传说的斗士，炎系火神兽 神原拓也，在他弟弟的生日那天，突然接到一个神秘的信息，让他在17点45分到自由之谷车站搭车到涉谷，在车上又收到请在涉谷站搭地下铁的信息。在坐电梯时，拓也见到了一个十分冷酷的男孩。而这时发生了奇怪的事情，电梯竟一直下到很深的地下！电梯打开时，面前是一个车站。拓也上了车后，发现又有3个人在同一辆车上。他们分别是柴山纯平、织本泉和冰见友树。列车到站后，4人已经来到了数码世界。突然，凯路贝罗兽出现到处破坏。突然拓也发现了传说中的炎之斗士之魂，并与炎之魂合为一体，用“魂之进化”进化成传说中的十斗士代表炎的阿古尼兽，将凯路贝罗兽打败并将其的黑暗灵魂净化。然而，退化回来的拓也却不知道发生了什么事。

光之野狼兽，地下迷宫的战斗 拓也放出打败凯路贝罗兽的数码编码使消失的大地复原，而拓也见到的那个名叫源辉二的冷酷男孩也来到了数码世界。一只叫波哥兽和一只叫提问兽的数码兽告诉他们数码世界正被凯路比兽破坏。纯平想和友树回现实世界，于是用巧克力作诱饵来问帕古兽回去的方法。却被一大群帕古兽追着要巧克力而掉下一地下迷宫。此时辉二和拓也、泉也分别进入地下迷宫。辉二见到被帕古兽们缠住的纯平和友树，就上前打败了帕古兽，但其中一只帕古兽却进化成烂泥兽。拓也此时赶到，进化成阿古尼兽与烂泥兽战斗，却突然就变回来了。但这时辉二突然遇到他的代表光的斗士之魂，进化成狼兽，将烂泥兽打败。然后辉二就独自离去了。

不许欺负他人！冰之冰熊兽进化 纯平和友树决定不回数码世界而和大家一起。拓也又接到信息要去森林终点站。他们在某个地方见到有关十斗士的记号和光明兽的图样，并听波哥兽说了有关十斗士和光明兽的传说。突然许多蜡烛兽出现，原来这是蜡烛兽的村庄。波哥兽告诉蜡烛兽拓也得到了十斗士之魂，于是蜡烛兽请大家接受招待。没想到这是陷阱，蜡烛兽立即攻击众人。拓也让众人逃走，自己进化反击。然而蜡烛兽不怕火系攻击，阿古尼兽反而被困住。这时友树奋不顾身去救阿古尼兽，突然冰之魂飞了出来，友树立即进化成查库兽。但一只蜡烛兽进化成男巫兽，并用分身法迷惑阿古尼兽。查库兽提醒阿古尼兽看影子，终于打败了男巫兽。众人又继续上路了。

我的飞腿很痛的！女斗士仙女兽 拓也他们在前进路上遇到岔路，拓也、友树和泉、纯平分别走一边。泉、纯平来到了风景萧条的微风村，见到了辉二，但他又立即离开了。两人遇到弗罗拉兽，得知微风村以前是观光胜地。于是两人打算美化这个村以使其重新回到以前的样子。然而蘑菇兽三兄弟突然出来捣乱，并追打纯平。这时风之魂飞了出来，纯平以为是他的斗士魂而十分高兴，然而这个魂却不是他的而是泉的……泉进化成仙女兽，打败蘑菇兽三兄弟。然而它们却合在一起进化成树木兽，将仙女兽打退化。这时辉二赶到，进化成狼兽终于打败了树木兽。他将黑暗灵魂净化后，蘑菇兽三兄弟变回正常。辉二将数码编码放出，微风村变回原来那样美丽，随后他又离开了。拓也和友树因为路不通而折回来，而纯平为只有他不能进化而沮丧。

震憾大地的雷电力量，电光兽 众人来到株式会社风工场，打算进去参观一下。工场的主要员工是小鹿角虫，而小矮人兽则是监督。大家参观完后来到小鹿角虫兽的生活区，得知小鹿角虫兽们是被迫劳动的。于是大家决定帮小鹿角虫们脱离这个魔窟。但是纯平因为没有魂可以进化而很伤心。夜里，拓也等三人进化开始行动。仙女兽在门口引诱敌人，阿古尼兽和查库兽以及小鹿角虫兽们则去破坏中枢部。然而等待大家的是场长阻击兽和一大堆小矮人兽。拓也他们被打败。这时纯平终于忍不住冲进工场中枢部。而这时纯平终于发现了属于他的雷之魂，进化成闪电战兽，非常酷地打败了阻击兽。同时中枢部被破坏，小鹿角虫兽们自由了。

传说的5斗士对决新的斗士 众人没有钱但是又很饿，于是决定打工。他们见到贝壳滑溜兽，听说村里来了个洞穴兽，抓走了村子里的女孩来威胁它们说出山里的数码编码。他们跟随贝壳滑溜兽来到它们居住的山，见到辉二，决定联手去救那些女孩。纯平说出大家是传说中的斗士，结果贝壳滑溜兽脸色大变。晚上，当众人醒来时，发现被贝壳滑溜兽绑住，想用五人来交换人质。原来洞穴兽也是传说中的十斗士之一，但是却是属于邪恶的十斗士。澄清事实后，众人进化与洞穴兽战斗，终于救出人质并打败洞穴兽。没想到洞穴兽突然变成了巨岩兽，实力大增。它打败众人并吸收了山的数码编码，使整座山消失了。