长眠黑暗，小机车兽的墓地 众人找到辉二，正准备前去蔷薇明星，辉二却因为要解开心中的疑惑而又离开了。拓也只好去追他，让其他三人留在这里。纯平非常不满这种做法，于是和泉与友树一起去搜集情报。三人来到一个很恐怖的地方，看到一辆破烂不堪倒在地上的运输兽，得知这里是运输兽的墓地。为了从它口里得到有关蔷薇明星的情报，三人尽量满足它的无理要求。当三人终于受不了而决定不管时，运输兽说出非常感激对它这么好的三人，使三人非常感动。最后，运输兽全身都开始松落，正当大家为它的死而感到难过时，却惊异地发现它只是蜕掉了外壳，等于得到了新生……为了报答三人，运输兽决定帮助他们去蔷薇明星，并告诉他们恶之斗士曾经让它帮忙将奥法尼兽运送到蔷薇明星外的城堡里去……

揭开过去！暗黑兽的秘密 黄昏兽想起辉二就是自己的弟弟，于是质问凯路比兽。凯路比兽让他去憎恨辉二，再次使其心里充满黑暗力量。在巴达兽指引下，波高兽和提问兽与拓也会合并跟着巴达兽去找辉二。此时辉二遭到贝鲁格兽的突袭。贝鲁格兽又变回黄昏兽，告诉辉二他就是辉二的双胞胎哥哥木村辉一，而后更将贝欧渥鲁夫兽打退化并再次进化成贝鲁格兽打算致辉二于死地。拓也及时赶到救下辉二并听到这个惊异的真相。他鼓励辉二去拯救辉一，但辉二无法与辉一战斗。拓也只好一人与贝鲁格兽战斗，但处于下风。看到努力的阿路达兽，辉二终于下定决心进化成贝欧渥鲁夫兽，与阿路达兽同心协心打败贝鲁格兽并将两个暗之魂扫描。这时拓也发现，辉一就是他在回到现实世界时看到的那个人……

新生的暗斗士！黑狮兽和凯撒狮子兽 辉二从辉一的口中知道了他是在临死的奶奶口中得知辉二，还知道了生母的工作很辛苦。还有就是辉一是从楼梯上摔下后醒来就到了数码世界，而不是坐地下的运输兽来的。众人会合后坐运输兽前往蔷薇明星外的城堡。但因为事情的真相很令人惊讶，气氛很沉闷。于是拓也等人就向辉二说出自己对于兄弟姐妹的感受，而巴达兽也去安慰辉一。此时，凯路比兽突然出现攻击众人。即使阿路达兽与贝欧渥鲁夫兽的必杀技也对它不起任何作用！凯路比兽然后使出“天堂裁决”将全部人打退化。它告诉辉一他心里的黑暗面很强，希望他能再次回到它手下，但辉一坚决地拒绝了它。危急时刻，辉一的数码终端器出现，暗之魂的形态更变化了。辉一进化成雷贝兽，以极有力的招式攻击凯路比兽。没有等凯路比兽有喘气的机会，兽进化成凯撒狮子兽，以凌厉的连续攻击打败了凯路比兽。然而数码编码并没有出现，原来那只是凯路比兽的分身而已。为了解救奥法尼兽，众人继续向蔷薇明星外的城堡进发。

决战！神圣天女兽救出作战 众人来到城堡入口处，遭到幻影兽的攻击。除了雷贝兽外的其他兽被斗篷收入了水晶球。危急关头，雷贝兽靠敏锐的觉察力打破了水晶球并扫描了幻影兽。众人继续前进，来到了一个有着许多漂浮资料的房间。突然那些资料里出现黑影并向众人伸出黑爪。突然出现了铃铛的声音，黑爪就不动了。山羊兽出现并带众人来到囚禁奥法尼兽的地方。奥法尼兽向大家详细地说明了造成数码世界的危机的经过。此时凯路比兽出现并说出它的真正目的：夺取十斗士之魂并与它收集的大量资料融合来支配数码世界！

两魂合一！拓也与辉二的究极进化 凯路比兽打算回收所有的十斗士之魂，阿路达兽与贝欧渥鲁夫兽将其带到城外战斗，让其他兽想办法救出奥法尼兽。城外，阿路达兽与贝欧渥鲁夫兽的实力远低于凯路比兽，被打退化并夺去了数码终端器。而纯平想出打碎反射光的墙壁的办法来消除光之牢笼。就在他们快要救出奥法尼兽时，凯路比兽返回并将纯平、友树和辉一的数码终端器夺走。正当它准备夺走泉的终端器时，奥法尼兽冲出来挡住了攻击。奥法尼兽尝试净化凯路比兽但失败了，只好利用凯路比兽对她的爱拿回数码终端器，交给孩子们。然后，奥法尼兽用最后的力量，牺牲自己使拓也和辉二的数码终端器产生变化，并提示他们要将十斗士之魂融合起来。众人在十斗士之魂的帮助下，终于成功使拓也和辉二超越魂进化成凯撒暴龙兽和马格纳伽鲁鲁兽！

往胜利的飞翔！对决基路比兽之城 凯撒暴龙兽和马格纳伽鲁鲁兽经过奋战打退了凯路比兽，但同时城堡也塌了。辉一不小心从城堡上掉下去，幸好马格纳伽鲁鲁兽及时救了他。在退化后，泉等人的魂又回到了各自的数码终端器里。在泉的鼓励下，辉一打算向辉二道谢。但此时突然从地下冒出冰柱攻击众人。原来是从地下监狱逃脱的冰恶魔兽，是个比凯路比兽更难对付的恐怖数码兽。它封住了拓也和辉二的数码终端器，使他们不能进化。而仙女兽等的实力与其相差甚远。冰恶魔兽更不断地折磨众人，最终惹恼了凯撒狮子兽。在他的奋力攻击下，拓也和辉二脱困，暴雪兽救出了休簇兽和雷光兽，集合四兽的力量终于打败了冰恶魔兽。此时，在上空出现了凯路比兽真正的所在之处。