拯救汉堡兽！友树纯洁的心 众人来到汉堡村，得知汉堡店店长被许多变色龙兽抓走，要他们今天晚上做好吃的汉堡包来交换，于是决定帮汉堡兽做汉堡。众人做好后，由波高兽和提问兽来品尝。虽然拓也和辉二说得很好听，但两人做的超难吃。但两人十分不服气，还要继续再做……此时已是晚上，其他三人带着友树做的汉堡包来到外面，因为友树做的汉堡包很好吃，三人被变色龙兽带到一城堡处。三人见到汉堡兽店长，店长吃了友树做的汉堡包，大加赞赏。三人进化救出被抓走的汉堡兽店长的孩子并打败变色龙兽。此时花瓣龙兽出现，三人才得知原来主使是花瓣龙兽。汉堡兽店长把加工后的汉堡包给花瓣龙兽吃，使它吃饱而睡着了。汉堡兽一家终于团聚了。

隐藏于黑暗的谜之斗士，暗黑兽 水、木、钢之恶斗士被凯路比兽召见。凯路比兽道出钢之恶斗士水银兽隐瞒了塞拉菲兽的资料而使其很恼怒。众人来到黑暗大陆，不安的预感笼罩整块大陆……众人遇到性行温和的蝙蝠兽，但是树兽却立即出现吸收了蝙蝠兽的数据并进化成花瓣龙兽袭击众人。众人进化成兽型迎战，但是花瓣龙兽吃掉森林道理的树木而变得巨大，实力大增，还能自我恢复，五兽对它毫无办法。但众兽团结起来，封锁花瓣龙兽的攻击并用合技将其打倒，最终将抢去木之兽型魂。此时最后一个恶斗士——代表暗的黄昏兽出现了，出乎众人的意料，它竟然一剑将树兽杀死然后面对众兽，一场恶战即将开始！

五斗士全灭！？恐怖的黑暗力量 黄昏兽拥有不可思议的战斗力，众人根本没有办法伤到它，只好逃走。拓也认为大家一定能打败黄昏兽，但辉二认为这根本不可能，而应该先逃到安全的地方。拓也想出一起攻击的战略，但被辉二所斥责。辉二和拓也两人来到一个地方单独谈，辉二告诉拓也黄昏兽的实力根本还没发挥出来，但拓也坚信大家一定能打赢。这时黄昏兽杀到，众人只能用拓也的战略迎战。但是无论如何攻击，即使是四只兽型同时攻击，也伤不了黄昏兽，反而被它吸收了攻击力。此时黄昏兽向阿古尼兽攻击，伽路姆兽奋力抵挡下这招而退化。拓也痛苦地叫出辉二的名字，这时黄昏兽突然举动异常，发出黑暗力量……拓也醒来时，面前是暗之车站。已完全绝望的他坐上了通往现实世界的暗之运输兽……

我回家了，只有拓也一人的归还 暗之运输兽到站时，已经是拓也刚开始搭车到数码世界的车站。就在这时，拓也眼前出现黄昏兽的幻象……等拓也乘电梯上到2楼的电车站时，被众人用奇怪的目光看着，才发现自己变成人不像人兽不像兽的样子。拓也来到家外，发现他又回到自己出发去数码世界的一天。这时，他看到屋里的自己收到信息赶去车站。他的意识希望不要发生之前的事而打算阻止他自己。在电车上，他发现一个和辉二很像但不是辉二的少年。到站后，那个少年没能赶上辉二和拓也的电梯而打算下楼梯，却失足摔下楼梯，躺在地下却仍叫着“辉……辉二”。到了车站处了，拓也打算用最后一次机会阻止自己，但此时他却看到了一直和他一起战斗的同伴们都上了电车，挂念同伴的心终于使他改变决定，鼓励他自己上了电车。随后，黄昏兽的幻象再次出现，拓也此时终于找回信心，一拳将幻影打散……接着，暗之运输兽再次出现，拓也毫不犹豫地决定坐上运输兽！——信心十足的阿古尼兽走出运输兽，他回到了数码世界了！

感受数码兽的力量吧！拓也浑身的作战 泉、纯平和友树被拉娜兽和水银兽抓起，数码扫描器也被夺去。此时身受重伤的辉二发现众人但不敢轻易出战。阿古尼兽从塞皮库兽处得知拉娜兽和水银兽的去处，立即赶去。拉娜兽准备杀死纯平，迫使辉二出战。但是水银兽和乌贼兽的实力很强，狼兽被打倒。此时阿古尼兽赶到，并且感受到了大自然的力量。在大自然的力量的帮助下，阿古尼兽救出众人，并一起以比以前强大几倍的力量打退乌贼兽和水银兽。然而，正当大家为重聚而欢喜的时候，水银兽又有了更可怕的计划……

对决火山兽！纯平与过去的激斗 众人继续向玫瑰明星前进。然而，突然一阵风吹过，众人被吸到一个古怪的东西里。众人正在观察时纯平突然被从墙山伸出的一只手推到一个类似眼睛的东西处，来到了另外一个空间。突然火山兽出现攻击纯平，而且不断地对纯平说其他人的坏话，想离间他和其他人的感情。纯平奋力打倒火山兽，但是心仍不能平静。此时突然出现了闪电战兽的影子，说出纯平以前是靠东西来交换朋友的，并弄出其他四人的假象不断说纯平的坏话。纯平不敌闪电战兽的影子，被打退化。关键时刻，真正的四人闯了进来，给了纯平莫大的信心，他进化成雷光兽，终于打败了自己的影子，通过了这一空间。然而此时大家又被出现的手分别推到了另外五个空间里。