城。将军特别开恩，判决又八受庭杖百下，逐出江户。又八之母赶赴受刑现场，亲眼见儿子受苦，并得知又八即将有后之事，当场觉得自己之非，要又八原谅自己没教好他。