前FBI副主任，帕崔西奥（诺玛·杰金斯饰演）被一群治安维持会成员绑架，并且带去一个仿制的法庭。法庭上的法官都被毛玻璃掩饰了真实的身份，一个法官宣布他有罪，被判处死刑。

和她的新男朋友迈克尔上尉（迪安·麦克德摩特饰演）正在夜总会喝酒，电视上播出了新闻，显示了私设的法庭和帕崔西奥的死刑。他们立即去找哈勃·尤锐克（弗兰克·摩尔饰演），哈勃告诉他们，FBI正在找这个叫做“保护主义者”的治安维持会组织，这个组织致力于铲除，以及任何他们认为背叛人类的人。他告诉芮妮，有迹象表明，他们的下一个目标就是芮妮。

芮妮和迈克尔离开FBI办公楼的时候，他们突然被包围了。迈克尔被打昏了，芮妮被带到那个法庭，面临审判。恢复了知觉以後，迈克尔找到，看电视新闻中有关私设法庭的直播。克拉瑞德法官（罗宾·加梅尔饰演）正在电视访谈中阐述他支持治安维持会的原因，节目被中断了，切换到私设法庭。迈克尔和斯翠特无助的看着芮妮面临指控，她要求迈克尔作自己的律师。

斯翠特在迈克尔的胳膊上植入了纳米生物跟踪装置，迈克尔被治安维持会带到秘密的私设法庭。审判正式开始了，芮妮被指控背叛人类，因为她打开了最初的，把外星人的威胁释放给人类。检察官（多利安·海尔伍德饰演）传唤哈勃作为第一个证人，哈勃被入口系统传送了过来，不顾他的抗议，他被强迫进入证人席。哈勃谴责法庭，称它为骗子，他被驱逐出法庭。下一个证人是斯翠特，她在试图追踪纳米生物的时候被绑架了。斯翠特被指控支持芮妮，芮妮为她的朋友辩护，成功的证明斯翠特无罪，她被释放了。

哈勃返回FBI总部，他得出结论审判是在一座灯塔上进行的，他命令FBI警探去找这个灯塔，有足够大的房间进行审判。他联络斯翠特，被告知她正在向传送法庭信号的卫星上放置病毒，希望渗透进入治安维持会的服务器。一个助手打断了他们的对话，告诉哈勃他们找到了这个灯塔。它在亨利角，是秘密入口系统不能到达的地方，这意味着斯翠特不得不使用她的病毒破坏，从而争取时间到达那里。

一切按计划进行。斯翠特的高科技在法庭上制造了破坏，迈克尔用椅子砸向玻璃，看到了法官的身份。首席法官就是克拉瑞德法官，他命令立即执行芮妮和迈克尔的死刑。在判决被执行以前，哈勃和他的武装人员冲进了法庭，逮捕了克拉瑞德法官和其他的治安维持会成员。芮妮和迈克尔获救了。

和哈勃·尤锐克（弗兰克·摩尔饰演）前往参观多尔斯国际的生物医学项目组。这个小组在寇泊博士（西蒙·雷纳兹饰演）的指导下，正在开发针对的解毒剂，他们已经处于最後的阶段。芮妮告诉，寇泊博士很快就能完成解毒剂。但是她不知道，斯翠特被变成了一个。

斯翠特和她的欲望相抗争，她强迫芮妮告诉自己寇泊的实验室在哪里，希望能够治愈自己。斯翠特前去研究实验室的路上，遇到了的招待，他抓住了斯翠特。他把她带到那里，桑德沃从斯翠特那里得到了实验室所在。

那天晚上，芮妮在找到斯翠特。她注意到斯翠特发烧了，并且行为异常，于是带斯翠特去医院。在街上，斯翠特转向芮妮，袭击了她，并切伤了她的手臂。斯翠特逃回俱乐部，招待和另外两个拦住了她，要求她跟他们一起执行任务。斯翠特领着他们回家，希望杀死芮妮。然而，芮妮早有准备，她开枪击中了，然後把斯翠特带到医院，等待解毒剂。

桑德沃带着一队士兵冲进寇泊的实验室，杀死了那里的职员，拿走了完成的解毒剂。斯翠特告诉尤锐克，桑德沃怎样找到的实验室，于是尤锐克把她软禁在一个政府研究实验室。在那里，齐默教授（菲利普·克雷格饰演）使用心灵探测技术审问他的俘虏，来获得的巢穴所在，并探寻外星入侵者的计划。

在泰星飞船上，赫连命令桑德沃毁掉解毒剂。桑德沃照着做了，但是留下了一小瓶。芮妮追踪到了桑德沃，威胁杀死他，因为他杀死了寇泊并偷走解毒剂。桑德沃用解毒剂作为交换，请求豁免他。在黑暗的掩护下，桑德沃和芮妮完成了交易。她交给桑德沃一份总统签署的豁免令，他把那瓶解毒剂交给芮妮，告诉她解毒剂刚好救一个，但是那样就不能用来大规模生产解毒剂。这样，芮妮就需要寇泊记录在一个钢片上的研究数据。芮妮于是开枪击中了桑德沃的手，强迫他把那个钢片留了下来。

有了解毒剂和研究数据，芮妮说服尤锐克释放了斯翠特，用解毒剂治好了她。

和迈克尔中尉（迪安·麦克德摩特饰演）在一起享受亲密的晚餐。突然，他们收到了迈克尔的t同伴克柏（乔纳森·兰内尔斯饰演）发来的紧急图像通讯，他正在被一群攻击。芮妮和迈克尔飞快的赶去救他。经过激烈的交火，他们设法把他从一个中救了出来。他们带着克柏前往一个疫苗工厂进行免疫治疗。

在疫苗实验室，芮妮和迈克尔遇到了工厂的负责人斯普朗勒博士（安德里亚·罗斯饰演）。然而，她对迈克尔比对新病人更感兴趣。在把克柏送去治疗以後，斯普朗勒邀请迈克尔参观实验室。芮妮妒意顿生，离开了实验室，她意外发现瑞埃（海伦·泰勒）来访。这个泰星人告诉芮妮，她将卷入最後的冲突，瑞埃建议她处理时，要有更多的同情心。芮妮被他的建议所震惊，特别是她先後失去了搭档廉姆、前情人杰夫·马洛。

瑞埃离开了，但是留给了芮妮一个礼品盒，那来自考古学家，芮妮的前男友莱利。这个盒子里面是从阿斯卡纳通墓穴里找出的眼睛宝石，上面包含着巢穴的地图。芮妮凝视着宝石，看到了来自赫连飞船的图像。芮妮立即联络瑞埃，希望知道飞船所在，这样能够摧毁它。瑞埃感到失望，芮妮仍然对心怀恨意，他建立了一个心灵连接，让芮妮回忆过去几年的经历。这些图像包括布恩失去妻子，莉莉和戛锐人的融合，廉姆的死亡，以及芮妮的最後的冲突，它们象洪水一样冲击芮妮的心灵。瑞埃的信息打动了芮妮，她认为所有的生命，无论什么种类，都有相同的生理和心理痛苦。瑞埃又告诉芮妮一个悲痛的消息，布恩死于袭击。

在疫苗工厂里，迈克尔发现给克柏注射的疫苗和拿出实验室的疫苗颜色不一样。当他质问斯普朗勒的时候，博士的武装警卫朝他开枪。迈克尔受了重伤，他设法来到克柏的房间。现在克柏也是一个，他背叛了迈克尔，把他交给了斯普朗勒和武装警卫，他们都是。然而在最後关头，克柏的忠诚恢复了，他朝警卫开火。警卫还击杀死了他，迈克尔躲了起来，向芮妮求救。

芮妮和一队士兵冲进工厂，他们制服了警卫，芮妮追到了斯普朗勒。在斯普朗勒开火的同时，芮妮开枪打死了她。迈克尔死了，芮妮悲伤的向她的爱说再见，然後离开了。

　瑞埃（海伦·泰勒）召集来到泰星飞船，他告诉芮妮，她将面对她的最後的冲突。泰星人提示芮妮，她的命运，还有地球的命运，都在泰星飞船上。芮妮并没有明白瑞埃迷一样话，她准备离开的时候，一个模糊的人突然出现了。使芮妮吃惊的是，他是，她的前搭档，芮妮以为他在泰星人和戛锐人融合的时候死去了。在芮妮震惊的时候，她听到廉姆重复瑞埃关于她的命运的说法。

回到的隐藏之处，廉姆告诉芮妮他怎样在融合过程中逃离死亡。他解释说，他被吸进了泰星人和戛锐人的精神，就像和其他的外星人一样。他告诉芮妮，当他处于宇宙知觉状态的时候，他知道了赫连飞船和巢穴的隐藏之地。廉姆肯定飞船位于西伯利亚平原，他带领一队人前往飞船。与此同时，芮妮前去找一个向导，能够带他们登上飞船。她来到复活节岛，唤醒了赫连的儿子尤因（丹尼尔·克拉克饰演），她唯一能够信任的。

芮妮答应帮助尤因回家，她把他带到西伯利亚，在那里他们帮助廉姆和他的人进入飞船。在飞船里，他们发现了一个休眠密室，里面装满了沉睡的卫兵，他们的职责是不惜一切代价的保护飞船。这时，和领着人赶到，朝廉姆他们开火。尤因领着他们离开飞船，他然後决定回去面对自己的父亲。赫连责骂尤因的背叛，并把他抓了起来。这时，一个告诉桑德沃，一个单人飞船飞走了。桑德沃怀疑是芮妮，他起飞追击她。在地面上，他们两个发生了恶战。芮妮把桑德沃扔到栏杆上，杀死了他。

在飞船上，赫连复活了几个卫兵，帮助他把飞船飞向太空。哲利（马克·戈梅斯饰演）是其中一个，他警告赫连，没有进行测试，不要启动飞船的多维空间驱动器。赫连坚持这么做，就象哲利预见的一样，系统失败损坏了飞船。

芮妮从哈勃·尤锐克（弗兰克·摩尔饰演）那里拿到了摧毁飞船必需的武器，然後返回了西伯利亚。她和廉姆登上了飞船，前去营救尤因。此时哲利和赫连起了冲突，哲利杀了赫连，当他准备杀尤因的时候，芮妮击中了他。尤因告诉芮妮，哲利已经激活了飞船的自毁命令，飞船随时可能爆炸。尤因乞求芮妮拯救那些仍在休眠状态中的卫兵。芮妮动了怜悯之心，她联络瑞埃，建立了传输能量束，把那些卫兵传送到泰星飞船上去。芮妮突然想到，如果他们能够用飞船上的多维空间驱动器修好泰星飞船，那么就能把尤因和卫兵送回他们的星球。

芮妮的计划顺利进行。在泰星飞船上，瑞埃和廉姆说服芮妮加入他们和尤因的太空冒险。芮妮犹豫了，但是她无法拒绝探索宇宙的机会。瑞埃启动了多维空间驱动器，飞船开始加速穿越星系。对于芮妮来说，最後的冲突结束了，但是冒险刚刚开始。