一乘寺垂松 阿通和城太郎为了要看决斗场面，一路走向一乘寺前来。吉冈清十郎力劝壬生源左卫门中止决斗，源左卫门却执意不允。在社祠里等待的朱实，终于遇见武藏，遂央求将之带到异乡一起生活，而武藏却告以自己心中已有阿通，并且绝袖而去。又八路遇佐佐木小次郎，自己冒牌货之身分因而被揭穿，并且受到羞辱。又八因而奋起，决心豁出去为武藏助一臂之力。 决斗结果，壬生父子双双被杀，武藏虽然后悔无意中斩杀源次郎，也只有拼死一斗，打开血路逃走，赶到之阿通，看到源次郎尸体，而大喊残酷。

瀑布之恋 于在一乘寺之决斗后，在比叡山中彷徨的武藏，为千日回峰行者玉照所搭救，并且被抬进千照院。武藏因玉照之感召，对悟道遂渐获得启示。阿通和城太郎寻至比叡山来，却因为是女人禁地之故，不得越界而入。山门众僧以规定为理由，不许武藏被收留在寺中，因而群情哗然，几乎发生围殴事件。武藏唯恐连累玉照，遂决定下山离去，行前却被众僧没收其刀剑，并且遭毒打。玉照称此为法难。在下山的路上，武藏与小次郎相遇。小次郎见武藏未佩刀而未与之比武，并且告知又八之所在。武藏与又八邂叙旧。又八道出欲前往江户谋求发展，武藏表示赞成，两人遂分秧离去。

漂泊流转 宫本武藏与阿通、城太郎一同前往江户，但武藏却因先前冲动示爱遭拒，而与阿通十分尴尬。结果阿通落单走在后面却巧遇又八，又八想与阿通重修旧好，但见阿通已心属武藏，在忌妒之余咬伤阿通，并绑走阿通。武藏担心阿通到处寻找，又八为避开武藏追寻，与阿通不慎地落谷底。武藏遍寻不着，一心以为阿通负气离去，便带城太郎在薮原等候，却见城太郎之父丹左卫门遭权之助（三浦浩一饰）欺负，武藏出面打败权之助，而权之助则回去带老母阿凛前来报仇。

梦想流杖术 权之助带着母亲阿凛去找武藏等人报一箭之仇，但在得知武藏就是打败京城吉冈一族的名剑客后，阿凛要求武藏与权之助比武，结果武藏虽险胜，却自称被阿凛识破破绽而输，阿凛感佩之余，要求武藏收权之助为徒弟。朱实被吉冈清十郎玷污，母亲也与男人私奔后，心如槁灰，与到江户为妓的女子同行，小次郎因不忍朱实如此自暴自弃，要朱实跟他走，但朱实没有答应，不过朱实也从此自女子行列中消失。而遭又八纠缠地谷的阿通，被又八押往伊那，幸好途中巧遇柳生宗矩侄儿兵库（宅麻伸饰）获救。而这爱恨情仇纠葛的人均向山岭的另一边新天地江户迈进。

江户新天地 幕府将军德川家康奠都江户（今东京）并大兴土木筑城，整个江户地区充斥着由全国各地来此工作的工人，一时之间人口激增，呈现出一片活力耀动的新景象。杉婆婆与佐佐木小次郎，前来江户并住宿在工头半瓦弥次兵卫家，半瓦将杉婆婆奉为母亲至为尊崇，而杉婆婆亦时常苦口婆心劝半瓦与小次郎要行善。某日佐佐木小次郎在路上瞥见阿光（小林麻美饰），惊为天人，尾随至其家，阿光的父亲小幡勘兵卫景宪，是甲州流军学的创始者，现为德川家的家臣，正卧病在床，闻有剑客来访，派门徒以礼相待，小次郎自恃武艺高强，口出狂言，门徒乃与之比武均皆不敌，门徒不忍师门受辱谋议报复，却反被斩杀二人，适阿光之未婚夫北条新武藏与其弟余五郎，回程路过乃与小次郎约期决斗，然小次郎心中却暗自将这一切归咎于阿光的出现。阿通为了找寻武藏也来到了江户，因长途跋而病倒住进柳生府邸养病，柳生兵库介悉心照顾暗生情愫，但深知阿通对武藏情有独钟，心情极为复杂。武藏与权之助相偕来到法典田野垦荒拓芜某夜突遇一少年来借锄头欲埋葬其父，由少年之笛套认出此少年乃阿通之弟伊织。

法典平原的反击 宫本武藏与梦想权之助两人来到法典平野从事农耕以后，已经一年多，由笛袋确认三泽伊织为阿通之弟弟后，征得权之助之同意，收留伊织并传习武艺。另方面佐佐木小次郎，因为求职不顺遂正在郁卒之时，接获阿光未婚夫北条新武藏及弟弟余五郎之挑战书，阿光深知他们绝非小次郎之对手，心急之余偕同婢女阿柳前来小次郎寓所，恳求小次郎勿赴约，恰巧杉婆婆半瓦及工人们均已外出，小次郎便趁机玷污她，俟回家后新武藏与余五郎发觉阿光神情有异，诘门之下，已料知大概。一日，伊织得知村落又遭野武士袭击奔告武藏与权之助，三人相驰往村落，几经武藏苦口婆心，村民终于首肯共同退敌，在武藏策划之下，村民用盐巴、砂砾做成小包包，攻击野武士之眼睛，此次战役，武藏手刃沦为野武士的赤壁八十马，并与野武士首领单挑而诛之，从此村落得于安居乐业。武藏目睹村民久被欺压，一旦反扑报复时之凶残令人悚然，此因此幡然彻悟天道之不可违，于是偕权之助、伊织悄然离去。