街头流浪女尼基塔，因为偶然出现在杀人现场而被误认为杀人疑犯，被判终生监禁。反恐怖组织第一处安排尼基塔自杀假象，然后对她进行严格训练。２年后，尼基塔成为一个身手敏捷的出色特工，处长派她去执行任务，她却因为没有杀过人而不忍心开枪。几次失败后，处长打算开除尼基塔，尼基塔的老师麦克尔替她求情。在一次执行任务中，麦克尔身处险境迫使尼基塔果断开枪击毙对手。

麦克尔等人导演了一出美女救英雄，尼基塔结识了查德勒。尼基塔了解到查德勒捐钱为街头流浪儿修建庇护所，渐渐喜欢上了他，她不明白为什么要调查这样一个“慈善家”。真相浮出水面，原来查德勒利用庇护所做幌子贩卖孩子。在交易现场，查德勒得到了应有的惩罚。

恐怖分子为了胁迫政府答应他们的无理要求，和心狠手辣的鲍尔做起了交易。惟利是图的鲍尔在金钱的诱惑下，不惜以同胞的性命为代价，生产并决定释放神经毒气。尼基塔和麦克尔假扮职业杀手彼得和塞吉，打入鲍尔的内部，设法阻止了他的阴谋。

一次扑朔迷离的空难事故使所有人陷入困惑，第一处的特工打听到一个恐怖组织正在四处收买机场的电路图。经过在互联网上查询，麦克尔抓住了一个出卖图纸的年轻人，让尼基塔扮作这个人打入恐怖组织内部，摸清了这些人制造空难的手段和下一个目标，在他们又一次行动就要得手时，摧毁了他们的老巢。

一位重要人物彼得·罗杰斯要到这个城市来访问，第一处接手负责他的保安工作。在接头的酒吧里，尼基塔遇到了一个自称是她中学同学的女人朱莉。一心要救朋友的尼基塔不幸掉进了朋友设下的陷阱，紧要关头，幸亏麦克尔及时赶到救她一命。

苏巴把核武器原料走私出国，尼基塔接到命令把他驱逐出境。但是不知为什么敌人总是走在她前面。根据对事件的回忆，尼基塔断定罗杰就是内奸。原来罗杰有一个不为人知的秘密，在来总部以前，他有个儿子，一直由一对夫妇收养。而苏巴劫持了他的儿子，逼罗杰替他办事儿。尼基塔同情罗杰的遭遇，尽力帮助他。